xolotl

xolotl: um simulador neuronal rápido e flexível

xolotl é um simulador rápido de compartimento único e multi-computador escrito em C++ com uma interface MATLAB que você realmente gostará de usar.

Por que usar xolotl? É por isso:

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XOLOTL é rápido

O XOLOTL está escrito em C ++ e é rápido . Em nossos testes, é mais de 3 vezes mais rápido que o neurônio para neurônios de compartimento único.

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xolotl é fácil de usar

Deseja configurar um modelo Hodgkin-Huxley, injetar corrente, integrá-lo e plotar o rastreamento de tensão? Isso é tudo que você precisa:

x = xolotl ;
x .add( ' compartment ' , ' HH ' , ' A ' , 0.01 );
x . HH .add( ' liu/NaV ' , ' gbar ' , 1000 );
x . HH .add( ' liu/Kd ' , ' gbar ' , 300 );
x . HH .add( ' Leak ' , ' gbar ' , 1 );
x.I_ext = .2 ;
x . plot ;

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XOLOTL possui documentação

Ao contrário de certos simuladores de neurônios amplamente utilizados que devem permanecer sem nome, o XOLOTL possui documentação que realmente ... existe.

É assim que parece:

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XOLOTL é totalmente programável

O XOLOTL foi projetado para ser usado no MATLAB . Ele oferece o melhor dos dois mundos: o alto desempenho do código compilado C ++ com o rico poder de todas as caixas de ferramentas que o Matlab tem a oferecer. Você pode:

• Escreva funções que passam modelos como argumentos
• Otimize parâmetros de modelos de neurônios usando a caixa de ferramentas de otimização global
• Execute simulações em paralelo em vários computadores
• tenha um único script para executar a simulação e analisar os resultados

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Viciado? Comece aqui.

Onde eu entendi isso?

Clique aqui para baixar e clique no arquivo baixado para instalar.

Como cito isso?

Publicamos um relatório de tecnologia em fronteiras em neuroinformática.

 @ARTICLE{10.3389/fninf.2018.00087,
AUTHOR={Gorur-Shandilya, Srinivas and Hoyland, Alec and Marder, Eve},   
TITLE={Xolotl: An Intuitive and Approachable Neuron and Network Simulator for Research and Teaching},      
JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics},      
VOLUME={12},      
PAGES={87},     
YEAR={2018},      
URL={https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2018.00087},       
DOI={10.3389/fninf.2018.00087},      
ISSN={1662-5196},   
}

Papéis e projetos que usam xolotl

1. A regulamentação do EAG por Ca2+/calmodulina controla a excitabilidade pré -sináptica em Drosophila
2. As regras de plasticidade homeostática que compensam o tamanho da célula são suscetíveis à exclusão do canal
3. Laboratório NBIO140 5 para NBIO140 Ensinado por Steven Van Hooser
4. Simulador de neurônios BlackBoxneuron projetado para ensino e pesquisa de graduação. Usado para o programa Brandeis QBrec
5. Curso Central em Biosciências Integrativas (BIMS 6000)