อีเมล: [email protected]
เยี่ยมชมหน้าดาวน์โหลดของเราเพื่อดูไบนารีที่สร้างไว้ล่วงหน้า
โปรดตรวจสอบไฟล์ CHANGES.md เพื่อดูประวัติการเปลี่ยนแปลง
SRA Toolkit และ SDK จาก NCBI คือชุดเครื่องมือและไลบรารีสำหรับการใช้ข้อมูลใน INSDC Sequence Read Archives
21 พฤษภาคม 2024 : ชุดเครื่องมือ SRA รุ่น 3.1.1
ปรับปรุงข้อผิดพลาดในการดึงข้อมูลล่วงหน้าและข้อความข้อมูลสำหรับผู้ใช้
แก้ไขข้อผิดพลาดและคำเตือนเมื่อสร้างบน Windows
5 มีนาคม 2024 : ชุดเครื่องมือ SRA รุ่น 3.1.0
การใช้ prefetch --eliminate-quals จะดาวน์โหลดข้อมูล SRA Lite หรือรายงานว่าไม่มีเวอร์ชัน Lite
ลดความถี่ของการหมดเวลาทั่วโลกสำหรับผู้ใช้ระบบคลาวด์
vdb-validate จะรายงานข้อผิดพลาดหากไม่มีการตรวจสอบข้อมูล (blob)
เพิ่มการรองรับสำหรับ AlmaLinux
แก้ไขอาการค้างบน macOS และ BSD
19 ธันวาคม 2023 : ชุดเครื่องมือ SRA รุ่น 3.0.10
แก้ไขข้อบกพร่องในการใช้ JWT กับที่เก็บข้อมูลบนคลาวด์บางส่วน
เพิ่มการรองรับการสร้างสำหรับโปรเซสเซอร์ arm64
29 สิงหาคม 2566 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.7
อัปเดต vdb-config เพื่อปรับปรุงอินเทอร์เฟซข้อมูลรับรอง AWS และการใช้งานโดย SRA Toolkit
แก้ไขข้อบกพร่องในข้อมูลรับรอง AWS ด้วยการดึงข้อมูลล่วงหน้า
แก้ไขข้อผิดพลาดที่ทำให้เกิดข้อความ 'ไม่พบข้อมูลอ้างอิง' สำหรับลำดับการอ้างอิงที่จัดเก็บไว้ในการรัน
10 กรกฎาคม 2566 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.6
การดึงข้อมูลล่วงหน้ารองรับโทเค็นการเข้าถึง GCP ล่าสุดแล้ว
แก้ไขข้อผิดพลาดใน vdb-config สำหรับผู้ใช้ Windows
เพื่อให้แน่ใจว่าเอาต์พุตของการอ่านเชิงเทคนิค ตอนนี้ fastq-dump จะสลับไปที่โหมด --split-files โดยอัตโนมัติ หากใช้ตัวเลือก --include-technical
9 พฤษภาคม 2566 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.5
เพิ่มการรองรับ PacBio เพื่อการถ่ายโอนข้อมูลที่รวดเร็วยิ่งขึ้น
เพิ่มคุณสมบัติให้กับลำดับการอ้างอิงเอาต์พุตไปยัง fastq-dump
แก้ไขข้อบกพร่องในการเข้าถึงข้อมูล dbGaP เมื่อใช้ไฟล์ ngc
3 มกราคม 2023 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.3
แก้ไขการถดถอยใน sra-stat
12 ธันวาคม 2565 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.2
แก้ไขข้อผิดพลาด 'บัฟเฟอร์ไม่เพียงพอขณะแปลงสตริงภายในโมดูลข้อความ' สำหรับการดึงข้อมูลล่วงหน้าบน Mac
15 พฤศจิกายน 2565 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.1
ลบข้อกำหนดเชิงโต้ตอบเพื่อกำหนดค่า SRA Toolkit
การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างพื้นที่เก็บข้อมูล:
