วิธีดาวน์โหลดข้อมูลเมตาของจีโนมที่มีอยู่ทั้งหมดของสิ่งมีชีวิตใน NCBI ด้วยตนเอง

จะดาวน์โหลดข้อมูลเมตาของจีโนมที่มีอยู่ทั้งหมดของสิ่งมีชีวิตใน NCBI ด้วยตนเองได้อย่างไร

ผู้เขียน: ดร. Asad Prodhan https://asadprodhan.github.io/

ขั้นตอนที่ 1: ค้นหาสิ่งมีชีวิตของคุณในฐานข้อมูล NCBI

• ไปที่เว็บไซต์ NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• ค้นหาสิ่งมีชีวิตของคุณตามที่แสดง Fusarium ในกล่องสี่เหลี่ยมสีแดงในรูปที่ 1

• ผลลัพธ์การค้นหาจะแสดงตามหมวดหมู่ต่างๆ (รูปที่ 1)

• คลิกที่ฐานข้อมูลจีโนมตามที่ระบุด้วยรูปหกเหลี่ยมสีแดงในรูปที่ 1

รูปที่ 1: ค้นหาสิ่งมีชีวิตของคุณในฐานข้อมูล NCBI

ขั้นตอนที่ 2: เลือกข้อมูลเมตาที่คุณสนใจ

• คุณจะเห็นบางอย่างเช่นรูปที่ 2

• ทำเครื่องหมายที่กล่องประกอบตามที่ระบุโดยวงกลมสีแดงในรูปที่ 2

• คลิกที่แท็บ เลือกคอลัมน์ ตามที่ระบุโดยสี่เหลี่ยมสีแดงในรูปที่ 2

รูปที่ 2: เลือกข้อมูลเมตาที่คุณสนใจ

• เลือกข้อมูลเมตาที่คุณสนใจแล้วนำไปใช้ (รูปที่ 3)

รูปที่ 3: ข้อมูลเมตาที่มีอยู่

ขั้นตอนที่ 3: ดาวน์โหลดข้อมูลเมตา

• คลิกที่แท็บดาวน์โหลดตามที่ระบุโดยวงกลมสีแดงในรูปที่ 4

• เลือกดาวน์โหลดตารางจากเมนูแบบเลื่อนลง

• เลือกรูปแบบค่าที่คั่นด้วยแท็บ (TSV)

• คลิกดาวน์โหลด

รูปที่ 4: ดาวน์โหลดข้อมูลเมตา

ขั้นตอนที่ 3: แปลงไฟล์ TSV เป็นแผ่นงาน Excel

• ไฟล์ TSV ที่มีข้อมูลเมตาจะถูกดาวน์โหลด

• คุณสามารถเปิดไฟล์ TSV ใน Excel ได้ เช่น รูปที่ 5

รูปที่ 5: แผ่นข้อมูลเมตา

ตอนนี้ คุณมีแผ่นงาน Excel ที่มีข้อมูลเมตาของลำดับจีโนมที่มีอยู่ทั้งหมดของ Fusarium

คุณสามารถจัดเรียงข้อมูลเหล่านี้และแสดงรายการหมายเลขชุดประกอบที่คุณต้องการดาวน์โหลด

ดูบทช่วยสอนนี้เกี่ยวกับวิธีดาวน์โหลดลำดับจีโนมโดยอัตโนมัติ:

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically