RaMP DB
v2.3.3
RaMP 3.0 เปิดตัวแล้วและมีฐานข้อมูลแบ็กเอนด์ที่อัปเดตพร้อมคำอธิบายประกอบแบบขยายสำหรับเมตาบอไลต์มากกว่า 200,000 รายการและยีน/โปรตีนประมาณ 16,000 รายการ คำอธิบายประกอบรวมถึงวิถีทางชีวภาพ คลาสและโครงสร้างทางเคมี (สำหรับเมตาบอไลต์เท่านั้น) ภววิทยา (เฉพาะเมตาบอไลต์) และความสัมพันธ์ของเอนไซม์-เมตาบอไลต์ตามปฏิกิริยาทางเคมี คำอธิบายประกอบดึงมาจากฐานข้อมูลปฏิกิริยา HMDB, KEGG (ผ่าน HMDB), Lipid-MAPS, WikiPathways, Reactome, CheBI และ Rhea
แพ็คเกจ R นี้ประกอบด้วยฟังก์ชันที่อนุญาตให้ผู้ใช้เชื่อมต่อกับทรัพยากรที่อัปเดตและครอบคลุมนี้ ฟังก์ชันต่างๆ ได้แก่ 1) การสืบค้นแบบง่ายและเป็นชุดสำหรับวิถี ออนโทโลยี คำอธิบายประกอบทางเคมี และความสัมพันธ์ของยีน-เมตาบอไลต์ในระดับปฏิกิริยา 2) การวิเคราะห์วิถีทางและการเสริมสมรรถนะทางเคมี
รหัสที่ใช้สร้างฐานข้อมูล RaMP แบ็กเอนด์มีให้ใช้งานได้ฟรีที่ https://github.com/ncats/RaMP-Backend
กรุณาคลิกที่นี่เพื่อดูต้นฉบับล่าสุดของเรา
เว็บอินเทอร์เฟซที่ปรับปรุงใหม่ของเราสามารถพบได้ที่ https://rampdb.nih.gov/ รหัสนี้เผยแพร่ต่อสาธารณะที่ https://github.com/ncats/RaMP-Client/
เข้าถึง API ได้แล้วที่นี่
วัตถุประสงค์ของ RaMP คือการจัดหาฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะซึ่งรวมเอาสารเมตาบอไลต์และยีน/โปรตีนทางชีวภาพ เคมี และอื่นๆ จากหลายแหล่ง โครงสร้างฐานข้อมูลและข้อมูลพร้อมใช้งานในรูปแบบไฟล์ฐานข้อมูล SQLite และจะถูกดาวน์โหลดโดยตรงเมื่อใช้แพ็คเกจ RaMP โปรดดูคำแนะนำในการติดตั้งสำหรับข้อมูลเพิ่มเติม โปรดทราบว่าโครงการนี้อยู่ในการพัฒนาอย่างต่อเนื่องและเราขอขอบคุณทุกข้อเสนอแนะ
หากมีคำถามหรือข้อเสนอแนะ โปรดส่งข้อความถึงเราที่ [email protected]
หากคุณพบข้อบกพร่อง โปรดส่งปัญหาผ่าน repo GitHub นี้
แพ็คเกจ R และแอปที่เกี่ยวข้องดำเนินการค้นหาต่อไปนี้:
1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses
คำแนะนำโดยละเอียดสำหรับการติดตั้ง RaMP ในเครื่องอยู่ด้านล่างนี้ นอกจากนี้เรายังได้รวบรวมบทความสั้นไว้เพื่อให้คุณเริ่มต้นการวิเคราะห์ได้ คลิกที่นี่เพื่อดูบทความสั้น
หากคุณใช้ RaMP-DB โปรดอ้างอิงงานต่อไปนี้:
Braisted J, แพต A, Tindall C, Sheils T, Neyra J, Spencer K, Eicher T, Mathé EA RaMP-DB 2.0: ฐานความรู้ที่ได้รับการปรับปรุงใหม่เพื่อรับข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยาและเคมีจากเมตาบอไลต์ โปรตีน และยีน ชีวสารสนเทศศาสตร์ 1 ม.ค. 2023 1 ม.ค.;39(1):btac726. ดอย: 10.1093/bioinformatics/btac726. PMID: 36373969; PMCID: PMC9825745. หากต้องการเข้าถึงคลิกที่นี่
Zhang, B. , et al., RaMP: ฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์ที่ครอบคลุมของเส้นทางเมตาโบโลมิกส์สำหรับการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของเส้นทางของยีนและเมตาโบไลต์ เมตาบอไลต์, 2018. 8(1). PMID: 29470400; PMCID: PMC5876005; DOI: 10.3390/metabo8010016 หากต้องการเข้าถึง คลิกที่นี่
หากต้องการใช้แพ็คเกจ R นี้ในเครื่อง คุณจะต้องติดตั้งโค้ด R ใต้พื้นที่เก็บข้อมูลนี้
หมายเหตุพิเศษ: มีความเข้ากันไม่ได้ (รายงานที่นี่: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html) ระหว่างเวอร์ชันของ BiocFileCache ที่ติดตั้งโดยใช้ BiocManager (2.8.0) และเวอร์ชันจริง เวอร์ชันล่าสุด (2.10.1) อย่างหลังจำเป็นต้องเข้ากันได้กับการพึ่งพาอื่น ๆ ใน RaMP-DB หากต้องการติดตั้งเวอร์ชันล่าสุด คุณจะต้องดาวน์โหลดไฟล์ต้นฉบับจาก Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html) จากนั้นติดตั้งโดยใช้ฟังก์ชัน install.packages() สำหรับ Mac มีลักษณะดังนี้:
install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")
คุณสามารถติดตั้งแพ็คเกจนี้ได้โดยตรงจาก GitHub โดยใช้ฟังก์ชัน install_github() ที่มีอยู่ในแพ็คเกจ devtools ใน R Console ให้พิมพ์ดังต่อไปนี้:
# Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )
# Load the package
library( RaMP )
# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()
# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()
# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )
เมื่อป้อนรหัสยีนหรือเมตาบอไลต์สำหรับการสืบค้น รหัสควรนำหน้าด้วยฐานข้อมูลต้นกำเนิด เช่น kegg:C02712, hmdb:HMDB04824 หรือ CAS:2566-39-4 รายการรหัสเมตาบอไลต์หรือยีน/โปรตีนอาจมีแหล่งที่มาผสมกัน อย่าลืมใส่เครื่องหมายทวิภาคไว้ข้างหน้าด้วย คำนำหน้ารหัสที่รวมอยู่ใน RaMP ในปัจจุบันคือ:
| ประเภทนักวิเคราะห์ | ประเภทคำนำหน้า ID |
|---|---|
| เมตาบอไลต์ | hmdb, pubchem, chebi, chemspider, kegg, CAS, LIPIDMAPS, swisslipids, lipidbank, วิกิดาต้า, plantfa, kegg_glycan |
| ยีน/โปรตีน | ทั้งมวล, เอนเทรซ, gene_สัญลักษณ์, ยูนิโพรต, hmdb, ncbiprotein, EN, วิกิดาต้า, เชบี |
ฟังก์ชัน RaMP ต่อไปนี้สามารถใช้เพื่อแสดงรายการประเภทคำนำหน้า ID ที่แสดงทั้งหมด
rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')
