ariba
2.14.7
조립에 의한 항균성 내성 식별
Ariba를 사용하는 방법은 Ariba Wiki 페이지를 참조하십시오.
참고 : 우리는 현재 Ariba를 지원할 자원이 없습니다. 피드백/문제 섹션을 참조하십시오.
소개
빠른 시작
설치
필요한 종속성
PIP3 사용
소스에서
도커
특이
데비안 (테스트)
우분투
종속성 및 환경 변수
임시 파일
용법
특허
피드백/문제
소환
Ariba는 국부 어셈블리를 운영하여 항생제 내성 유전자를 식별하는 도구입니다. MLST 통화에도 사용할 수 있습니다.
입력은 참조 서열의 FASTA 파일 (유전자 및 비 코딩 서열의 혼합 일 수 있음) 및 쌍 시퀀싱 읽기입니다. Ariba는 참조 서열 중 어느 것이 발견되었는지, 어셈블리의 품질에 대한 자세한 정보와 시퀀싱 판독 및 기준 시퀀스 사이의 변형에 대한 자세한 정보를보고합니다.
예를 들어 카드에서 참조 데이터를 얻습니다. 전체 목록은 GetRef를 참조하십시오.
ariba getref ncbi out.ncbi
Ariba에 대한 참조 데이터 준비 :
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
로컬 어셈블리를 실행하고 변형을 실행하십시오.
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
여러 실행에서 데이터를 요약하십시오.
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
전체 사용 지침은 Ariba Wiki 페이지를 읽으십시오.
Jupyter 노트북 튜토리얼
Ariba를 설치할 때 문제가 발생하면 로컬 시스템 관리자에게 문의하십시오. 버그가 발생하면 여기에 로그인 할 수 있습니다.
Python3 버전> = 3.6.0
Bowtie2 버전> = 2.1.0
CD-HIT 버전> = 4.6
Mummer 버전> = 3.23
Ariba는 또한 여러 Python 패키지에 따라 다르며,이 패키지는 모두 PIP를 통해 사용할 수 있습니다. PIP3로 Ariba를 설치하면 아직 설치되지 않은 경우 자동으로 얻을 수 있습니다.
덴드로피> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
Pyfastaq> = 3.12.0
pysam> = 0.9.1
Pymummer> = 0.10.1
바이오 파티 톤
PIP를 사용하여 Ariba 설치 :
pip3 install ariba
이 Github 저장소에서 최신 릴리스를 다운로드하거나 복제하십시오. 테스트 실행 :
python3 setup.py test
OS X의 참고 : 테스트에는 홈 브루를 통해 별도로 설치 해야하는 gawk가 필요합니다.
테스트가 모두 통과하는 경우 설치하십시오.
python3 setup.py install
또는 다음을 사용하여 Github에서 직접 설치하십시오.
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
Ariba는 Docker 컨테이너에서 실행할 수 있습니다. 먼저 Docker를 설치 한 다음 최신 버전의 Ariba를 설치하십시오.
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
모든 Docker 이미지는 패키지 페이지에 나열되어 있습니다.
Ariba를 사용하려면 이와 같은 명령을 사용하여 (디렉토리에서 대체) 파일이/home/ubuntu/data에 저장되는 것으로 가정합니다.
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
Docker (위와 같이)를 통해 Ariba를 호출 할 때 (위) 파일 또는 디렉토리 이름 (예 : /data /my_output_folder)의 모든 전달 된 것 앞에 /data /를 추가해야합니다.
Ariba는 특이성 컨테이너로 실행할 수 있습니다. 먼저 특이점을 설치하십시오. 릴리스에는 다운로드 할 특이점 이미지가 포함됩니다.
또는 자신만의 특이점 이미지를 작성하십시오.
singularity build ariba.simg Singularity.def
Ariba는 Debian의 최신 버전으로 제공되며 시간이 지남에 따라 Ubuntu 및 Debian을 사용하는 기타 배포판으로 점차 필터링됩니다. 루트로 설치하려면 :
sudo apt-get install ariba
apt-get (위 참조)를 사용하거나 최신 버전의 Ariba를 얻으려면 다음 명령을 사용하여 Ariba 및 그 종속성을 설치할 수 있습니다. 이것은 Ubuntu 16.04의 새로운 인스턴스에서 테스트되었습니다.
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
기본적으로 Ariba는 아래 표의 이름을 사용하여 $PATH 의 종속성을 찾습니다. 이 동작은 환경 변수를 사용하여 특정 프로그램을 상환하고 Ariba를 지적 할 수 있습니다. 환경 변수가 먼저 점검되어 설정된 경우 사용됩니다. 그렇지 않으면 Ariba는 기본 이름을 위해 $PATH 를 찾습니다. 이것은 다음 종속성에 적용됩니다.
| 의존 | 기본 실행 파일 | 환경 변수 이름 |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-HIT (EST) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
예를 들어, 홈 디렉토리에서 컴파일하고 다운로드 한 Bowtie2 실행 파일의 정확한 버전을 지정할 수 있습니다 (bash를 가정).
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
Ariba는 또한 bowtie2-build 운영하며,이를 위해 bowtie2 실행 파일을 -build Appleded와 함께 사용합니다. 따라서이 경우 사용하려고합니다
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
Ariba는 실행 중에 일시적으로 많은 수의 파일을 만들 수 있으며 Ariba가 제작 한 임시 디렉토리에 넣습니다. 이 파일의 총 크기는 작지만 그 중 많은 파일이있을 수 있습니다. 동일한 파일 시스템에서 많은 수 (100 또는 1000)의 작업을 동시에 실행할 때 문제가 될 수 있습니다. 임시 디렉토리의 상위 디렉토리는 다음과 같은 순서로 결정됩니다.
옵션의 값 --tmp_dir (해당 옵션이 사용 된 경우)
환경 변수 $ARIBA_TMPDIR (설정된 경우)
환경 변수 $TMPDIR (설정된 경우)
위의 내용 중 어느 것도 찾을 수 없으면 실행의 출력 디렉토리를 사용하십시오.
각 임시 디렉토리는 Ariba의 한 번의 실행에 고유하며 달리기가 끝날 때 자동으로 삭제됩니다 (Ariba가 사용자에 의해 살해되거나 충돌 한 경우에도). 예를 들어,
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
/tmp 내부의 새 디렉토리가 생성되며, 이는 양식의 이름을 갖게됩니다.
/tmp/ariba.tmp.abcdef
접미사 abcdef 임의의 문자열 인 경우 /tmp/ariba.tmp.abcdef 아직 존재하지 않도록 선택되었습니다.
위의 예외는 옵션 --noclean 이 사용되는 경우입니다. 이렇게하면 임시 디렉토리가 출력 디렉토리에 배치되고 임시 파일이 유지됩니다. 디버깅을위한 것입니다.
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
전체 사용 지침은 Ariba Wiki 페이지를 읽으십시오.
Ariba는 무료 소프트웨어이며 GPLV3에 따라 라이센스가 부여됩니다.
우리는 현재 Ariba를 지원할 자원이 없습니다. 그러나 소프트웨어 사용에 관한 문제를 문제 페이지에보고하면 커뮤니티가 도움을 줄 수 있습니다.
이 소프트웨어를 사용하면 다음을 인용하십시오.
ARIBA : 시퀀싱에서 직접 직접 항균성 저항성 유전자형을 읽습니다. Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR. 미생물 유전체학 2017. DOI : 110.1099/mgen.0.000131
