RCAS

RCAS项目

介绍

RCAS 是一个 R/Bioconductor 软件包，设计为通用报告工具，用于对高通量实验检测到的转录组范围内的感兴趣区域进行功能分析。例如，此类转录组区域可以是通过 CLIP-Seq 分析检测到的蛋白质-RNA 相互作用位点、RNA 修饰位点（别名表观转录组）、CAGE 标签位置或任何其他查询区域水平的信号峰。转录组。 RCAS 根据转录本特征（外显子、内含子、5'/3' UTR 区域、外显子-内含子边界、启动子区域）的查询区域的分布生成深入的注释摘要和覆盖率概况。此外，RCAS 可以进行功能富集分析和判别性基序发现。 RCAS 支持BSgenome::available.genomes中提供的所有基因组版本

安装：

从 Bioconductor 安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

从 Github 安装开发版本

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

通过 Bioconda 渠道安装

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

通过 Guix 安装

guix package -ir r-rcas

用法：

包装插图和参考手册

有关如何使用 RCAS 的详细说明，请参阅：

• 用于单个样品分析的包装插图
• 用于多样本分析的包插图
• 有关 RCAS 中可用的详细功能的更多信息，请参阅参考手册。

来自已发布的基于 RNA 的组学数据集的用例

多样本分析用例

• 请参见示例报告，该报告比较了 Nakaya 等人通过 RNA 结合蛋白 FUS 的 CLIP 测序实验发现的峰区域，2013 年，Ascano 等人的突触功能调节器 FMR1。 2012 年，以及 Sauliere 等人的真核起始因子 4A-III，2012 年。

单样本分析用例

• 通过PAR-CLIP技术检测到的 PUM2 RNA 结合位点的 RCAS 报告（Hafner 等，2010）

  • 输入：PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• 通过PAR-CLIP技术检测到的 QKI RNA 结合位点的 RCAS 报告（Hafner 等人，2010）

  • 输入：PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• 通过PAR-CLIP技术检测到的 IGF2BP123 RNA 结合位点的 RCAS 报告（Hafner 等，2010）

  • 输入：PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• 通过deepCAGE分析检测到的微小 RNA (tiRNA) 位点的 RCAS 报告（Taft et al. 2009）

  • 输入： human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• m ¹ A甲基化位点的 RCAS 报告（Dominissini 等人，2016）

  • 输入：GSE70485_ human_peaks.txt.gz

引文

要引用 RCAS，请使用：

Bora Uyar、Dilmurat Yusuf、Ricardo Wurmus、Nikolaus Rajewsky、Uwe Ohler、Altuna Akalin； RCAS：一种以 RNA 为中心的注释系统，用于转录组范围内的感兴趣区域。核酸研究 2017 gkx120。 doi：10.1093/nar/gkx120

请在此处查看我们的出版物。

致谢

RCAS 是由柏林医疗系统生物学研究所 (BIMSB) 的 Altuna Akalin（科学生物信息学平台负责人）小组由 Bora Uyar（生物信息学科学家）、Dilmurat Yusuf（生物信息学科学家）和 Ricardo Wurmus（系统管理员）开发的。柏林马克斯-德尔布吕克分子医学中心 (MDC)。

RCAS 是作为 RNA 生物信息学中心的一部分开发的生物信息学服务，该中心是德国生物信息学基础设施网络 (de.NBI) 的八个中心之一。