ดาวน์โหลด tombo - ดาวน์โหลด tombo ซอร์สโค้ด

tombo

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

Minor Optimizations and Bug

ดาวน์โหลด

/ONT_logo_deprecate.png

เรามีทรัพยากรชีวสารสนเทศใหม่ที่มาแทนที่ฟังก์ชันการทำงานของโครงการนี้! ดูพื้นที่เก็บข้อมูลใหม่ของเราที่นี่: remora

ขณะนี้พื้นที่เก็บข้อมูลนี้ไม่ได้รับการสนับสนุน และเราไม่แนะนำให้ใช้ โปรดติดต่อ Oxford Nanopore: [email protected] เพื่อขอความช่วยเหลือเกี่ยวกับการสมัครของคุณ หากไม่สามารถอัปเกรดได้

ทอมโบ

Tombo เป็นชุดเครื่องมือหลักสำหรับการระบุนิวคลีโอไทด์ที่ถูกดัดแปลงจากข้อมูลลำดับนาโนพอร์ Tombo ยังมีเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์และการแสดงภาพสัญญาณนาโนพอร์ดิบอีกด้วย

เอกสารรายละเอียดสำหรับคำสั่งและอัลกอริธึม Tombo ทั้งหมดสามารถพบได้ในหน้าเอกสารประกอบของ Tombo

คุณสมบัติ

การตรวจจับฐานดัดแปลง
- รองรับทั้ง DNA และ RNA โดยตรง
  - รายละเอียดการประมวลผล RNA
- อัลกอริธึมการตรวจจับสามแบบรองรับการใช้งานที่หลากหลาย
  - รุ่นทางเลือก (ที่ต้องการ)
  - การเปรียบเทียบตัวอย่าง
  - เดโนโว
การสร้างภาพสัญญาณดิบที่ยึดอ้างอิง
หลาม API การวิเคราะห์สัญญาณดิบ
วิธีการประมาณค่าแบบจำลองที่ใช้งานง่ายพร้อมบทช่วยสอน

เริ่มต้นใช้งาน

การติดตั้ง Conda (วิธีที่ต้องการ)

 # ติดตั้งผ่านสภาพแวดล้อม bioconda (https://bioconda.github.io/#set-up-channels)
conda ติดตั้ง -c bioconda ont-tombo

ขั้นตอนแรกในการวิเคราะห์ Tombo ก็คือการอ่านไฟล์นาโนพอร์ดิบ (สัญญาณดิบเพื่อการจัดลำดับการอ้างอิง) อีกครั้ง ซึ่งจะสร้างดัชนีและจัดเก็บการจัดตำแหน่งสัญญาณดิบที่จำเป็นในการดำเนินการวิเคราะห์ดาวน์สตรีม

ในตัวอย่างนี้ ตัวอย่าง E. coli ได้รับการทดสอบเพื่อหาเขื่อนและเมทิเลชัน dcm (แบบจำลอง CpG มีให้สำหรับการวิเคราะห์ในมนุษย์ด้วย) เมื่อใช้ผลลัพธ์เหล่านี้ สัญญาณดิบจะถูกพล็อตที่ตำแหน่ง dcm ที่ได้รับการแก้ไขที่สำคัญที่สุด และการคาดการณ์ฐานที่ดัดแปลงของเขื่อนจะถูกส่งออกไปยังไฟล์เลื้อยเพื่อใช้ในการประมวลผลดาวน์สตรีมหรือการแสดงภาพในเบราว์เซอร์จีโนม

 tombo resquiggle path/to/fast5s/ Genome.fasta --กระบวนการ 4 --num-most-common-errors 5
tombo detector_modifications Alternative_model --fast5-basedirs path/to/fast5s/ 
    --statistics-file-basename Native.e_coli_sample 
    --เขื่อนสลับฐาน dcm --กระบวนการ 4

# พล็อตสัญญาณดิบที่ตำแหน่ง DCM ที่สำคัญที่สุด
Tombo plot most_significant --fast5-basedirs path/to/fast5s/ 
    --statistics-ชื่อไฟล์ Native.e_coli_sample.dcm.tombo.stats 
    --plot-standard-model --plot-alternate-model dcm 
    --ชื่อไฟล์ PDF ตัวอย่าง.most_significant_dcm_sites.pdf

