elephant server
v0.6.0
| 개발자 | 스가와라 고 |
| 법정 | Image.sc 포럼 피드백과 질문을 포럼에 게시해 주세요. 우리가 당신에게 빨리 연락할 수 있도록 게시물에 elephant 태그를 추가하는 것이 중요합니다. |
| 소스 코드 | GitHub |
| 출판 | Sugawara, K., Çevrim, C. & Averof, M. 증분 딥 러닝을 통해 3D로 세포 계통을 추적합니다. eLife 2022. doi:10.7554/eLife.69380 |
ELEPHANT는 증분형 및 대화형 딥러닝을 기반으로 하는 3D 세포 추적용 플랫폼입니다.
클라이언트-서버 아키텍처에서 작동합니다. 서버는 딥러닝 기반 알고리즘을 제공하는 웹 애플리케이션으로 구축되었습니다.
이 저장소는 ELEPHANT 서버의 구현을 제공합니다. ELEPHANT 클라이언트는 여기에서 찾을 수 있습니다.
자세한 내용은 설명서를 참조하세요.
ELEPHANT 서버를 설정하는 데는 세 가지 옵션이 있습니다.
도커로 설정하기
이 옵션은 루트 권한으로 서버 요구 사항(Docker)을 충족하는 강력한 컴퓨터를 가지고 있는 경우 권장됩니다.
Singularity로 설정하기
이 옵션은 루트가 아닌 사용자(예: HPC 클러스터)로 서버 요구 사항(Singularity)을 충족하는 강력한 컴퓨터에 액세스할 수 있는 경우 권장됩니다.
Google Colab으로 설정
또는 Google Research에서 무료로 제공되는 제품인 Google Colab을 사용하여 ELEPHANT 서버를 설정할 수 있습니다. 이 옵션에서는 ELEPHANT의 딥 러닝 기능을 사용하기 위해 고급 GPU 또는 Linux 시스템이 필요하지 않습니다.
각 옵션에 대한 자세한 지침은 설명서에서 확인할 수 있습니다.
eLife에 대한 우리 논문을 인용해 주세요.
@article { Sugawara2022 ,
author = { Sugawara, Ko and {c{C}}evrim, {c{C}}a?r? and Averof, Michalis } ,
title = { Tracking cell lineages in 3D by incremental deep learning } ,
year = { 2022 } ,
doi = { 10.7554/eLife.69380 } ,
abstract = {Deep learning is emerging as a powerful approach for bioimage analysis. Its use in cell tracking is limited by the scarcity of annotated data for the training of deep-learning models. Moreover, annotation, training, prediction, and proofreading currently lack a unified user interface. We present ELEPHANT, an interactive platform for 3D cell tracking that addresses these challenges by taking an incremental approach to deep learning. ELEPHANT provides an interface that seamlessly integrates cell track annotation, deep learning, prediction, and proofreading. This enables users to implement cycles of incremental learning starting from a few annotated nuclei. Successive prediction-validation cycles enrich the training data, leading to rapid improvements in tracking performance. We test the software's performance against state-of-the-art methods and track lineages spanning the entire course of leg regeneration in a crustacean over 1 week (504 time-points). ELEPHANT yields accurate, fully-validated cell lineages with a modest investment in time and effort.},
URL = { https://doi.org/10.7554/eLife.69380 } ,
journal = { eLife }
}BSD-2 조항
