หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

การจัดลำดับ RNA ทั้งหมดเชิงพื้นที่: STRS

ชุดเวิร์กโฟลว์ระดับโมเลกุลและการคำนวณสำหรับการจัดลำดับ RNA รวมเชิงพื้นที่ (STRS)

เวิร์กโฟลว์ STRS

พื้นที่เก็บข้อมูลนี้มีโปรโตคอล ไปป์ไลน์ และสคริปต์ทั้งหมดที่คุณจำเป็นต้องใช้เพื่อเรียกใช้และวิเคราะห์ STRS ในตัวอย่างเกือบทั้งหมด!

ลองดู txg_snake ซึ่งเป็นไปป์ไลน์ที่อยู่ระหว่างดำเนินการสำหรับไลบรารี 10x โดยเฉพาะชุดข้อมูล STRS!

ลิงค์ต้นฉบับ:

  • McKellar และคณะ เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ 2022

  • ลิงก์ก่อนพิมพ์ bioRxiv

คำอธิบายไดเรกทอรีย่อย:

  • manuscripts : ไฟล์ .pdf ของฉบับพิมพ์ล่วงหน้าและต้นฉบับที่ตามมา (หวังว่า!)

  • protocols : เอกสาร Microsoft word และ .pdf ของโปรโตคอลที่ใช้ที่นี่

  • pipelines : เวิร์กโฟลว์ Snakemake ที่ใช้ในการศึกษาของเรา ซึ่งรวมถึงไปป์ไลน์การจัดตำแหน่งสำหรับข้อมูล STRS (kallisto, STARsolo และ miRge3.0), ข้อมูล RNAseq ขนาดเล็ก (STAR ​​& miRge3.0), SmartSeqTotal (kallisto) และ VASAdrop (kallisto)

  • scripts : โค้ดอื่นๆ ทั้งหมดที่เราใช้! ส่วนใหญ่ประกอบด้วยสคริปต์ R และฟังก์ชันยูทิลิตี้ที่ใช้ในการวิเคราะห์เชิงพื้นที่ของเรา

  • references : ข้อมูลและสคริปต์เกี่ยวกับจีโนมอ้างอิงและคำอธิบายประกอบที่ใช้ในการศึกษานี้

  • resources : เมตาดาต้าสารพัน รายการยีน และข้อมูลอื่น ๆ ที่เราใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลของเรา โปรดดูไฟล์ README ในแต่ละไดเรกทอรีย่อยเพื่อดูรายละเอียดเพิ่มเติม

ข้อมูลที่สร้างขึ้นสำหรับบทความนี้:

  • ชุดข้อมูล STRS: GSE200481

  • ข้อมูล RNAseq ขนาดเล็กของ SkM/หัวใจ: GSE200480

  • ข้อมูล RNAseq รวมนิวเคลียสเดี่ยว (สายเซลล์ C2C12): GSE209780

วิเคราะห์ข้อมูลเพิ่มเติม:

  • ข้อมูล RNA Atlas ขนาดเล็ก (Isakova et al, PNAS , 2020): GSE119661

  • ข้อมูล SmartSeqTotal (Isakova และคณะ PNAS , 2021): GSE151334

  • ข้อมูล VASAdrop (Salmen et al, Nature Biotechnology , 2022): GSE176588

ติดต่อ:

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด