URD

รศ

URD เป็นแพ็คเกจ R ที่ออกแบบมาเพื่อสร้างวิถีการถอดเสียงขึ้นใหม่ภายใต้ข้อกำหนดเฉพาะหรือกระบวนการสร้างความแตกต่างในรูปแบบของแผนผังกิ่งก้าน โดยใช้ข้อมูลลำดับ RNA เซลล์เดียว ตั้งชื่อตามบุคคลในตำนานนอร์สผู้เลี้ยงดูต้นไม้โลกและตัดสินชะตากรรมทั้งหมด

URD อธิบายไว้ใน:
การสร้างวิถีการพัฒนาเซลล์เดียวใหม่ในระหว่างการกำเนิดตัวอ่อนของเซบีริช
Farrell JA และ Wang Y (ผลงานเท่ากัน), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A และ Schier AF (ผลงานเท่ากัน)
วิทยาศาสตร์ 26 เม.ย. 2561 ดอย: 10.1126/science.aar3131

การติดตั้ง

• หากต้องการติดตั้ง ให้ทำตามคำแนะนำใน INSTALL.md

รหัสตัวอย่าง

• ในการเริ่มต้น โปรดดูบทช่วยสอนการเริ่มต้นอย่างรวดเร็ว: (ดู) (ดาวน์โหลด)

• การวิเคราะห์เสริมฉบับเต็มจาก Farrell & Wang และคณะ ที่อธิบายการสร้างวิถีการพัฒนาใหม่ในระหว่างการสร้างตัวอ่อนของเซบีริช (3.3-12 ชั่วโมงหลังการปฏิสนธิ) ก็มีให้บริการเช่นกัน

• การวิเคราะห์เสริมฉบับเต็มจาก Siebert, Farrell และคณะ ซึ่งอธิบายถึงการสร้างวิถีการพัฒนาใหม่ในไฮดราสำหรับผู้ใหญ่ก็มีให้เช่นกัน

• บทช่วยสอนสำหรับการวางแผนข้อมูลที่ประมวลผลจาก Siebert, Farrell และคณะ (ดูด้านล่างสำหรับการดาวน์โหลด) มีอยู่ที่นี่

ประมวลผลข้อมูลเพื่อสำรวจ

• วัตถุ URD ที่ประมวลผลจากการสร้างตัวอ่อนของเซบีริช (3.3 - 12 ชั่วโมงหลังการปฏิสนธิ) จาก Farrell & Wang และคณะ สามารถดาวน์โหลดได้จาก Broad Single-cell Portal (ต้องเข้าสู่ระบบ)

• วัตถุ URD ที่ประมวลผลจากไฮดราผู้ใหญ่จาก Siebert, Farrell และคณะ สามารถดาวน์โหลดได้จาก Broad Single-cell Portal (ต้องเข้าสู่ระบบ) หรือจาก Data Dryad

ประวัติเวอร์ชัน

การเปลี่ยนแปลงโดยละเอียดและเวอร์ชันรองแสดงอยู่ใน NEWS.md

แก้ไขข้อบกพร่องล่าสุด: 1.1.1 (28 เมษายน 2020)

25/07/2019:

เวอร์ชัน 1.1 เปิดตัวแล้ว! ซึ่งรวมถึงฟังก์ชันใหม่สำหรับการใช้การวิเคราะห์โมดูล NMF เพื่อตรวจจับและลบ doublets ฟังก์ชันใหม่สำหรับการดูการแสดงออกของยีนที่สัมพันธ์กับเวลาเทียม และฟังก์ชันการวางแผนใหม่สำหรับการตรวจสอบข้อมูล มันมาพร้อมกับการเผยแพร่วิถีการสร้างความแตกต่างของเซลล์ต้นกำเนิดในไฮดราที่ได้รับการแก้ไขที่ความละเอียดเซลล์เดียว

30/04/2018:

เวอร์ชัน 1.0 เปิดตัวแล้ว! มันมาพร้อมกับต้นฉบับของเรา การสร้างวิถีการพัฒนาเซลล์เดียวใหม่ในระหว่างการกำเนิดตัวอ่อนของเซบีริช!