fold_slice

折叠切片

这是 Yi Jiang 为 X 射线/电子叠层扫描和断层扫描/断层扫描定制的代码。

该软件包基于由 Science IT 和瑞士 Paul Scherrer 研究所的相干 X 射线散射 (CXS) 小组开发的 Matlab 代码构建：https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software。版权和许可问题应遵循协议（见下文）和/或参考其网站。

开始使用

1. 检查 PtychoShelves 包的官方文档以了解其要求。您需要以下 Matlab 工具箱才能使用所有功能：并行计算、曲线拟合、图像处理、优化和信号处理。

2. 对于 ptychography，请尝试 /fold_slice/ptycho/examples 中的数据准备和重建脚本，以熟悉数据格式和重建参数。

资源

1. 定制的foldsliceGPT，充当X射线和电子叠层摄影术中的AI助手。它可以帮助用户完成各种任务，例如设计实验和准备重建脚本。
2. Fold_slice 可用于我们新的基于 LLM 的工作流程 (PEAR)。如果您想成为 alpha 测试员，请随时联系我。
3. /fold_slice/ptycho/notes/ 中的文件可以帮助您了解整体代码结构。警告：某些注释可能已过时。
4. Chia-Hao Lee 博士写了一篇很棒的博客，详细介绍了 PtychoShelves 的算法和代码结构。
5. 我们每周都有一个研究小组来讨论电子显微镜中新颖的计算成像技术。一些教程讲座可以在这里找到。

与 PtychoShelves 包的主要区别

1. 一些数据和重建 I/O 约定已更改，以适应电子叠印术。有关更多详细信息，请参阅示例脚本。

2. 添加了改进的最小二乘最大似然多切片叠层成像算法作为新引擎：GPU_MS

它基于 GPU 引擎（由 Michal Odstrcil 编写），并进行了多项改进，例如多种探测模式和错误修复。代码的使用应包括额外的引用：

Z. Chen、Y. Jiang、Y. Shao、ME Holtz、M. Odstrčil、M. Guizar-Sicairos、I. Hanke、S. Ganschow、DG Schlom、DA Muller，电子叠层照相术实现了由晶格振动设定的原子分辨率极限。科学 372 (6544), 826-831。

3. 我们使用贝叶斯优化和高斯过程开发了用于叠印术的自动参数调整工作流程：https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5。有关更多详细信息，请参阅示例脚本。

4. GPU 和 GPU_MS 引擎新功能的非详尽列表：

特征	图形处理器	GPU_MS
混合状态+多层叠印术	✖️	✔️
动态多层重建	✖️	✔️
先进的任意路径飞行扫描叠印术	✔️	✖️
多次扫描重建	✔️	✔️
物体相位的 TV 正则化	✔️	✔️
网格伪影去除	✔️	✖️
自动参数选择	✔️	✔️
使用高斯核考虑检测器模糊	✔️	✔️

其他叠印软件

如果您没有 Matlab 或想探索其他 ptychography 软件。以下是一些公共存储库：

阿多里姆：https://github.com/mdw771/adorym

Ptycho_gui：https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui

翼龙：https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus

PtychoNN：https://github.com/mcherukara/PtychoNN

Ptychopy：https://github.com/kyuepublic/ptychopy

Py4DSTEM：https://github.com/py4dstem/py4DSTEM

PyNX：http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/

泰克：https://github.com/tomography/tike

学术许可协议

源代码

介绍

本许可协议规定了 PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Switzerland（以下简称“许可方”）将向您（以下简称“被许可方”）授予免版税、非排他性的许可协议的条款和条件。仅用于学术、非商业目的的许可证（以下简称“许可证”），用于使用 cSAXS ptychography MATLAB 软件包计算机软件程序以及下文提供的相关文档（以下简称“许可证”） “程序”）。