เพื่อให้บริการกลุ่มผู้ใช้ที่แตกต่างกันได้ดียิ่งขึ้น ไดเร็กทอรี tools/ ของที่เก็บ sra-tools จะแบ่งออกเป็นไดเร็กทอรีย่อยหลายไดเร็กทอรี:
ภายนอก/ - เครื่องมือที่ประกอบด้วยผู้ใช้ปลายทางที่ต้องเผชิญกับชุดเครื่องมือ sra เหล่านี้คือเครื่องมือที่ติดตั้งบนเครื่องของผู้ใช้ชุดเครื่องมือ นี่คือเป้าหมาย make เริ่มต้น
ภายใน/ - เครื่องมือที่มุ่งเน้นไปที่นักพัฒนาชุดเครื่องมือและผู้ใช้ภายในของ NCBI
loaders/ - เครื่องมือที่ใช้ในไปป์ไลน์การโหลดไฟล์เก็บถาวร เช่น NCBI SRA
test-tools/ - เครื่องมือที่ใช้ในการทดสอบชุดเครื่องมือภายใน NCBI
คำสั่ง 'make' เริ่มต้นจะสร้างเฉพาะเครื่องมือภายนอกเท่านั้น หากต้องการสร้างเครื่องมือประเภทอื่นๆ ให้ใช้เป้าหมาย/แฟล็กเหล่านี้:
'make all' - เพื่อสร้างทุกอย่าง รวมถึงโปรเจ็กต์ทดสอบ (อยู่ใน sra-tools/test/)
'make BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON' - เพื่อสร้างเครื่องมือภายนอกและภายใน
'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON' - เพื่อสร้างเครื่องมือภายนอกและตัวโหลด
'make BUILD_TOOLS_TEST_TOOLS=ON' - เพื่อสร้างเครื่องมือภายนอกและเครื่องมือทดสอบ
'make TOOLS_ONLY=ON' - เพื่อข้ามการสร้างโครงการทดสอบ
แฟล็กบิลด์ที่แสดงด้านบนสามารถรวมกันบนบรรทัดคำสั่งเดียวกันได้ เช่น 'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON TOOLS_ONLY=ON' จะสร้างทุกอย่างยกเว้นเครื่องมือทดสอบและโปรเจ็กต์ทดสอบ
4 สิงหาคม 2022 : อัปเดตความปลอดภัย
เนื่องจากการรักษาความปลอดภัยที่อัปเดตที่ NCBI เวอร์ชันของ SRA Toolkit 2.9.6 และเก่ากว่าจะไม่สามารถเชื่อมต่อกับบริการระบุตำแหน่งข้อมูล NCBI ได้อีกต่อไป เราแนะนำให้ผู้ใช้ที่ได้รับผลกระทบอัปเดตชุดเครื่องมือ SRA เป็นเวอร์ชันล่าสุด
10 กุมภาพันธ์ 2565 : ชุดเครื่องมือ SRA 3.0.0
SRA ของ NCBI เปลี่ยนระบบการสร้างซอร์สเพื่อใช้ CMake ในชุดเครื่องมือรุ่น 3.0.0 การเปลี่ยนแปลงนี้เป็นขั้นตอนสำคัญในการปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงานของนักพัฒนา เนื่องจากให้การเข้าถึงข้ามแพลตฟอร์มแบบครบวงจรเพื่อรองรับระบบการสร้างหลายระบบ การเปลี่ยนแปลงนี้ส่งผลต่อนักพัฒนาที่สร้างเครื่องมือ NCBI SRA จากแหล่งที่มา ไม่รองรับ makefiles และระบบ build เก่าอีกต่อไป
การเปลี่ยนแปลงนี้ยังรวมถึงโครงสร้างของที่เก็บ GitHub ซึ่งได้รับการรวมเข้าด้วยกันเพื่อให้มีสภาพแวดล้อมที่ง่ายขึ้นสำหรับการสร้างเครื่องมือและไลบรารี (รวม NGS libs และการอ้างอิงเข้าด้วยกัน) การรวมไลบรารี NGS และการขึ้นต่อกันช่วยให้การแยกขอบเขตการใช้งานดีขึ้น และทำให้การสร้างตรงไปตรงมามากขึ้น
