lightdock

1. เรื่องย่อ

LightDock เป็นเฟรมเวิร์กการเชื่อมต่อโปรตีน-โปรตีน โปรตีนเปปไทด์ และโปรตีน-DNA ที่ใช้อัลกอริทึม Glowworm Swarm Optimization (GSO)

กรอบงาน LightDock มีความหลากหลายสูง โดยมีตัวเลือกมากมายที่สามารถพัฒนาและเพิ่มประสิทธิภาพเพิ่มเติมโดยผู้ใช้: สามารถยอมรับฟังก์ชันการให้คะแนนที่ผู้ใช้กำหนด สามารถใช้การย่อขนาดที่ไม่มีการไล่ระดับสีในเครื่องได้ สามารถยับยั้งการจำลองได้ตั้งแต่ต้นจนจบเพื่อมุ่งเน้นไปที่ ภูมิภาคโต้ตอบที่ผู้ใช้กำหนด รองรับการยับยั้งสารตกค้างในทั้งตัวรับและลิแกนด์คู่

2. การอ้างอิง

โปรโตคอล LightDock และการอัปเดตเพื่อใช้สารยับยั้งสารตกค้างได้รับการเผยแพร่ในวารสาร Oxford Bioinformatics โปรดอ้างอิงข้อมูลอ้างอิงเหล่านี้หากคุณใช้ LightDock ในการวิจัยของคุณ:

LightDock: วิธีการหลายระดับใหม่ในการเชื่อมต่อโปรตีนและโปรตีน
ไบรอัน ฆิเมเนซ-การ์เซีย, ฮอร์เก้ โรเอล-ตูริส, มิเกล โรเมโร-ดูรานา, มิเกล วิดัล, ดาเนียล ฆิเมเนซ-กอนซาเลซ และฮวน เฟร์นันเดซ-เรซิโอ
ชีวสารสนเทศศาสตร์ เล่มที่ 34 ฉบับที่ 1 1 มกราคม 2561 หน้า 49–55 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555

LightDock ขับเคลื่อนด้วยข้อมูล
ฮอร์เก้ โรเอล-ตูริส, อเล็กซานเดอร์ เอ็มเจเจ บอนวิน, ไบรอัน ฆิเมเนซ-การ์เซีย
ชีวสารสนเทศศาสตร์ , btz642; ดอย: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642

การสร้างแบบจำลองเชิงบูรณาการของส่วนประกอบโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับเมมเบรน
ฮอร์เก้ โรเอล-ตูริส, ไบรอัน ฆิเมเนซ-การ์เซีย และอเล็กซานเดอร์ เอ็มเจเจ บอนวิน
ชุมชนแนท 11 , 6210 (2020); ดอย: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5

3. การติดตั้ง

ซอฟต์แวร์ Lightdock เข้ากันได้และได้รับการทดสอบกับระบบปฏิบัติการต่อไปนี้:

• macOS : El Capitan, Sierra, High Sierra, Mojave, Catalina
• GNU/Linux : Ubuntu 16+, Debian Stretch+, Scientific Linux 6+, CentOS 6+
• เข้ากันได้กับแพลตฟอร์ม Google Colab 100%

Microsoft Windows ไม่ได้รับการสนับสนุนอย่างเป็นทางการ แม้ว่าหลายส่วนของโปรโตคอลอาจสามารถทำงานได้ก็ตาม โปรดใช้มันด้วยความเสี่ยงของคุณเอง หากคุณต้องการสนับสนุนการทดสอบและพัฒนา LightDock สำหรับ Windows โปรดติดต่อเรา

3.1. การพึ่งพาอาศัยกัน

LightDock มีการขึ้นต่อกันดังต่อไปนี้:

• NumPy (http://www.numpy.org/)
• สคิปปี้ (http://www.scipy.org/)
• ไซทอน (http://cython.org/)
• ProDy (http://prody.csb.pitt.edu/)
• ฟรีซาซ่า (http://freesasa.github.io/)

การพึ่งพาเพิ่มเติมคือ:

• MPI4py (หากคุณวางแผนที่จะใช้การสนับสนุน MPI http://pythonhosted.org/mpi4py/)

3.2. ติดตั้ง LightDock

วิธีที่เร็วที่สุดในการติดตั้ง LightDock คือการใช้ pip :

pip install lightdock

4. การพัฒนา

สำหรับการพัฒนาและการขยายโค้ด LightDock โปรดปฏิบัติตามคำแนะนำเหล่านี้:

4.1. โคลน

โคลนที่เก็บนี้:

git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git

4.2. คอมไพล์ส่วนขยาย Python C และ Cython

โปรดตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ติดตั้งการพึ่งพาแล้ว (ผ่าน pip, ตัวจัดการแพ็คเกจ ฯลฯ ):

• ตัวเลข>=1.17.1
• เผ็ด>=1.3.1
• ไซทอน>=0.29.13
• ผลิตภัณฑ์>=1.10.11
• ฟรีซาซา>=2.0.3

ขอแนะนำให้สร้างสภาพแวดล้อมเสมือนและติดตั้ง:

virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .

หากไม่ได้ใช้ pip หรือ setuptools เพื่อการพัฒนา จะมีสคริปต์ทุบตีเพื่อรวบรวมส่วนขยายทั้งหมด:

 cd lightdock
./setup.sh

4.3. เพิ่ม Lightdock ให้กับเส้นทางของคุณ

เพิ่มบรรทัดต่อไปนี้ลงในไฟล์ ~/.bashrc อย่าลืมเปลี่ยน /path/to/lightdock :

 # LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME

อย่าลืมใช้การเปลี่ยนแปลง:

 source ~ /.bashrc

4.4. การทดสอบ

คุณสามารถรันการทดสอบ LightDock ได้:

 cd lightdock
nosetests

5. เอกสารประกอบ

คุณสามารถดูเอกสารฉบับสมบูรณ์เกี่ยวกับวิธีการเรียกใช้โปรโตคอล LightDock ตลอดจนบทช่วยสอนและกรณีการใช้งานต่างๆ ได้ที่ https://lightdock.org/tutorials

6. รับความช่วยเหลือ

LightDock กำลังได้รับการพัฒนาอย่างจริงจังและอาจเกิดปัญหาบางอย่าง หรือคุณอาจต้องการความช่วยเหลือเพิ่มเติมในการรัน LightDock ในกรณีดังกล่าว มีสองวิธีหลักในการขอความช่วยเหลือ:

1. อ่านคำถามที่พบบ่อยในกรณีที่ปัญหาของคุณได้รับการรายงานแล้ว
2. เปิดประเด็นใหม่ในพื้นที่เก็บข้อมูลนี้
3. หรือเขียนอีเมลไปที่ [email protected] (เราจะพยายามอย่างเต็มที่เพื่อตอบคำถามของคุณโดยเร็วที่สุด)

7. ใบอนุญาต

LightDock พร้อมใช้งานภายใต้ใบอนุญาต GPLv3 ดูเอกสารใบอนุญาตสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม