หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

เวิร์กโฟลว์คำอธิบายภาษา (WDL)

Workflow Description Language (WDL) เป็นมาตรฐานเปิดสำหรับการอธิบายเวิร์กโฟลว์การประมวลผลข้อมูลด้วยไวยากรณ์ที่มนุษย์อ่านได้และเขียนได้ WDL ทำให้มันตรงไปตรงมาเพื่อกำหนดงานการวิเคราะห์เชื่อมต่อเข้าด้วยกันในเวิร์กโฟลว์และขนานการดำเนินการของพวกเขา ภาษามุ่งมั่นที่จะเข้าถึงและเข้าใจได้สำหรับผู้ใช้ทุกรูปแบบรวมถึงโปรแกรมเมอร์นักวิเคราะห์และผู้ประกอบการของระบบการผลิต ภาษาเปิดใช้งานรูปแบบทั่วไปเช่นการรวมตัวกันและการดำเนินการตามเงื่อนไขที่จะแสดงได้ง่ายๆ WDL ได้รับการออกแบบมาเพื่อการพกพาและมีการใช้งานหลายอย่างให้เลือกจากการทำงานในสภาพแวดล้อมที่หลากหลายรวมถึงระบบ HPC และแพลตฟอร์มคลาวด์

การกำหนดเวอร์ชัน

การกำหนดเวอร์ชัน WDL เป็นไปตามการประชุมเวอร์ชันความหมาย

ภาษา WDL มีรุ่นสองหมายเลข (เช่น 1.2 ) การเพิ่มขึ้นของหมายเลขรุ่นรอง (ที่สอง) (เช่น 1.1 ถึง 1.2 ) หมายถึงการเพิ่มการเปลี่ยนแปลงหรือไม่ทำลายฟังก์ชั่นภาษาหรือไลบรารีมาตรฐาน การเพิ่มขึ้นของหมายเลขเวอร์ชันหลัก (แรก) (เช่น 1.0 ถึง 2.0 ) บ่งชี้ว่ามีการเปลี่ยนแปลงการเปลี่ยนแปลง

ข้อกำหนด WDL มีรุ่นสามหมายเลข (เช่น 1.2.0 ) เวอร์ชันสเปคติดตามเวอร์ชันภาษา แต่อาจมีการเผยแพร่แพตช์ (ระบุโดยการเปลี่ยนแปลงไปยังแพตช์หรือหมายเลขที่สามหมายเลขเวอร์ชัน) ซึ่งรวมถึงการแก้ไขสำหรับการพิมพ์ผิดตัวอย่างเพิ่มเติมหรือการชี้แจงแบบไม่ชัดเจนของภาษาที่คลุมเครือ

ข้อกำหนดภาษา

ข้อกำหนด WDL มีข้อมูลที่เกี่ยวข้องทั้งหมดสำหรับผู้ใช้และนักพัฒนารวมถึงผู้ที่ต้องการใช้เครื่องมือดำเนินการ โครงการ GitHub นี้ใช้สาขาสำหรับสเปคเวอร์ชันปัจจุบันเป็นสาขาหลักดังนั้นคุณจะเห็นสเปคเวอร์ชันปัจจุบันเสมอตราบใดที่คุณเยี่ยมชม URL รูตของโครงการนี้ ผู้ใช้ได้รับการสนับสนุนอย่างยิ่งให้ใช้ข้อมูลจำเพาะเวอร์ชันปัจจุบันเว้นแต่จำเป็นอย่างยิ่ง

สาขานี้ใช้สำหรับข้อมูลจำเพาะภาษา WDL เวอร์ชัน 1.2 การพัฒนาคุณสมบัติ ที่ไม่ทำลาย ใหม่ทั้งหมดควรทำกับสาขานี้

สเป็คเวอร์ชันก่อนหน้าสามารถพบได้ที่นี่:

  • 1.1
  • 1.0

มีหลายเวอร์ชันร่างที่สอดคล้องกับความพยายามเริ่มต้นในการสร้าง WDL ในขณะที่สิ่งเหล่านี้เป็นข้อกำหนดการทำงาน แต่ก็ไม่ควรพิจารณาคุณสมบัติที่สมบูรณ์และมีข้อบกพร่องและความผิดปกติมากมาย

  • ร่าง -3
  • ร่าง 2
  • ร่าง -1

ข้อมูลจำเพาะ รุ่นสำคัญ ต่อไปคือ 2.0 การพัฒนาคุณสมบัติ การแตก ใหม่ทั้งหมดควรทำกับสาขานั้น

ชุมชนและการสนับสนุน

ชุมชน WDL ขึ้นอยู่กับการมีส่วนร่วมของคุณในการเจริญเติบโต คุณได้รับการสนับสนุนให้ถามคำถามช่วยเหลือผู้ใช้รายอื่นและบริจาคเงินที่คุณสามารถทำได้ การโต้ตอบเกิดขึ้นเป็นหลักใน GitHub และ Slack ชุมชน WDL ยังมีบล็อกอย่างเป็นทางการที่มีการประกาศ