ncbi/ngs
พื้นที่เก็บข้อมูลนี้ถูกแช่แข็ง การพัฒนาในอนาคตทั้งหมดจะเกิดขึ้นในพื้นที่เก็บข้อมูล GitHub ncbi/sra-tools (พื้นที่เก็บข้อมูลนี้) ภายใต้ไดเรกทอรีย่อย ngs/
ncbi/ncbi-vdb
ระบบการสร้างของโปรเจ็กต์นี้อิงจาก CMake ไลบรารีที่ให้การเข้าถึงข้อมูล SRA ในรูปแบบ VDB ผ่าน NGS API ได้ย้ายไปยังที่เก็บ GitHub ncbi/sra-tools
| เก่า (URL พื้นฐาน: https://github.com/ncbi/ncbi-vdb) | ใหม่ (URL พื้นฐาน: https://github.com/ncbi/sra-tools) |
|---|---|
libs/ngs | ngs/ncbi/ngs |
libs/ngs-c++ | ngs/ncbi/ngs-c++ |
libs/ngs-jni | ngs/ncbi/ngs-jni |
libs/ngs-py | ngs/ncbi/ngs-py |
libs/vdb-sqlite | libs/vdb-sqlite |
test/ngs-java | test/ngs-java |
test/ngs-python | test/ngs-python |
ncbi/sra-tools (พื้นที่เก็บข้อมูลนี้)
ระบบการสร้างของโปรเจ็กต์นี้อิงจาก CMake โปรเจ็กต์ได้รับส่วนประกอบใหม่บางส่วนตามที่ระบุไว้ในตารางด้านบน
25 ตุลาคม 2021 ชุดเครื่องมือ SRA 2.11.3:
แก้ไขข้อบกพร่องใน fasta-dump: พารามิเตอร์ fasta และ fasta-unsorted ทำงานได้อย่างถูกต้อง
7 ตุลาคม 2021 ชุดเครื่องมือ SRA 2.11.2:
ขณะนี้ข้อมูล SRA พร้อมใช้งานแล้วทั้งแบบคะแนนคุณภาพพื้นฐานแบบเต็ม (รูปแบบ SRA Normalized) หรือแบบคะแนนคุณภาพแบบง่าย (SRA Lite) ขึ้นอยู่กับความต้องการของผู้ใช้ ทั้งสองรูปแบบสามารถสตรีมได้ตามความต้องการในประเภทไฟล์เดียวกัน (fastq, sam ฯลฯ) ดังนั้นจึงเข้ากันได้กับเวิร์กโฟลว์และแอปพลิเคชันที่มีอยู่ที่คาดหวังคะแนนคุณภาพ อย่างไรก็ตาม รูปแบบ SRA Lite มีขนาดเล็กกว่ามาก ทำให้สามารถลดขนาดพื้นที่จัดเก็บข้อมูลและเวลาในการถ่ายโอนข้อมูล ทำให้การถ่ายโอนข้อมูลเสร็จสิ้นได้รวดเร็วยิ่งขึ้น ชุดเครื่องมือ SRA มีค่าเริ่มต้นให้ใช้รูปแบบ SRA Normalized ที่มีคะแนนคุณภาพเต็มต่อฐาน แต่ผู้ใช้ที่ไม่ต้องใช้คะแนนคุณภาพพื้นฐานเต็มสำหรับการวิเคราะห์สามารถขอเวอร์ชัน SRA Lite เพื่อประหยัดเวลาในการถ่ายโอนข้อมูลได้ หากต้องการขอข้อมูล SRA Lite เมื่อใช้ชุดเครื่องมือ SRA ให้ตั้งค่าตัวเลือก "ต้องการไฟล์ SRA Lite ที่มีคะแนนคุณภาพพื้นฐานแบบง่าย" บนหน้าหลักของการกำหนดค่าชุดเครื่องมือ ซึ่งจะแนะนำให้เครื่องมือใช้รูปแบบ SRA Lite เป็นพิเศษเมื่อมีให้ใช้งาน ( โปรดใช้ชุดเครื่องมือเวอร์ชัน 2.11.2 หรือใหม่กว่าเพื่อเข้าถึงคุณลักษณะนี้) คะแนนคุณภาพที่สร้างจากไฟล์ SRA Lite จะเท่ากันสำหรับแต่ละฐานภายในการอ่านที่กำหนด (คุณภาพ = 30 หรือ 3 ขึ้นอยู่กับว่าตั้งค่าสถานะตัวกรองการอ่านเป็น 'ผ่าน' หรือ 'ปฏิเสธ') ข้อมูลในรูปแบบ SRA Normalized ที่มีคะแนนคุณภาพพื้นฐานเต็มจะยังคงมีนามสกุลไฟล์ .sra ในขณะที่ไฟล์ SRA Lite จะมีนามสกุลไฟล์ .sralite สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม โปรดดูหน้ารูปแบบข้อมูลของเรา