# สร้างไฟล์ wig โดยมีเศษส่วนโดยประมาณของการอ่านที่แก้ไขในแต่ละไซต์อ้างอิงที่ถูกต้อง
tombo text_output browser_files --statistics- ชื่อไฟล์ Native.e_coli_sample.dam.tombo.stats 
    --ประเภทไฟล์damned_fraction --เบราว์เซอร์-ไฟล์-basename Native.e_coli_sample.dam
# ยังสร้างไฟล์ครอบคลุมการอ่านที่ประมวลผลสำเร็จเพื่อใช้อ้างอิง
tombo text_output browser_files --fast5-basedirs path/to/fast5s/ 
    --ความครอบคลุมประเภทไฟล์ --browser-file-basename Native.e_coli_sample

แม้ว่าแบบจำลองมาตรฐาน ( CpG , dcm และ dam ; แม่นยำที่สุด) และแบบจำลองฐานสำรองเฉพาะบริบททั้งหมด ( 5mC และ 6mA ; แม่นยำกว่า) จะเป็นที่ต้องการมากกว่า แต่ Tombo ยังอนุญาตให้ผู้ใช้ตรวจสอบการแก้ไขฐานอื่นๆ หรือแม้แต่ที่ไม่รู้จักด้วยซ้ำ

ต่อไปนี้เป็นคำสั่งตัวอย่างสองคำสั่งที่รันเมธอด de_novo (ตรวจจับความเบี่ยงเบนจากระดับสัญญาณ cannonical ที่คาดไว้) และเมธอด level_sample_compare (ตรวจจับความเบี่ยงเบนในระดับสัญญาณระหว่างสองตัวอย่างที่สนใจ ทำงานได้ดีที่สุดโดยมีความครอบคลุมสูง)

 tombo detector_modifications de_novo --fast5-basedirs path/to/fast5s/ 
    --statistics-file-basename ตัวอย่าง de_novo_detect --processes 4
tombo text_output browser_files --statistics- ชื่อไฟล์ ตัวอย่าง.de_novo_detect.tombo.stats 
    --browser-file-basename example.de_novo_detect -- ประเภทไฟล์ humidened_fraction

tombo detector_modifications ระดับ_ตัวอย่าง_compare --fast5-basedirs path/to/fast5s/ 
    --control-fast5-basedirs path/to/control/fast5s/ --การทดสอบขั้นต่ำอ่าน 50 
    --ประมวลผล 4 --statistics-file-basename ตัวอย่าง.level_samp_comp_detect
tombo text_output browser_files --statistics- ชื่อไฟล์ ตัวอย่าง.level_samp_comp_detect.tombo.stats 
    --browser-file-basename example.level_samp_comp_detect -- สถิติประเภทไฟล์

ดูบทช่วยสอนที่สมบูรณ์เพิ่มเติมในหน้าเอกสารประกอบ

วิธีการติดตั้งทางเลือก

Tombo พร้อมสำหรับการติดตั้งผ่าน pip แต่ต้องมีการติดตั้ง R รวมถึงการขึ้นต่อกันของแพ็คเกจ R (ggplot2 และ gridextra) สำหรับฟังก์ชันการแสดงภาพทั้งหมด

 # ติดตั้งแพ็คเกจ pip (จำเป็นต้องติดตั้งจำนวนก่อน tombo เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ Cython)
pip ติดตั้งจำนวนมาก
pip ติดตั้ง ont-tombo [เต็ม]

Tombo ยังสามารถติดตั้งได้โดยตรงจากแหล่งที่มา (ส่วนใหญ่สำหรับการพัฒนา) โดยการรันคำสั่งต่อไปนี้:

 โคลนคอมไพล์ https://github.com/nanoporetech/tombo
ซีดีทอมโบ
pip ติดตั้ง -e

ปัญหาที่ทราบ

Tombo ไม่รองรับไฟล์ข้อมูลการอ่านรูปแบบ FAST5 แบบอ่านหลายไฟล์ โปรดใช้คำสั่ง multi_to_single_fast5 จากแพ็คเกจ ont_fast5_api เพื่อแปลงเป็นรูปแบบ FAST5 แบบอ่านครั้งเดียวก่อนประมวลผลด้วย Tombo