แม้ว่าคุณไม่จำเป็นต้องรู้เนื้อเรื่องในการเล่นเกม "Choo-Choo Charles" แต่ก็ยังน่าสนใจมากถ้าคุณรู้เรื่องราวของเกมคือชายชราหลอกเราไปที่เกาะแล้วส่งเรามา รถไฟขบวนเล็กจะถูกแมงมุมไล่ตาม
เนื้อเรื่องก็ค่อนข้างเรียบง่าย ประการแรก ชายชราหลอกเราไปที่เกาะแล้วส่งรถไฟขบวนเล็กให้เรา
หลังจากสอนเราถึงวิธีควบคุมรถไฟแล้ว เขาก็ทำภารกิจสำเร็จและไปเข้าเฝ้าพระเจ้าโดยตรง
เขาจากไปอย่างตรงไปตรงมา และเรายอมรับข้อเสนออย่างตรงไปตรงมา ไม่มีโอกาสที่จะถูกปฏิเสธเลย เกาะนี้เต็มไปด้วยแมงมุมจากนรก และงานของเราคือติดอาวุธรถไฟของเราเอง ขโมยไข่ของมัน ทำลายพวกมันในสถานที่เฉพาะ ทำให้แมงมุมโกรธ และทำลายมัน
มีผู้อยู่อาศัยคนอื่นๆ บนเกาะที่สามารถให้ความช่วยเหลือเราได้ แต่ความช่วยเหลือของพวกเขามีจำกัด ในกรณีส่วนใหญ่ เรายังคงต้องพึ่งพาความพยายามของเราเองในการกำจัดคนต่างศาสนาที่น่ารำคาญและแมงมุมตัวใหญ่
โครงสร้างของเรื่องราวนั้นเรียบง่ายมากและมีเป้าหมายที่ชัดเจนมาก พื้นหลังของเกมและลักษณะที่ปรากฏของแมงมุมตัวใหญ่จะถูกเปิดเผยให้เราทราบทีละตัวในข้อความในทุกมุมของเกม
แต่ส่วนที่น่าสนใจที่สุดของเกมก็คือเมื่อแมงมุมตัวใหญ่โจมตี ชาวพื้นเมืองเหล่านี้ก็หายไป เหลือเพียงตัวเอกของเราเท่านั้นที่ติดอยู่ท่ามกลางสายลมที่แรง