NetSolP 1.0

NetSolP-1.0

NetSolP-1.0은 E. coli에서 발현된 단백질의 정제를 위한 용해도와 유용성을 예측합니다. 유용성 목표에는 단백질의 용해도와 발현성이 포함됩니다. NetSolP-1.0은 단백질 언어 모델(ESM12, ESM1b)을 기반으로 합니다.

웹서버는 https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetSolP에서 찾을 수 있습니다. 소프트웨어의 독립 실행형 버전은 다운로드 탭에서 사용할 수 있습니다. 여기에는 웹서버용 코드가 포함되어 있습니다. 또한 데이터 세트, 훈련 및 테스트용 코드, 훈련된 모델도 있습니다.

용법

훈련용:

 cd TrainAndTest/
python train.py

TrainAndTest 폴더의 README에서 자세한 내용과 요구 사항을 확인하세요.

예측의 경우: (먼저 모델을 학습하고 ONNX로 변환하거나 웹 서버 다운로드 탭에서 사전 학습된 모델을 다운로드합니다.)

 cd PredictionServer/ 
python predict.py --FASTA_PATH ./test_fasta.fasta --OUTPUT_PATH ./test_preds.csv --MODEL_TYPE ESM12 --PREDICTION_TYPE S

PredictionServer 폴더의 README에서 자세한 내용과 요구 사항을 확인하세요.

특허

코드는 BSD 3-Clause 라이센스에 따라 라이센스가 부여됩니다.

소환

 @article{10.1093/bioinformatics/btab801,
    author = {Thumuluri, Vineet and Martiny, Hannah-Marie and Almagro Armenteros, Jose J and Salomon, Jesper and Nielsen, Henrik and Johansen, Alexander Rosenberg},
    title = "{NetSolP: predicting protein solubility in Escherichia coli using language models}",
    journal = {Bioinformatics},
    volume = {38},
    number = {4},
    pages = {941-946},
    year = {2021},
    month = {11},
    issn = {1367-4803},
    doi = {10.1093/bioinformatics/btab801},
    url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab801},
    eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/4/941/49008876/btab801.pdf},
}