corrplot ของผลลัพธ์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของ LDSC

ภาพรวม

การซื้อคืนนี้จัดเตรียมสคริปต์ของเราเพื่อสร้างความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม corrplot (รูปที่ 2) โดยอิงตามผลลัพธ์การถดถอยของคะแนน LD แบบไบวาเรียต (Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018)

ความต้องการ

R พร้อม dplyr และ corrplot เวอร์ชันแก้ไขของเรา (mkanai/corrplot)

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

แผนภาพความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม (รูปที่ 2)

เราแก้ไข corrplot เพื่อให้เห็นภาพความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมแบบคู่ที่ประเมินผ่านการถดถอยของคะแนน LD แบบไบวาเรียต สี่เหลี่ยมที่ใหญ่กว่าสอดคล้องกับ FDR ที่สำคัญกว่า ( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ) ความสัมพันธ์ที่มีนัยสำคัญ (FDR < 0.05) ระบุด้วยเครื่องหมายดอกจัน ( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') )

การใช้งาน

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

ข้อมูลเข้า: ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม ( `input_rg.txt` )

ไฟล์นี้แสดงรายการความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมแบบคู่ทั้งหมดที่ประเมินผ่านซอฟต์แวร์ ldsc สคริปต์คาดว่าแถวทั้งหมดจะไม่ซ้ำกัน ( เช่น หนึ่งแถวต่อคู่คุณลักษณะแต่ละคู่) ช่องที่ต้องกรอกมีดังนี้:

p1_category : หมวดหมู่ลักษณะของลักษณะที่ 1
p1 : ลักษณะ 1
p2_category : หมวดหมู่ลักษณะของลักษณะที่ 2
p2 : ลักษณะ 2
rg : ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม
p : ค่า P
q : FDR ค่า q

อินพุต: รายการลักษณะ ( `traitlist.txt` )

ไฟล์นี้แสดงรายการลักษณะและหมวดหมู่ โดยจะกำหนดสีของแต่ละหมวดหมู่ในรูป ช่องที่ต้องกรอกมีดังนี้:

CATEGORY : หมวดลักษณะ
TRAIT : ชื่อลักษณะ
COLOR : สีหมวดหมู่

เอาท์พุต

ตัวอย่างผลลัพธ์แสดงไว้ด้านล่าง เพื่อให้ได้ภาพที่เผยแพร่ เราได้แก้ไขเอาต์พุต pdf โดยใช้ Adobe Illustrator

การอ้างอิง

แพ็คเกจ corrplot ดั้งเดิม:

ไท่หยุน เหว่ย และ วิเลียม ซิมโก แพ็คเกจ R "corrplot": การแสดงภาพเมทริกซ์สหสัมพันธ์ (เวอร์ชัน 0.85) (2018) ดูได้จาก https://github.com/taiyun/corrplot

ข้อมูลตัวอย่างและตัวเลขที่เผยแพร่:

คาไน ม. และคณะ การวิเคราะห์ทางพันธุกรรมของลักษณะเชิงปริมาณในประชากรญี่ปุ่นเชื่อมโยงประเภทเซลล์กับโรคที่ซับซ้อนของมนุษย์ แนท. เจเนท. 50 , 390–400 (2018) ดอย:10.1038/s41588-018-0047-6