igv.js
3.0.8
igv.js เป็นองค์ประกอบการแสดงภาพจีโนมเชิงโต้ตอบแบบฝังที่พัฒนาโดยทีม Integrative Genomics Viewer (IGV)
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: การใช้งาน JavaScript แบบฝังได้ของ Integrative Genomics Viewer (IGV), ชีวสารสนเทศศาสตร์, เล่มที่ 39, ฉบับที่ 1, มกราคม 2023, btac830, https://doi org/10.1093/bioinformatics/btac830
ด้านล่างนี้คือตัวอย่างและคู่มือเริ่มต้นใช้งานฉบับย่อ ดูเอกสารประกอบสำหรับนักพัฒนาสำหรับเอกสารเพิ่มเติม
การจัดตำแหน่ง
การโต้ตอบ
คัดลอกหมายเลข
หลายภูมิภาค
รูปแบบคำอธิบายประกอบการกลายพันธุ์ (MAF)
ตัวเลือกสีต่างๆ
มากกว่า
igv.js ประกอบด้วยไฟล์จาวาสคริปต์ไฟล์เดียวที่ไม่มีการพึ่งพาภายนอก
ไฟล์ที่สร้างไว้ล่วงหน้าสำหรับสคริปต์ ได้แก่ ระบบโมดูล AMD หรือ CJS (igv.min.js) และโมดูล ES6 (igv.esm.min.js) สามารถดาวน์โหลดได้จาก https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.
หากต้องการนำเข้า igv เป็นโมดูล ES6
นำเข้า igv จาก "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"
หรือเป็นสคริปต์รวม (กำหนด "igv" ทั่วโลก)
หรือคุณสามารถติดตั้งด้วย npm
npm install igv
และจัดหาไฟล์ที่เหมาะสมสำหรับระบบโมดูลของคุณ (igv.min.js หรือ igv.esm.min.js) ใน node_modules/igv/dist
หากต้องการสร้าง เบราว์เซอร์ igv.js ให้ระบุ div ของคอนเทนเนอร์และการกำหนดค่าเริ่มต้นซึ่งกำหนดจีโนมอ้างอิง แทร็กเริ่มต้น และสถานะอื่นๆ ให้กับฟังก์ชัน igv.createBrowser(div, config)
ฟังก์ชันนี้ส่งคืนสัญญาสำหรับอ็อบเจ็กต์ igv.Browser ซึ่งสามารถใช้เพื่อควบคุมเบราว์เซอร์ ตัวอย่างเช่น หากต้องการเปิดเบราว์เซอร์บนแทร็กการจัดตำแหน่งเดียวที่เปิดในตำแหน่งเฉพาะ:
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})เอกสารฉบับสมบูรณ์ของ igv.js API มีอยู่ที่ https://igv.org/doc/igvjs/
การสร้าง igv.js และการรันตัวอย่างต้องใช้ Linux หรือ MacOS สภาพแวดล้อม Unix อื่นๆ อาจจะใช้งานได้แต่ยังไม่ได้ทดสอบ
ผู้ใช้ Windows สามารถใช้ Windows Subsystem สำหรับ Linux
การสร้าง igv.js และการรันตัวอย่างต้องใช้ node.js
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
สิ่งนี้จะสร้างโฟลเดอร์ dist พร้อมไฟล์ต่อไปนี้
igv.js - ไฟล์ UMDS สำหรับสคริปต์ ได้แก่ โมดูล AMD หรือ CJS สคริปต์รวมจะกำหนด "igv" ทั่วโลก
igv.min.js - เวอร์ชันย่อของ igv.js
igv.esm.js -- โมดูล ES6
igv.esm.min.js -- เวอร์ชันย่อของ igv.esm.js
เพื่อรันการทดสอบจากบรรทัดคำสั่ง
npm run test
หากต้องการรันตัวอย่าง ให้ติดตั้ง http-server
เริ่ม http-server จากไดเร็กทอรีรากของโครงการ
เซิร์ฟเวอร์ http npx
จากนั้นเปิด http://localhost:8080/examples ในเว็บเบราว์เซอร์
igv.js ต้องการเว็บเบราว์เซอร์สมัยใหม่ที่รองรับ Javascript ECMAScript 2015 (ES6)
igv.js ได้รับอนุญาตจาก MIT