ถามคำถาม

  • ค้นหาในการอภิปรายเพื่อดูว่ามีการถามคำถามแล้วหรือไม่ ถ้าไม่เริ่มการสนทนาใหม่
  • เข้าร่วม Slack ของเราและถามใน #support Channel
  • ค้นหาการแลกเปลี่ยนสแต็ก Bioinformatics สำหรับคำถามที่ตอบก่อนหน้านี้หรือถามคำถามใหม่
  • ค้นหากลุ่ม Google สำหรับคำถามที่ตอบก่อนหน้านี้ กลุ่มนี้ส่วนใหญ่ไม่ได้ใช้งานดังนั้นคุณจึงต้องถามคำถามใหม่ในสถานที่ข้างต้นแทน

ข้อบกพร่องและคุณสมบัติใหม่

  • ค้นหาปัญหาที่มีอยู่ หากปัญหาของคุณยังไม่ได้รับรายงานให้สร้างใหม่
  • สำหรับฟีเจอร์ reqeusts คุณจะได้รับการรวบรวมเพื่อเริ่มการสนทนาก่อนที่หนึ่งในสถานที่ที่ระบุไว้ข้างต้นเพื่อรับข้อเสนอแนะจากชุมชน
  • หากคุณต้องการให้การแก้ไข/การใช้งานสำหรับปัญหาโปรดอ่านเกี่ยวกับการมีส่วนร่วมก่อนส่งคำขอดึง

เอกสาร

  • wdl-docs
  • เรียนรู้ wdl
  • ทรัพยากร WDL จัดทำโดย Terra (ผลิตภัณฑ์ของ Broad Institute)

เวิร์กโฟลว์ที่เผยแพร่

ต่อไปนี้เป็นคอลเลกชันของเวิร์กโฟลว์ WDL โอเพนซอร์ส งาน WDL หรือเวิร์กโฟลว์ที่คุณต้องการอาจมีอยู่แล้วในหนึ่งในที่เก็บเหล่านี้หรือคุณอาจพบเวิร์กโฟลว์ที่คล้ายกันและปรับแต่งตามความต้องการของคุณ

  • ที่จอดรถ
  • Biowdl
  • Warp Institute
  • เวิร์กโฟลว์ GATK
  • เข้ารหัส
  • Terra (ต้องลงทะเบียน)

ซอฟต์แวร์และเครื่องมือ

เอ็นจิ้นการดำเนินการและแพลตฟอร์ม

WDL ไม่มีการดำเนินการอย่างเป็นทางการ บุคคลที่สามต้องพึ่งพาซอฟต์แวร์ที่ติดตั้งได้หรือแพลตฟอร์มโฮสต์ที่ตีความและดำเนินการเวิร์กโฟลว์และงาน WDL แม้ว่า WDL จะยังไม่มีโปรแกรมการปฏิบัติตามกฎระเบียบหรือกระบวนการรับรองอย่างเป็นทางการ แต่ผู้ดำเนินการคาดว่าจะออกแบบเครื่องมือของพวกเขาตามข้อกำหนดเพื่อเพิ่มความสามารถในการพกพาของเวิร์กโฟลว์ในการใช้งาน อย่างไรก็ตามผู้ดำเนินการอาจให้คุณสมบัติเพิ่มเติมเพิ่มเติมเฉพาะ โปรดดูเอกสารที่เกี่ยวข้องกับเครื่องมือ/แพลตฟอร์มแต่ละตัวสำหรับข้อมูลเกี่ยวกับตัวเลือกการดำเนินการและการสนับสนุนที่มีอยู่

การดำเนินการ ต้องมีการติดตั้ง การดำเนินการในท้องถิ่น HPC คลาวด์
AWS Healthomics เลขที่ เลขที่ เลขที่ aws
Cromwell * ใช่ ใช่ มากมาย AWS Batch, Azure, GCP
dxcompiler ใช่ เลขที่ เลขที่ Dnanexus
ขนาดเล็ก ใช่ ใช่ slurm AWS Batch
ดินแดน เลขที่ เลขที่ เลขที่ Azure, GCP

