RCAS

RCAS 프로젝트

소개

RCAS는 높은 처리량 실험을 통해 감지된 전사체 전체 관심 영역의 기능 분석을 위한 일반 보고 도구로 설계된 R/Bioconductor 패키지입니다. 이러한 전사체 영역은 예를 들어 단백질-RNA 상호작용 부위, RNA 변형 부위(에피전사체라고도 함), CAGE-태그 위치 또는 다른 수준의 쿼리 영역 모음에 대한 CLIP-Seq 분석에 의해 검출된 신호 피크일 수 있습니다. 전사체. RCAS는 전사체 특징(엑손, 인트론, 5'/3' UTR 영역, 엑손-인트론 경계, 프로모터 영역)과 관련된 쿼리 영역의 분포를 기반으로 심층 주석 요약 및 적용 범위 프로필을 생성합니다. 또한 RCAS는 기능적 농축 분석 및 차별적 모티프 발견을 수행할 수 있습니다. RCAS는 BSgenome::available.genomes 에서 사용 가능한 모든 게놈 버전을 지원합니다.

설치:

바이오컨덕터에서 설치

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Github에서 개발 버전 설치

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Bioconda 채널을 통해 설치

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Guix를 통해 설치

guix package -ir r-rcas

용법:

패키지 삽화 및 참조 설명서

RCAS 사용 방법에 대한 자세한 지침은 다음을 참조하세요.

• 단일 샘플 분석을 위한 패키지 비네트
• 다중 샘플 분석을 위한 패키지 비네트
• RCAS에서 사용할 수 있는 세부 기능에 대한 자세한 내용은 참조 매뉴얼을 참조하세요.

공개된 RNA 기반 오믹스 데이터세트의 사용 사례

다중 표본 분석 사용 사례

• Nakaya et al, 2013, Ascano et al의 Synaptic Functional Regulator FMR1의 RNA 결합 단백질 FUS의 CLIP 시퀀싱 실험을 통해 발견된 피크 영역을 비교한 보고서 예시를 참조하세요. 2012 및 Sauliere et al, 2012의 진핵생물 개시 인자 4A-III.

단일 표본 분석 사용 사례

• PAR-CLIP 기술로 검출된 PUM2 RNA 결합 부위에 대한 RCAS 보고서(Hafner et al, 2010)

  • 입력: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• PAR-CLIP 기술로 검출된 QKI RNA 결합 부위에 대한 RCAS 보고서(Hafner et al, 2010)

  • 입력: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• PAR-CLIP 기술로 검출된 IGF2BP123 RNA 결합 부위에 대한 RCAS 보고서(Hafner et al, 2010)

  • 입력: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• deepCAGE 분석으로 검출된 작은 RNA(tiRNA) 유전자좌에 대한 RCAS 보고서(Taft et al. 2009)

  • 입력: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• m ¹ A 메틸화 부위 에 대한 RCAS 보고서(Dominissini et al, 2016)

  • 입력: GSE70485_human_peaks.txt.gz

소환

RCAS를 인용하려면 다음을 사용하세요.

보라 우야르, 딜무라트 유수프, 리카르도 부르무스, 니콜라우스 라예프스키, 우베 올러, 알투나 아칼린; RCAS: 전사체 전체 관심 영역에 대한 RNA 중심 주석 시스템입니다. 핵산 해상도 2017 gkx120. 도이: 10.1093/nar/gkx120

여기에서 발행물을 참조하세요.

감사의 말

RCAS는 베를린 의료 시스템 생물학 연구소(BIMSB)의 Bora Uyar(생물정보학 과학자), Dilmurat Yusuf(생물정보학 과학자) 및 Ricardo Wurmus(시스템 관리자)가 Altuna Akalin(과학 생물정보학 플랫폼 책임자) 그룹에서 개발했습니다. 베를린의 막스-델브뤼크-분자 의학 센터(MDC).

RCAS는 독일 생물정보학 인프라 네트워크(de.NBI)의 8개 센터 중 하나인 RNA 생물정보학 센터의 일부로 생물정보학 서비스로 개발되었습니다.