许可证的条款和条件

1. 许可方授予被许可方免版税、非排他性许可，允许其根据下文规定的条款和条件，将本程序用于学术、非商业目的，直至本许可按下述规定终止。
2. 被许可人承认该程序是一个仍处于开发阶段的研究工具。本程序的提供没有许可方的任何相关服务、改进或保证，并且签订许可是为了使其他人能够在其学术活动中使用该程序。被许可人有责任确保其正确使用和结果的正确性。
3. 本程序按“原样”提供，不提供任何明示或暗示的保证，包括但不限于适销性、特定用途的适用性以及不侵犯任何专利、版权、商标或其他权利的保证。在任何情况下，许可方、作者或版权持有者均不对因本程序或本程序的使用或本程序中的其他交易而产生、产生或与之相关的任何索赔、直接、间接或继发性损害或其他责任承担责任。程序。
4. 被许可方同意，其将仅出于学术、非商业目的使用本程序以及被许可方可能创建的程序的任何修改、改进或衍生品（统称为“改进”），并且程序或其衍生品的任何副本仅应分发与 PROGRAM 具有相同的许可证。本协议中使用的术语“学术、非商业”是指 (a) 不以营利为目的，或 (b) 不旨在生产用于商业用途的作品、服务或数据的学术或其他学术研究，或 (c) 既不是由从事与本计划类似的作品的商业使用、应用或开发的个人或实体进行或资助的。
5. 被许可方同意，应在因使用本程序或将代码翻译成另一种计算语言而产生的任何出版物中做出以下确认：“数据处理是使用 Science IT 开发的 cSAXS ptychography MATLAB 包和相干的X 射线散射 (CXS) 小组，瑞士 Paul Scherrer 研究所。”

此外，任何使用该包的出版物或将代码翻译成另一种计算语言的任何翻译都应引用

（针对 PtychoShelves）K. Wakonig, H.-C. Stadler、M. Odstrčil、EHR Tsai、A. Diaz、M. Holler、I. Usov、J. Raabe、A. Menzel、M. Guizar-Sicairos、PtychoShelves，用于叠印高性能分析的通用高级框架数据，J.应用程序。水晶。 53（2）（2020）。 (doi: 10.1107/S1600576720001776)

（差异图）P. Thibault、M. Dierolf、A. Menzel、O. Bunk、C. David、F. Pfeiffer，高分辨率扫描 X 射线衍射显微镜，Science 321, 379-382 (2008)。 （doi：10.1126/science.11​​58573）。

（最大似然）P. Thibault 和 M. Guizar-Sicairos，相干衍射成像的最大似然细化，New J. Phys。 14、063004（2012）。 （doi：10.1088/1367-2630/14/6/063004）。

（对于混合相干模式）P. Thibault 和 A. Menzel，通过衍射测量重建状态混合物，Nature 494, 68-71 (2013)。 （doi：10.1038/nature11806）。

（和/或多层切片）EHR Tsai、I. Usov、A. Diaz、A. Menzel 和 M. Guizar-Sicairos，具有扩展景深的 X 射线叠层摄影术，选项。快报 24, 29089-29108 (2016)。 （doi：10.1364/OE.24.029089）。

6. 除上述确认外，未经事先书面同意，被许可方不得在任何广告、促销或销售材料中使用程序标题或许可方的名称或徽标，或其任何改编版本，或其任何员工或实验室的姓名。在每种情况下均获得许可方的同意。
7. 所有权利（包括本程序及其相关材料的版权）的所有权始终属于许可方，并且被许可方同意保留同样的权利。未经许可方事先书面同意，被许可方同意不以任何机器可读形式在本程序之外使用本程序的任何部分或任何改进，也不制作除内部使用之外的任何副本。被许可人同意在任何此类副本上放置以下版权声明： @ 保留所有权利。瑞士 PAUL SCHERRER 研究所，大分子和生物成像实验室，2017 年。
8. 除非本文明确规定，否则许可不得被解释为通过暗示或其他方式向被许可人授予任何权利。
9. 免责声明：被许可方应了解，英国谢菲尔德的 Phase Focus Limited 拥有与叠印术相关的国际专利组合和待审申请，并且该程序可能能够在属于一个或多个权利要求范围内的情况下使用Phase Focus专利，特别是国际申请号PCT/GB2005/001464的专利。许可方明确声明，如果 Phase Focus 或任何其他第三方因使用该程序而对被许可方提起法律诉讼，则不会对软件的用户进行赔偿。
10. 本协议应受瑞士现行法律管辖，因本协议或本程序的使用而产生的任何争议均应提交瑞士苏黎世法院。