* ดู WDL Runner สคริปต์สำหรับเปิดตัวเวิร์กโฟลว์ WDL บน GCP โดยใช้ Cromwell

ไวยากรณ์ตัวแยกวิเคราะห์และการสนับสนุนภาษา

  • พื้นที่เก็บข้อมูลของ WDL Parsers ให้คำจำกัดความไวยากรณ์ในรูปแบบต่าง ๆ และสร้างตัวแยกวิเคราะห์สำหรับภาษาต่างๆ
  • Miniwdl ให้การผูก Python สำหรับ WDL เช่นเดียวกับเครื่องมือ Commandline สำหรับการตรวจสอบความถูกต้องผ้าสำลีและการสร้างเทมเพลตอินพุตเวิร์กโฟลว์
  • Womtool เป็นเครื่องมือ Java แบบสแตนด์อโลนสำหรับการแยกวิเคราะห์ WDL การตรวจสอบความถูกต้องการผ้าสำลีและไดอะแกรม
  • WDLTOOLS - จัดเตรียม 1) ห้องสมุด Java/Scala Parser โดยใช้ไวยากรณ์ไวยากรณ์ ANTLR4 สำหรับ WDL Draft -2, 1.0, 1.1 และ 2.0; และ 2) เครื่องมือบรรทัดคำสั่งสำหรับการตรวจสอบ sytanx, การตรวจสอบประเภท, ผ้าสำลี, การจัดรูปแบบรหัส (รวมถึงการอัพเกรดจากรุ่นเก่าไปเป็นรุ่น WDL รุ่นใหม่) การสร้างเอกสารและการดำเนินงาน WDL ในเครื่อง
  • เฟืองแพ็คเกจตัวจัดการแพ็คเกจและ Linter สำหรับไฟล์ WDL

การสนับสนุน IDE

ความผิด เครื่องมือ
Emacs โพลี WDL
Emacs โหมด WDL
เจ็ทครีนส์ อย่างลวนลาม
ประเสริฐ ปากกาเน้นข้อความไวยากรณ์ WDL
vim vim-wdl
รหัสสตูดิโอภาพ ปากกาเน้นข้อความไวยากรณ์ WDL

เอกสาร

  • WDL-AID สร้างเอกสารประกอบสำหรับอินพุตของเวิร์กโฟลว์ WDL ตามข้อมูล parameter_meta ที่กำหนดไว้ในไฟล์ WDL
  • wdldoc

การทดสอบ

  • การทดสอบ WDL คือการรวบรวมกรณีทดสอบสำหรับการใช้งาน WDL ข้อมูลจำเพาะมีไว้สำหรับการเขียนการทดสอบใหม่ที่เข้ากันได้กับเฟรมเวิร์กการทดสอบอัตโนมัติ
  • Pytest-Workflow เป็นผู้ทดสอบเวิร์กโฟลว์การใช้งาน มันสามารถใช้กับทั้ง Cromwell และ Miniwdl ใช้ pytest เป็นกรอบการทดสอบพื้นฐาน การทดสอบสามารถระบุได้ในรูปแบบ YAML หรือรหัส Python
  • Pytest-WDL เป็นปลั๊กอินสำหรับเฟรมเวิร์กการทดสอบหน่วย pytest ที่ช่วยให้สามารถทดสอบงาน WDL และเวิร์กโฟลว์ การทดสอบสามารถระบุได้ในรูปแบบ YAML หรือรหัส Python

การบรรจุหีบห่อ

  • MINIWDL ZIP สร้างไฟล์ ZIP รวมถึงไฟล์ซอร์สโค้ด WDL ที่กำหนดและไฟล์ WDL อื่น ๆ ที่นำเข้า ไฟล์ zip สามารถส่งโดยตรงไปยัง miniwdl run ซึ่งสามารถแยกออกได้โดยอัตโนมัติ
  • WDL-Packager แพคเกจเวิร์กโฟลว์และการนำเข้าทั้งหมดลงในไฟล์ ZIP ZIP สามารถใช้เป็นแพ็คเกจซิปนำเข้าสำหรับ Cromwell ยูทิลิตี้สามารถเพิ่มไฟล์ที่ไม่ใช่ WDL (เช่นใบอนุญาต) ไปยังแพ็คเกจ ZIP และมีตัวเลือกในการจัดทำซิปด้วยวิธีการทำซ้ำแบบไบนารี

การบริจาค

WDL ก้าวหน้าผ่านการมีส่วนร่วมของชุมชนเท่านั้น ในขณะที่มีส่วนร่วมในการอภิปรายและการส่งปัญหาเป็นวิธีที่ดีในการมีส่วนร่วม แต่ก็จำเป็นต้องมีความช่วยเหลือในการดำเนินการเปลี่ยนแปลงข้อกำหนด สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการมีส่วนร่วมของคุณโปรดอ่านคู่มือการสนับสนุน

กระบวนการ RFC

คำขอดึงที่ส่งขึ้นอยู่กับกระบวนการ RFC โปรดตรวจสอบและทำความคุ้นเคยกับกระบวนการหากคุณต้องการดูการเปลี่ยนแปลงที่ส่งไปยังข้อกำหนด

การกำกับดูแล

ข้อกำหนดของ WDL นั้นมีการขับเคลื่อนโดยชุมชนทั้งหมด อย่างไรก็ตามมันถูกดูแลโดยคณะกรรมการกำกับดูแล หากคุณสนใจที่จะมีส่วนร่วมในการกำกับดูแล WDL โปรดเข้าร่วม Slack และโพสต์ข้อความใน #general Channel

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด