ซิเรียส
SIRIUS
วิธีการของเรานำเสนอต่อชุมชนวิทยาศาสตร์ในรูปแบบแหล่งข้อมูลที่หาได้ฟรี (Re-) ห้ามเผยแพร่วิธีการทั้งหมดหรือบางส่วนเพื่อวัตถุประสงค์ทางการค้า บริการเว็บ SIRIUS (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist และอื่นๆ) ที่โฮสต์โดยกลุ่ม Böcker มีไว้เพื่อการวิจัยเชิงวิชาการและการใช้งานด้านการศึกษาเท่านั้น โปรดตรวจสอบข้อกำหนดในการให้บริการของเวอร์ชันวิชาการเพื่อดูรายละเอียด สำหรับผู้ใช้ที่ไม่ใช่นักวิชาการ Bright Giant GmbH จะมอบใบอนุญาตและบริการที่เกี่ยวข้องทั้งหมด เราขอให้ผู้ใช้เครื่องมือของเราอ้างอิงเอกสารที่เกี่ยวข้องในสิ่งพิมพ์ผลลัพธ์ใดๆ
SIRIUS เป็นเฟรมเวิร์กซอฟต์แวร์ที่ใช้จาวาสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล LC-MS/MS ของสารเมตาบอไลต์และ "โมเลกุลขนาดเล็กที่มีประโยชน์ทางชีวภาพ" อื่นๆ SIRIUS ผสานรวมชุดเครื่องมือของเรา รวมถึง CSI:FingerID (พร้อม COSMIC), ZODIAC, CANOPUS โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ทั้งอินเทอร์เฟซผู้ใช้แบบกราฟิกและเวอร์ชันบรรทัดคำสั่งของ SIRIUS ผสานรวมบริการเว็บ CSI:FingerID, CANOPUS และ MSNovelist ได้อย่างราบรื่น
ผู้พัฒนาหลักของ SIRIUS คือกลุ่ม Böcker และ Bright Giant GmbH
เอกสารออนไลน์
วิดีโอสอน
บทที่หนังสือเกี่ยวกับการใช้ SIRIUS 4 (พิมพ์ล่วงหน้า) -- ไม่ครอบคลุมตัวเลือกการประมวลผล LC-MS/MS ใหม่
ข้อมูลสาธิต
โลโก้สำหรับสิ่งพิมพ์และการนำเสนอ
สำหรับ Windows (64 บิต): msi / zip
สำหรับ Mac (64 บิต): pkg / zip
สำหรับ Linux (64 บิต): zip
สามารถดูรุ่นทั้งหมด (รวมถึงรุ่นก่อนหน้า) ได้ที่นี่
สำหรับ Windows และ MacOS ควรเลือกใช้เวอร์ชันตัวติดตั้ง SIRIUS (msi/pkg) แต่อาจต้องได้รับอนุญาตจากผู้ดูแลระบบ
เนื่องจากเราไม่จ่ายเงินให้ Microsoft/Apple สำหรับการรับรอง คุณอาจต้องยืนยันว่าคุณต้องการเชื่อถือ "ซอฟต์แวร์จากแหล่งที่ไม่รู้จัก" บน Windows/MacOS เมื่อใช้โปรแกรมติดตั้งที่กลุ่ม Böcker มอบให้ ดังนั้น เราขอแนะนำอย่างยิ่งให้ใช้ตัวติดตั้ง ที่ลงนาม โดย Bright Giant (ลิงก์ด้านบนด้วย) โปรแกรมติดตั้งเหล่านี้ทำให้กระบวนการติดตั้งง่ายขึ้นโดยไม่ก่อให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัยของระบบปฏิบัติการที่เกี่ยวข้อง (หรือน้อยกว่านั้น)
ดูเอกสารประกอบสำหรับรายละเอียด
สามารถสร้างบัญชีผู้ใช้ได้โดยตรงผ่าน SIRIUS GUI กรุณาใช้ ที่อยู่อีเมลสถาบัน ของคุณ บริการเว็บ SIRIUS นั้นฟรีสำหรับการใช้งานเชิงวิชาการ/ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ โดยปกติสถาบันการศึกษาจะถูกระบุด้วยโดเมนอีเมลและจะได้รับสิทธิ์การเข้าถึงโดยอัตโนมัติ ในบางกรณี อาจจำเป็นต้องมีการตรวจสอบความถูกต้องทางวิชาการ/ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ของคุณเพิ่มเติม ดูเพิ่มเติมที่ เอกสาร SIRIUS – บัญชีและใบอนุญาต
