proABC 2

proABC-2

Prevê os resíduos de anticorpos que entrarão em contato com o antígeno e o tipo de interação utilizando uma Rede Neural Convolucional (CNN).

Instalação

proABC-2 está disponível localmente como um pacote python e como um contêiner Docker. Veja abaixo as instruções para cada caso.

Docker

A imagem docker está disponível no Github Container Registry e pode ser extraída usando o seguinte comando:

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

Local

proABC-2 possui algumas dependências de terceiros que devem ser instaladas antes de executar o software.

proABC-2 está disponível no PyPI e pode ser instalado usando pip usando Python3.7:

 pip install proabc-2

Também depende de dois softwares de terceiros, HMMER e IGBLAST, verifique a seção de terceiros para obter mais informações.

Exemplo (Local e Docker)

Configure os dados para executar o exemplo:

• Crie uma pasta chamada proabc2-prediction no diretório raiz.

mkdir proabc2-prediction

• Crie um arquivo fasta pesado e leve dentro proabc2-prediction com o seguinte conteúdo:

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

Execução (Docker)

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

Execução (Local)

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

Resultados

A saída estará na mesma pasta dos arquivos de entrada, denominadas heavy-pred.csv e light-pred.csv .

Eles consistem em várias colunas:

• Chothia : posição do resíduo segundo o esquema de numeração Chothia
• Sequência : tipo de resíduo para cada posição
• pt : probabilidade de fazer uma interação geral com o antígeno
• hb : probabilidade de fazer ligações de hidrogênio com o antígeno
• hy : probabilidade de fazer uma interação hidrofóbica com o antígeno

Chothia	Sequência	ponto	hb	oi
1	E	0,23	0,17	0,24
2	V	0,23	0,15	0,23
3	P	0,14	0,14	0,16
...	...	...	...	...

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

O proABC-2 também aceita as sequências de DNA das cadeias de anticorpos e usa o módulo Biopython Seq para a tradução em sequências de proteínas.

Citação

• F. Ambrosetti, TH Olsen, PP Olimpieri, B. Jiménez-García, E. Milanetti, P. Marcatilli, AMJJ Bonvin. "proABC-2: PRediction Of AntiBody Contacts v2 e sua aplicação para acoplamento baseado em informações", Bioinformática ,, btaa644,