前ABC 2

ABC-2原

使用卷积神经网络 (CNN) 预测将与抗原接触的抗体残基以及相互作用的类型。

安装

proABC-2 可以在本地作为 python 包和 Docker 容器使用。请参阅以下针对每种情况的说明。

码头工人

docker 镜像可在 Github 容器注册表中获取，并且可以使用以下命令提取：

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

当地的

proABC-2 有一些第三方依赖项，必须在运行软件之前安装。

proABC-2 可在 PyPI 上使用，并且可以使用 Python3.7 使用 pip 安装：

 pip install proabc-2

它还依赖于两个第三方软件，HMMER 和 IGBLAST，请查看第三方部分以获取更多信息。

示例（本地和 Docker）

设置数据以运行示例：

• 在根目录中创建一个名为proabc2-prediction的文件夹。

mkdir proabc2-prediction

• 在proabc2-prediction中创建一个 Heavy 和 Light fasta 文件，内容如下：

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

执行（Docker）

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

执行（本地）

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

结果

输出将与输入文件位于同一文件夹中，命名为heavy-pred.csv和light-pred.csv 。

它们由几列组成：

• Chothia ：根据 Chothia 编号方案的残基位置
• 序列：每个位置的残基类型
• pt : 与抗原发生一般相互作用的概率
• hb : 与抗原形成氢键的概率
• hy : 与抗原发生疏水相互作用的概率

科蒂亚	顺序	点	血红蛋白	嘿
1	乙	0.23	0.17	0.24
2	V	0.23	0.15	0.23
3	问	0.14	0.14	0.16
...	...	...	...	...

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

proABC-2还接受抗体链的 DNA 序列，并使用Biopython Seq 模块翻译成蛋白质序列。

引文

• F. Ambrosetti、TH Olsen、PP Olimpieri、B. Jiménez-García、E. Milanetti、P. Marcatilli、AMJJ Bonvin。 “proABC-2：AntiBody Contacts v2 的预测及其在信息驱动对接中的应用”，生物信息学，，btaa644，