bx python

BX-Python

BX-Python 프로젝트는 Python 라이브러리이며 게놈 스케일 분석의 빠른 구현을위한 관련 스크립트 세트입니다. 라이브러리에는 다양한 유용한 모듈이 포함되어 있지만 특정 강점은 다음과 같습니다.

• 게놈 규모의 다중 로컬 정렬을 읽고 작업하기위한 클래스 (MAF, AXT 및 LAV 형식)
• 다양한 시퀀스의 간격과 관련된 데이터 블록을 포함하는 디스크 파일의 인덱싱을위한 일반 데이터 구조 (예를 들어, 거대한 파일의 개별 정렬에 대한 임의의 액세스를 제공하기 위해 사용; 네트워크 파일 시스템을 통해 최적화)
• 시퀀스 간격으로 작업하기위한 데이터 구조
  • 염색체 크기의 비트 어레이처럼 작용하는 "Binned Bitsets"는 영역을 게으르게 할당하고 모든 세트 또는 모든 비 설정 비트의 큰 블록을 소집 할 수 있도록 허용합니다.
  • 쿼리 및 대상 간격 및 관련 주석을 모두 보존하는 빠른 교차 테스트를 수행하기위한 "Intersecter"

요구 사항

빌드에는 현재 Liblzo가 필요합니다.

설치

패키지는 PIP로 설치할 수 있습니다.

pip install bx-python

BioConda (권장)에서 사용할 수 있습니다.

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

데비안과 우분투에서 사용할 수 있습니다.

sudo apt install python3-bx

또는 저장소 체크 아웃에서 구축 할 수 있습니다.

python setup.py install