xyz2mol

xyz2mol이 이제 RDKit에 구현되었습니다.

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

데카르트 좌표를 하나 이상의 분자 그래프로 변환

.xyz 파일 형식의 데카르트 좌표가 주어지면 코드는 하나 이상의 분자 그래프 목록을 구성합니다. 여러 가지 가능한 공명 형태가 있는 경우 xyz2mol은 모두 목록을 반환하고, 그렇지 않으면 하나만 목록을 반환합니다.

이 코드는 DOI: 10.1002/bkcs.10334의 작업을 기반으로 합니다.

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

설정

rdkit , numpy 및 networkx 에 따라 다릅니다. anaconda/conda를 통해 설정하는 것이 가장 쉽습니다.

conda install -c conda-forge xyz2mol

Makefile 통해 독립형 환경 설정이 가능합니다. 설정하고 테스트하려면 프로젝트를 복제하고 만들기만 하면 됩니다.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

그런 다음 xyz2mol 폴더에서 다음을 실행하십시오.

 make
make test

networkx 종속성 없이 코드를 실행할 수도 있지만 속도가 느립니다.

사용 예

xyz 파일을 읽고 SMILES를 인쇄하지만 키랄성을 인코딩하지 마세요.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

xyz 파일을 읽고 SDF 형식을 인쇄하고 파일에 저장합니다.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

충전된 xyz 파일을 읽고 SMILES를 인쇄하세요.

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

종속성:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx