consort

มเหสี

เป้าหมายของ consort คือการทำให้ง่ายต่อการสร้างไดอะแกรมมเหสีสำหรับการรายงานความโปร่งใสของการจัดสรรผู้เข้าร่วมในการทดลองทางคลินิกแบบสุ่มและควบคุม สิ่งนี้ทำได้โดยการสร้างข้อมูลการจัดการที่ได้มาตรฐานและการใช้ข้อมูลนี้เป็นแหล่งที่มาสำหรับการสร้างแผนภาพมเหสีมาตรฐาน ความพยายามของมนุษย์โดยการจัดหาฉลากข้อความบนโหนดยังสามารถทำได้

การติดตั้ง

คุณสามารถติดตั้ง Consort เวอร์ชันที่เผยแพร่จาก CRAN ด้วย:

 Install.packages ("Consort")

และเวอร์ชันการพัฒนาจาก GitHub ด้วย:

 # install.packages ("devtools") devtools :: install_github ("Adayim/Consort")

ตัวอย่าง

นี่เป็นตัวอย่างพื้นฐานที่แสดงวิธีแก้ปัญหาการสร้างแผนภาพคอนโซตด้วยข้อมูลการจัดการเรื่องที่กำหนด:

 ไลบรารี (Consort) ## รหัสตัวอย่างพื้นฐาน

 set.seed (1001) n <- 300trialno <- ตัวอย่าง (C (1,000: 2000), n) exc <- Rep (na, n) exc [ตัวอย่าง (1: n, 15)] <- ตัวอย่าง (c (" ตัวอย่างไม่ได้รวบรวม "," MRI ไม่ได้รวบรวม "," อื่น ๆ "), 15, แทนที่ = t, prob = c (0.4, 0.4, 0.2)) แขน <- ตัวแทน (na, n) แขน [is.na (exc) ] <- ตัวอย่าง (c ("conc", "seq"), ผลรวม (is.na (exc)), แทนที่ = t) fow1 <- ตัวแทน (na, n) fow1 [! is.na (แขน)] < - ตัวอย่าง (c ("ถอน", "หยุด", "ความตาย", "อื่น ๆ ", na),
                            ผลรวม (! is.na (แขน)), แทนที่ = t, prob = c (0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.8)) fow2 <- ตัวแทน (na, n) fow2 [! is.na (แขน) & is .na (fow1)] <- ตัวอย่าง (c ("การเบี่ยงเบนโปรโตคอล", "ผลลัพธ์ที่หายไป", na),
                                          ผลรวม (! is.na (แขน) & is.na (fow1)), แทนที่ = t,
                                           prob = c (0.05, 0.05, 0.9)) df <- data.frame (trialno, exc, arm, fow1, fow2)
หัว (df)#> trialno exc arm fow1 fow2#> 1 1086 <a> conc <a> <a>#> 2 1418 <a> seq <a> <a>#> 3 1502 <a> ความตาย >#> 4 1846 <Aa> ConC <a> <a>#> 5 1303 <Aa> ความตาย ConC <a>#> 6 1838 <Aa> SEQ <a Na> <Aa>

 ออก <- consort_plot (data = df, order = c (trialno = "ประชากร", exc = "ไม่รวม", arm = "ผู้ป่วยสุ่ม", fow1 = "หายไปจากการติดตาม", trialno = "การติดตามเสร็จสิ้น", fow2 = "ไม่ประเมิน", trialno = "การวิเคราะห์ขั้นสุดท้าย"), side_box = c ("exc", "fow1", "fow2"), การจัดสรร = "arm", labels = c ("1" = "การคัดกรอง", " 2 "=" การสุ่ม "," 5 "=" สุดท้าย "), cex = 0.6)

พล็อต (ออก) 

เนื่องจากการพล็อต grid นั้นไม่เหมาะมากการคำนวณ coodinates สำหรับโหนดนั้นไม่ใช่เรื่องง่ายและพยายามอย่างดีที่สุด อย่าลังเลที่จะประชาสัมพันธ์หากคุณต้องการปรับปรุง หรือคุณสามารถสร้างพล็อต Graphviz โดยการตั้งค่า grViz = TRUE ใน plot สิ่งนี้จะใช้ DiagrammeR เพื่อพิมพ์พล็อต พล็อตเหมาะสำหรับเอาต์พุตที่เป็นประกายหรือ HTML

 พล็อต (ออก, grviz = true) 

หรือบันทึกพล็อต Graphviz นี้เป็น png หรือ pdf

 พล็อต (g, grviz = true) |> diagrammersvg :: export_svg () |>
     Chartoraw () |> rsvg :: rsvg_pdf ("svg_graph.pdf")