ซิเรียส
SIRIUS-API Java SDK
SIRIUS-API SDK
หากต้องการรับข่าวสาร ความช่วยเหลือ หรือถามคำถาม โปรดเข้าร่วมชุมชน Gitter ของเรา #sirius-ms:gitter.im
สำหรับรายงานข้อผิดพลาดหรือคำขอคุณลักษณะ โปรดใช้ปัญหาใน GitHub ของเรา หรือตรวจสอบเอกสารประกอบสำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับหัวข้อนี้
ต้นไม้กระจายตัวและสเปกตรัมสามารถอัปโหลดได้โดยตรงจาก SIRIUS ไปยังบริการเว็บ CSI:FingerID, CANOPUS และ MSNovelist ผลลัพธ์จะถูกดึงมาจากบริการบนเว็บและสามารถแสดงได้ในส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิกของ SIRIUS ฟังก์ชันนี้ยังมีให้ใช้งานในเครื่องมือบรรทัดคำสั่ง SIRIUS อีกด้วย โครงสร้างการฝึกอบรมสำหรับ CSI:FingerID's Predictor พร้อมใช้งานผ่าน CSI:FingerID web API:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructors?predictor=1 (โครงสร้างการฝึกสำหรับโหมดไอออนบวก)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (โครงสร้างการฝึกสำหรับโหมดไอออนลบ)
การตีความสเปกตรัมมวลแบบเรียงกันด้วยตนเองนั้นใช้เวลานานและไม่สำคัญ SIRIUS วิเคราะห์รูปแบบการกระจายตัวซึ่งส่งผลให้เกิดแผนผังการกระจายตัวตามสมมุติฐาน ซึ่งโหนดต่างๆ ได้รับการใส่คำอธิบายประกอบด้วยสูตรโมเลกุลของแฟรกเมนต์และส่วนโค้ง (ขอบ) แสดงถึงเหตุการณ์การแตกแฟรกเมนต์ (การสูญเสีย) SIRIUS ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูล MS สารประกอบขนาดเล็กที่มีปริมาณงานสูงโดยอัตโนมัติและนอกเหนือจากองค์ประกอบขององค์ประกอบ โดยไม่ต้องใช้โครงสร้างผสมหรือฐานข้อมูลแมสสเปกตรัม
SIRIUS อนุมานสูตรโมเลกุลของสารประกอบขนาดเล็กโดยจัดอันดับรูปแบบไอโซโทปจากสเปกตรัมมวลที่มีความละเอียดสูง หลังจากการประมวลผลล่วงหน้า ผลลัพธ์ของแมสสเปกโตรมิเตอร์คือรายการพีคซึ่งสอดคล้องกับมวลของโมเลกุลตัวอย่างและความอุดมสมบูรณ์ของพวกมัน โดยหลักการแล้ว องค์ประกอบองค์ประกอบของโมเลกุลขนาดเล็กสามารถระบุได้โดยใช้มวลที่แม่นยำเท่านั้น อย่างไรก็ตาม แม้จะมีความแม่นยำของมวลที่สูงมาก แต่ก็ยังได้สูตรหลายสูตรในบริเวณที่มีมวลสูงกว่า แมสสเปกโตรเมตรีความละเอียดสูงช่วยให้เราระบุรูปแบบไอโซโทปของโมเลกุลตัวอย่างได้อย่างแม่นยำ และใช้ข้อมูลนี้เพื่อระบุองค์ประกอบองค์ประกอบของโมเลกุลตัวอย่าง สามารถดาวน์โหลด SIRIUS เป็นส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิก (ดู Sirius GUI) หรือเป็นเครื่องมือบรรทัดคำสั่ง
ไค ดูห์คอป, มาร์คุส เฟลชเชาเออร์, มาร์คัส ลุดวิก, อเล็กซานเดอร์ เอ. อัคเซนอฟ, อเล็กเซย์ วี. เมลนิค, มาร์วิน มิวเซล, ปีเตอร์ ซี. ดอร์เรสไตน์, จูโฮ รูซู และเซบาสเตียน บอคเกอร์ ซิเรียส 4: การเปลี่ยนสเปกตรัมมวลเรียงกันเป็นข้อมูลโครงสร้างเมตาบอไลต์ วิธีธรรมชาติ 16, 299–302, 2019