17 สิงหาคม 2021: ชุดเครื่องมือ SRA 2.11.1
15 มีนาคม 2021: ชุดเครื่องมือ SRA 2.11.0
16 ธันวาคม 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.9
29 มิถุนายน 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.8
20 พฤษภาคม 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.7
18 พฤษภาคม 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.6
1 เมษายน 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.5
26 กุมภาพันธ์ 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.4
18 กุมภาพันธ์ 2020: ชุดเครื่องมือ SRA 2.10.3
sra-tools รุ่น 2.10.2 ให้การเข้าถึง dbGaP สาธารณะและการเข้าถึงแบบควบคุม ทั้งหมดของ SRA ในสภาพแวดล้อม AWS และ GCP (Linux สำหรับรุ่นนี้เท่านั้น) รูปแบบการส่งต้นฉบับของไฟล์เก็บถาวรขนาดใหญ่และข้อมูลที่อยู่ในรูปแบบ SRA นี้สามารถเข้าถึงได้และคำนวณบนคลาวด์เหล่านี้ โดยไม่จำเป็นต้องดาวน์โหลดจาก NCBI FTP พร้อมทั้งปรับปรุงประสิทธิภาพด้วย
เครื่องมือ prefetch ยังดึง ไฟล์การส่งต้นฉบับ นอกเหนือจากข้อมูล ETL สำหรับข้อมูล dbGaP แบบสาธารณะและแบบควบคุม
ด้วย sra-tools รุ่น 2.10.0 เราได้เพิ่มการดำเนินการบนคลาวด์เนทีฟสำหรับสภาพแวดล้อม AWS และ GCP (Linux สำหรับรุ่นนี้เท่านั้น) เพื่อใช้กับ SRA สาธารณะ prefetch สามารถดึงไฟล์การส่งต้นฉบับนอกเหนือจากข้อมูล ETL
ด้วยรีลีส 2.9.1 ของ sra-tools ในที่สุดเราก็ได้เปิดตัวเครื่องมือ fasterq-dump ซึ่งมาแทนที่เครื่องมือ fastq-dump ที่เก่ากว่ามาก ตามชื่อของมัน มันทำงานเร็วขึ้น และเหมาะสมกว่าสำหรับการแปลงออบเจ็กต์ SRA ขนาดใหญ่เป็นไฟล์ FASTQ ที่พบได้ทั่วไปบนไซต์ที่มีพื้นที่ดิสก์เพียงพอสำหรับไฟล์ชั่วคราว fasterq-dump เป็นแบบมัลติเธรดและดำเนินการรวมเป็นกลุ่มในลักษณะที่ปรับปรุงประสิทธิภาพเมื่อเปรียบเทียบกับ fastq-dump ซึ่งดำเนินการรวมตามเกณฑ์ต่อบันทึก (และเป็นแบบเธรดเดียว)
fastq-dump ยังคงได้รับการสนับสนุนเนื่องจากจัดการกรณีมุมได้มากกว่า fasterq-dump แต่มีแนวโน้มที่จะเลิกใช้งานในอนาคต
คุณสามารถรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ fasterq-dump ได้ใน Wiki ของเราที่ https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump
สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการใช้ การกำหนดค่า และการสร้างชุดเครื่องมือ กรุณาเยี่ยมชมวิกิของเราหรือเว็บไซต์ของเราที่ NCBI
ทีมพัฒนาชุดเครื่องมือ SRA
