igv.js
3.0.8
igv.js는 IGV(Integrative Genomics Viewer) 팀에서 개발한 삽입 가능한 대화형 게놈 시각화 구성 요소입니다.
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: IGV(Integrative Genomics Viewer)의 내장형 JavaScript 구현, Bioinformatics, Volume 39, Issue 1, 2023년 1월, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformatics/btac830
다음은 예시와 빠른 시작 가이드입니다. 자세한 문서는 개발자 문서를 참조하세요.
정렬
상호작용
번호 복사
여러 지역
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다양한 색상 옵션
더
igv.js는 외부 종속성이 없는 단일 자바스크립트 파일로 구성됩니다.
스크립트 포함, AMD 또는 CJS 모듈 시스템(igv.min.js) 및 ES6 모듈(igv.esm.min.js)용으로 사전 구축된 파일은 https://cdn.jsdelivr.net/npm/에서 다운로드할 수 있습니다. [email protected]/dist/.
igv를 ES6 모듈로 가져오려면
"https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"에서 igv 가져오기
또는 스크립트 포함("igv" 전역 정의)
또는 npm으로 설치할 수도 있습니다.
npm install igv
그리고 node_modules/igv/dist에서 모듈 시스템(igv.min.js 또는 igv.esm.min.js)에 적합한 파일을 소싱하세요.
igv.js 브라우저를 생성하려면 컨테이너 div와 참조 게놈, 초기 트랙 및 기타 상태를 정의하는 초기 구성을 igv.createBrowser(div, config) 함수에 제공하세요.
이 함수는 브라우저를 제어하는 데 사용할 수 있는 igv.Browser 개체에 대한 약속을 반환합니다. 예를 들어, 특정 위치에서 열린 단일 정렬 트랙에서 브라우저를 열려면:
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})igv.js API의 전체 문서는 https://igv.org/doc/igvjs/에서 확인할 수 있습니다.
igv.js를 빌드하고 예제를 실행하려면 Linux 또는 MacOS가 필요합니다. 다른 Unix 환경도 작동할 수 있지만 테스트되지는 않았습니다.
Windows 사용자는 Linux용 Windows 하위 시스템을 사용할 수 있습니다.
igv.js를 빌드하고 예제를 실행하려면 node.js가 필요합니다.
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
그러면 다음 파일이 포함된 dist 폴더가 생성됩니다.
igv.js - 스크립트 포함, AMD 또는 CJS 모듈용 UMDS 파일입니다. 스크립트 포함은 "igv" 전역을 정의합니다.
igv.min.js - igv.js의 축소된 버전
igv.esm.js -- ES6 모듈
igv.esm.min.js -- igv.esm.js의 축소된 버전
명령줄에서 테스트를 실행하려면
npm run test
예제를 실행하려면 http-server를 설치하세요.
프로젝트 루트 디렉터리에서 http-server를 시작합니다.
npx http 서버
그런 다음 웹 브라우저에서 http://localhost:8080/examples를 엽니다.
igv.js에는 Javascript ECMAScript 2015(ES6)를 지원하는 최신 웹 브라우저가 필요합니다.
igv.js는 MIT 라이선스를 받았습니다.
