scMulan

scMulan

Bem-vindo ao repositório de scMulan_v1, apresentando nosso próximo trabalho: "scMulan: um modelo de linguagem pré-treinado generativo multitarefa para análise de célula única."

Apresentando scMulan

scMulan é um modelo básico inovador para a análise de transcriptômica unicelular.
Características:

• Anotação de tipo de célula Zero-shot: Classifique facilmente os tipos de células sem treinamento prévio ou mapeamento de referência.
• Integração de lote zero-shot: integre perfeitamente dados de diversos lotes.
• Geração Condicional de Células: Suporte à simulação de perturbações in-silico.

Instalação

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Início rápido

baixe o arquivo ckpt e coloque-o em ./ckpt/
Prepare seu arquivo de dados de teste e comece a usar o scMulan

Tutoriais

Fornecemos um tutorial sobre como usar scMulan para anotação de tipo de célula (consulte o tutorial). Atualmente, o scMulan suporta anotação zero-shot de tipos de células humanas em sete órgãos, incluindo Coração, Pulmão, Fígado, Medula Óssea, Sangue, Cérebro e Timo.

Também pode ser usado para obter incorporações de células para integração em lote (consulte o tutorial). Você pode facilmente usar seus dados e obter análises do scMulan.

scMulan agora suporta inferência em npu.

Agradecimentos

• minGPT
• atenção instantânea
• escasso
• scib