emmaa

EMMAA

EMMAA 是一个具有自动分析功能的机器维护模型生态系统。用户与 EMMAA 交互的主要方式是使用可在此处访问的 EMMAA 仪表板。

文档

有关 EMMA 的详细文档，请访问 http://emmaa.readthedocs.io。该文档包含三个主要部分：

• EMMAA 架构和方法的概念描述
• EMMAA 仪表板简介
• 所有 EMMAA 代码库的模块级文档直接链接到 Github 上的源代码

概念

EMMAA 背后的主要思想是创建一组计算模型，这些模型使用自动机器读取、知识组装和模型生成来保持最新。每个模型都从通过一组已知机制连接的先前相关概念网络开始。然后，通过每天阅读文献或其他信息源，确定新信息与现有模型的关系，然后用新信息更新模型，来扩展这组机制。

模型还可用于自动分析，其中属于每个模型范围的相关查询可以自动映射到模型上的结构和动态分析过程。这允许识别和报告模型的变化，从而导致分析结果发生有意义的变化。

应用领域

EMMAA 的主要应用领域是癌症的分子生物学，但是，它也可以应用于 INDRA 系统和与 INDRA 集成的读取系统可以处理的其他领域。

安装

用户主要通过仪表板与 EMMAA 交互，无需安装任何依赖项。

要在本地设置对 EMMAA 功能的编程访问，请执行以下操作：

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

EMMAA 的 Docker 化版本可在 https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa 获取，可以通过以下方式获取：

 docker pull labsyspharm/emmaa

资金

EMMAA 的开发由 DARPA 自动化科学知识提取 (ASKE) 计划的 HR00111990009 奖资助。