Michael A. Stravs และ Kai Dührkop, Sebastian Böcker และ Nicola Zamboni MSNovelist: การสร้างโครงสร้างใหม่จากสเปกตรัมมวล วิธีธรรมชาติ 19, 865–870, 2022 (อ้างอิงหากคุณใช้: MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop และ Sebastian Böcker คำอธิบายประกอบเชิงโครงสร้างที่มีความมั่นใจสูงของสารเมตาบอไลต์ที่ขาดหายไปจากไลบรารีสเปกตรัม เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ 40, 411–421, 2022 (อ้างอิงหากคุณใช้: CSI:FingerID , COSMIC )
ไค ดูห์คอป, หลุยส์-เฟลิกซ์ โนเธียส, มาร์คุส เฟลชเชาเออร์, ราฟาเอล เรเฮอร์, มาร์คัส ลุดวิก, มาร์ติน เอ. ฮอฟฟ์มันน์, แดเนียล เปตราส, วิลเลียม เอช. เกอร์วิค, จูโฮ รูซู, ปีเตอร์ ซี. ดอร์เรสไตน์ และเซบาสเตียน บัคเกอร์ การจำแนกประเภทสารที่ไม่รู้จักอย่างเป็นระบบโดยใช้สเปกตรัมมวลการกระจายตัวที่มีความละเอียดสูง เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ , 2020. (อ้างอิงหากคุณใช้ CANOPUS )
ยานนิค ฌูมบู เฟอูนัง, โรมัน ไอส์เนอร์, เคร็ก น็อกซ์, ลีโอนิด เชเปเลฟ, ยานน่า เฮสติงส์, แกเร็ธ โอเว่น, อีออยน์ ฟาฮี, คริสตอฟ สไตน์เบ็ค, ชานการ์ ซูบรามาเนียน, อีวาน โบลตัน, รัสเซลล์ ไกรเนอร์, เดวิด เอส. วิชอาร์ต ClassyFire: การจำแนกประเภทสารเคมีอัตโนมัติพร้อมอนุกรมวิธานที่คำนวณได้และครอบคลุม Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016 (สิ่งพิมพ์ของ ClassyFire อ้างอิงสิ่งนี้หากคุณใช้ CANOPUS )
มาร์คัส ลุดวิก, หลุยส์-เฟลิกซ์ โนเธียส, ไค ดูห์คอป, อิริน่า โคสเตอร์, มาร์คุส เฟลชเชาเออร์, มาร์ติน เอ. ฮอฟฟ์มันน์, แดเนียล เปตราส, เฟอร์นันโด วาร์กัส, มุสตาฟา มอร์ซี, ลิฮินี่ อลูวิฮาเร, ปีเตอร์ ซี. ดอร์เรสไตน์, เซบาสเตียน บัคเกอร์ คำอธิบายประกอบสูตรโมเลกุลที่ไม่ขึ้นกับฐานข้อมูลโดยใช้การสุ่มตัวอย่าง Gibbs ผ่าน ZODIAC Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020 (อ้างอิงหากคุณใช้ ZODIAC )
ไค ดูห์คอป และเซบาสเตียน บัคเกอร์ ต้นไม้กระจายตัวถูกโหลดใหม่ Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. (อ้างอิงสิ่งนี้สำหรับ การวิเคราะห์รูปแบบการกระจายตัวและการคำนวณต้นไม้การกระจายตัว )
ไค ดูห์คอป, ฮุยบิน เชน, มาร์วิน มูเซล, จูโฮ รูซู และเซบาสเตียน บัคเกอร์ ค้นหาฐานข้อมูลโครงสร้างโมเลกุลด้วยสเปกตรัมมวลตีคู่โดยใช้ CSI:FingerID การดำเนินการของ National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015 (อ้างอิงสิ่งนี้เมื่อ ใช้ CSI:FingerID )
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták และ Anton Pervukhin SIRIUS: รูปแบบการสลายไอโซโทปเพื่อระบุสารเมตาบอไลต์ ชีวสารสนเทศศาสตร์ 25(2), 218-224, 2009 (อ้างอิงสิ่งนี้เพื่อ การวิเคราะห์รูปแบบไอโซโทป )
