intervene
vene-v0.6.5
เครื่องมือสำหรับการแยกและการแสดงภาพของยีนหรือชุดภูมิภาคจีโนมหลายชุด
เอกสารรายละเอียดมีอยู่ในรูปแบบต่างๆ: HTML | PDF | ePUB
conda install -c bioconda interveneสิ่งนี้จะติดตั้งการขึ้นต่อกันทั้งหมดและคุณพร้อมที่จะใช้ Intervene
คุณสามารถติดตั้ง Intervene จาก PyPi โดยใช้ pip
ติดตั้งจาก PyPi:
pip ติดตั้งแทรกแซง
หมายเหตุ: หากคุณติดตั้งโดยใช้ pip ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ติดตั้งแพ็คเกจ BEDTools และ R ตามรายการด้านล่าง
การแทรกแซงต้องการโมดูล Python และแพ็คเกจ R ต่อไปนี้:
- หลาม (=> 3.3 ): https://www.python.org/
- BedTools (เวอร์ชันล่าสุด): https://github.com/arq5x/bedtools2
- pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
- นุ่น (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
- ซีบอร์น (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
- R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
- แพ็คเกจ R รวมถึง UpSetR (v1.4.0), corrplot
เรากำลังใช้ pybedtools ซึ่งเป็น wrapper Python สำหรับ BEDTools ดังนั้นควรติดตั้ง BEDTools ก่อนใช้งาน Intervene ขอแนะนำให้มีเวอร์ชันล่าสุด แต่ถ้าคุณมีเวอร์ชันเก่าติดตั้งไว้แล้ว ก็ไม่เป็นไร
การติดตั้งอย่างรวดเร็วหากคุณติดตั้ง conda
conda install -c bioconda bedtoolsโปรดอ่านคำแนะนำที่ https://github.com/arq5x/bedtools2 เพื่อติดตั้ง BEDTools และตรวจสอบให้แน่ใจว่าอยู่บนเส้นทางของคุณและคุณสามารถเรียก bedtools จากไดเร็กทอรีใดก็ได้
การแทรกแซงต้องใช้แพ็คเกจ R สามแพ็คเกจ ได้แก่ UpSetR, corrplot สำหรับการแสดงภาพ และ Cairo เพื่อสร้างตัวเลขเวกเตอร์และบิตแมปคุณภาพสูง
install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " )) คุณสามารถติดตั้งเวอร์ชันการพัฒนาได้โดยใช้ git จาก GitHub หรือ Bitbucket
หากคุณติดตั้ง git ไว้ ให้ใช้สิ่งนี้:
git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installหากคุณติดตั้ง git ไว้ ให้ใช้สิ่งนี้:
git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installเมื่อคุณติดตั้ง Intervene แล้ว คุณสามารถพิมพ์:
intervene --helpนี่จะแสดงข้อความช่วยเหลือต่อไปนี้
usage: intervene < subcommand > [options]
positional arguments < subcommand > :
{venn,upset,pairwise}
List of subcommands
venn Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
upset UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
pairwise Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program ' s version number and exit เพื่อดูความช่วยเหลือสำหรับคำสั่งย่อยทั้งสามประเภท pairwise , venn และ upset :
intervene pairwise --help
intervene venn --help
intervene upset --help หากต้องการรัน Intervene โดยใช้ข้อมูลตัวอย่าง ให้ใช้คำสั่งต่อไปนี้ ในการเข้าถึงข้อมูลทดสอบตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณมีสิทธิ์เข้าถึง sudo หรือ root
intervene pairwise --test
intervene venn --test
intervene upset --test หากคุณได้ติดตั้ง Intervene ในเครื่องจากซอร์สโค้ด คุณอาจประสบปัญหาในการค้นหาข้อมูลทดสอบ คุณสามารถดาวน์โหลดข้อมูลการทดสอบได้ที่นี่ https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data และชี้ไปที่ข้อมูลโดยใช้ -i แทน --test
./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bedคำสั่งทดสอบสามคำสั่งข้างต้นจะสร้างตัวเลขสามหลักต่อไปนี้ (a, b และ c)
ตามค่าเริ่มต้น ผลลัพธ์ของคุณจะถูกจัดเก็บไว้ในไดเร็กทอรีการทำงานปัจจุบันโดยมีโฟลเดอร์ชื่อ Intervene_results หากคุณต้องการบันทึกผลลัพธ์ในโฟลเดอร์เฉพาะ คุณสามารถพิมพ์:
แทรกแซงอารมณ์เสีย --test --output ~/path/to/your/folder
Intervene Shiny App สามารถใช้ได้อย่างอิสระที่ https://asntech.shinyapps.io/intervene หรือ https://intervene.shinyapps.io/intervene
ซอร์สโค้ดสำหรับแอป Shiny มีอยู่ที่ https://github.com/asntech/intervene-shiny
หากคุณมีคำถามหรือพบข้อบกพร่องใดๆ ในโปรแกรม โปรดเขียนถึงเราที่ azez.khan[at]gmail.com
หากคุณใช้ Intervene โปรดอ้างอิงถึงเรา: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7
