bx python

Bx-Python

โครงการ BX-Python เป็นไลบรารี Python และชุดสคริปต์ที่เกี่ยวข้องสำหรับการใช้งานการวิเคราะห์มาตราส่วนจีโนมอย่างรวดเร็ว ห้องสมุดมีโมดูลที่มีประโยชน์หลากหลายชนิด แต่จุดแข็งเฉพาะคือ:

• ชั้นเรียนสำหรับการอ่านและการทำงานกับการจัดตำแหน่งในท้องถิ่นหลายระดับ (ในรูปแบบ MAF, AXT และ LAV)
• โครงสร้างข้อมูลทั่วไปสำหรับการจัดทำดัชนีบนไฟล์ดิสก์ที่มีบล็อกของข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับช่วงเวลาในลำดับต่าง ๆ (ใช้ตัวอย่างเช่นเพื่อให้การเข้าถึงการจัดตำแหน่งแต่ละรายการแบบสุ่มในไฟล์ขนาดใหญ่;
• โครงสร้างข้อมูลสำหรับการทำงานกับช่วงเวลาในลำดับ
  • "bitsets binned" ซึ่งทำหน้าที่เหมือนกับอาร์เรย์บิตขนาดโครโมโซม แต่จัดสรรภูมิภาคอย่างเกียจคร้านและอนุญาตให้บล็อกขนาดใหญ่ของชุดทั้งหมดหรือบิต unset ทั้งหมดที่จะจัดเก็บอย่างกะทัดรัด
  • "Intersecter" สำหรับการทดสอบทางแยกที่รวดเร็วซึ่งรักษาทั้งแบบสอบถามและช่วงเวลาเป้าหมายและคำอธิบายประกอบที่เกี่ยวข้อง

ความต้องการ

Build ปัจจุบันต้องการ liblzo เช่น sudo apt-get ติดตั้ง liblzo2-dev บน debian/ubuntu)

การติดตั้ง

สามารถติดตั้งแพ็คเกจด้วย PIP:

pip install bx-python

มีอยู่ใน Bioconda (แนะนำ):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

มีให้บริการใน Debian และ Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

หรือสามารถสร้างได้จากการชำระเงินของที่เก็บ:

python setup.py install