ซือเป่ยซิง, ซัมเซิน, ปังหัวซู, เสี่ยวเซียวหลี่ และเถาฮวน BUDDY: การค้นพบสูตรโมเลกุลผ่านการสอบสวน MS/MS จากล่างขึ้นบน วิธีธรรมชาติ 20, 881–890, 2023 (อ้างอิงหากคุณใช้: การสร้างสูตรโมเลกุลจากล่างขึ้นบน)
มาร์คัส ลุดวิก, ไค ดูห์คอป และเซบาสเตียน และบ็อคเกอร์ เครือข่ายแบบเบย์สำหรับการระบุสารเมตาบอไลต์ของแมสสเปกโตรเมตริกผ่านลายนิ้วมือระดับโมเลกุล ชีวสารสนเทศศาสตร์ , 34(13): i333-i340. 2561. ของระบบอัจฉริยะสำหรับอณูชีววิทยา (ISMB 2018) (อ้างอิงสำหรับ CSI:FingerID Scoring)
ดับเบิลยู ทิโมธี เจ. ไวท์, สเตฟาน เบเยอร์, ไค ดูห์คอป, มาร์คุส ชิมานี่ และเซบาสเตียน บุคเกอร์ Subtrees ที่มีสีสันอย่างรวดเร็ว ใน Proc. ของ Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2015) เล่มที่ 9198 ของ Lect Notes Comput Sci หน้า 310-322 Springer, Berlin, 2015. (อ้างอิงสิ่งนี้ว่า ทำไมการคำนวณจึงรวดเร็ว แม้แต่บนคอมพิวเตอร์แล็ปท็อป)
ฮุยปิน เชน, ไค ดูห์คอป, เซบาสเตียน บ็อคเกอร์ และจูโฮ รูซู การระบุเมตาโบไลต์ผ่านการเรียนรู้เคอร์เนลหลายตัวบนแผนผังการกระจายตัว ชีวสารสนเทศศาสตร์ , 30(12):i157-i164, 2014. ของ ระบบอัจฉริยะสำหรับอณูชีววิทยา (ISMB 2014) (แนะนำ เครื่องจักรเบื้องหลัง CSI:FingerID )
อิมราน เราฟ์, ฟลอเรียน ราเช่, ฟรองซัวส์ นิโคลัส และเซบาสเตียน บัคเกอร์ การค้นหาทรีย่อยที่มีสีสันสูงสุดในทางปฏิบัติ J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013 (เพิ่มเติม งานก่อนหน้านี้เกี่ยวกับ สาเหตุที่การคำนวณรวดเร็ว ในปัจจุบัน)
ไฮโนเนน ม.; เชน, เอช.; แซมโบนี่ น.; การระบุ Rousu, J. Metabolite และการทำนายลายนิ้วมือระดับโมเลกุลผ่านการเรียนรู้ของเครื่อง ชีวสารสนเทศศาสตร์ , 2555. ปีที่. 28, nro 18, หน้า 2333-2341. (แนะนำ แนวคิดในการทำนายลายนิ้วมือระดับโมเลกุล จากข้อมูล MS แบบตีคู่)
ฟลอเรียน ราเช, อเลช สวาโตส, ราวี คูมาร์ มัดดูลา, คริสตอฟ บอตต์เชอร์ และเซบาสเตียน บุคเกอร์ การคำนวณต้นไม้การกระจายตัวจากข้อมูลมวลสารแบบตีคู่ เคมีวิเคราะห์ (2011) 83 (4): 1243–1251 (อ้างอิงสิ่งนี้เพื่อ แนะนำต้นไม้กระจายตัว ที่ SIRIUS ใช้)
เซบาสเตียน บัคเกอร์ และฟลอเรียน ราเช่ สู่การระบุสารเมตาโบไลต์โดยการวิเคราะห์สเปกตรัมมวลควบคู่ ชีวสารสนเทศศาสตร์ (2008) 24 (16): i49-i55. ( รายงานฉบับแรกสุดที่กล่าวถึงต้นไม้ที่แตกเป็นเสี่ยง ที่ SIRIUS ใช้)
ตั้งแต่เวอร์ชัน 4.4.27 เป็นต้นไป SIRIUS ได้รับอนุญาตภายใต้ GNU Affero General Public License (GPL) หากคุณรวม SIRIUS เข้ากับซอฟต์แวร์อื่น เราขอแนะนำให้คุณใช้ SIRIUS รวมถึงวรรณกรรมต่างๆ เพื่ออ้างอิงอย่างโปร่งใสต่อผู้ใช้
