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MedicalGPT training medical GPT model with ChatGPT training pipeline, implemantation of Pretraining, Supervised Finetuning, RLHF(Reward Modeling and Reinforcement Learning) and DPO(Direct Preference Optimization).
MedicalGPT 训练医疗大模型,实现了包括增量预训练、有监督微调、RLHF(奖励建模、强化学习训练)和DPO(直接偏好优化)。
[2024/09/21] v2.3版本: 支持了 Qwen-2.5 系列模型,详见Release-v2.3
[2024/08/02] v2.2版本:支持了角色扮演模型训练,新增了医患对话SFT数据生成脚本role_play_data,详见Release-v2.2
[2024/06/11] v2.1版本:支持了 Qwen-2 系列模型,详见Release-v2.1
[2024/04/24] v2.0版本:支持了 Llama-3 系列模型,详见Release-v2.0
[2024/04/17] v1.9版本:支持了 ORPO,详细用法请参照 run_orpo.sh
。详见Release-v1.9
[2024/01/26] v1.8版本:支持微调Mixtral混合专家MoE模型 Mixtral 8x7B。详见Release-v1.8
[2024/01/14] v1.7版本:新增检索增强生成(RAG)的基于文件问答ChatPDF功能,代码chatpdf.py
,可以基于微调后的LLM结合知识库文件问答提升行业问答准确率。详见Release-v1.7
[2023/10/23] v1.6版本:新增RoPE插值来扩展GPT模型的上下文长度;针对LLaMA模型支持了FlashAttention-2和LongLoRA 提出的
[2023/08/28] v1.5版本: 新增DPO(直接偏好优化)方法,DPO通过直接优化语言模型来实现对其行为的精确控制,可以有效学习到人类偏好。详见Release-v1.5
[2023/08/08] v1.4版本: 发布基于ShareGPT4数据集微调的中英文Vicuna-13B模型shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat,和对应的LoRA模型shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat-lora,详见Release-v1.4
[2023/08/02] v1.3版本: 新增LLaMA, LLaMA2, Bloom, ChatGLM, ChatGLM2, Baichuan模型的多轮对话微调训练;新增领域词表扩充功能;新增中文预训练数据集和中文ShareGPT微调训练集,详见Release-v1.3
[2023/07/13] v1.1版本: 发布中文医疗LLaMA-13B模型shibing624/ziya-llama-13b-medical-merged,基于Ziya-LLaMA-13B-v1模型,SFT微调了一版医疗模型,医疗问答效果有提升,发布微调后的完整模型权重,详见Release-v1.1
[2023/06/15] v1.0版本: 发布中文医疗LoRA模型shibing624/ziya-llama-13b-medical-lora,基于Ziya-LLaMA-13B-v1模型,SFT微调了一版医疗模型,医疗问答效果有提升,发布微调后的LoRA权重,详见Release-v1.0
[2023/06/05] v0.2版本: 以医疗为例,训练领域大模型,实现了四阶段训练:包括二次预训练、有监督微调、奖励建模、强化学习训练。详见Release-v0.2
基于ChatGPT Training Pipeline,本项目实现了领域模型--医疗行业语言大模型的训练:
Model | Base Model | Introduction |
---|---|---|
shibing624/ziya-llama-13b-medical-lora | IDEA-CCNL/Ziya-LLaMA-13B-v1 | 在240万条中英文医疗数据集shibing624/medical上SFT微调了一版Ziya-LLaMA-13B模型,医疗问答效果有提升,发布微调后的LoRA权重(单轮对话) |
shibing624/ziya-llama-13b-medical-merged | IDEA-CCNL/Ziya-LLaMA-13B-v1 | 在240万条中英文医疗数据集shibing624/medical上SFT微调了一版Ziya-LLaMA-13B模型,医疗问答效果有提升,发布微调后的完整模型权重(单轮对话) |
shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat-lora | baichuan-inc/Baichuan-13B-Chat | 在10万条多语言ShareGPT GPT4多轮对话数据集shibing624/sharegpt_gpt4 和 医疗数据集shibing624/medical 上SFT微调了一版baichuan-13b-chat多轮问答模型,日常问答和医疗问答效果有提升,发布微调后的LoRA权重 |
shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat | baichuan-inc/Baichuan-13B-Chat | 在10万条多语言ShareGPT GPT4多轮对话数据集shibing624/sharegpt_gpt4 和 医疗数据集shibing624/medical 上SFT微调了一版baichuan-13b-chat多轮问答模型,日常问答和医疗问答效果有提升,发布微调后的完整模型权重 |
shibing624/llama-3-8b-instruct-262k-chinese | Llama-3-8B-Instruct-262k | 在2万条中英文偏好数据集shibing624/DPO-En-Zh-20k-Preference上使用ORPO方法微调得到的超长文本多轮对话模型,适用于RAG、多轮对话 |
演示shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat模型效果: 具体case见Inference Examples
我们提供了一个简洁的基于gradio的交互式web界面,启动服务后,可通过浏览器访问,输入问题,模型会返回答案。
启动服务,命令如下:
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python gradio_demo.py --model_type base_model_type --base_model path_to_llama_hf_dir --lora_model path_to_lora_dir
参数说明:
--model_type {base_model_type}
:预训练模型类型,如llama、bloom、chatglm等--base_model {base_model}
:存放HF格式的LLaMA模型权重和配置文件的目录,也可使用HF Model Hub模型调用名称--lora_model {lora_model}
:LoRA文件所在目录,也可使用HF Model Hub模型调用名称。若lora权重已经合并到预训练模型,则删除--lora_model参数--tokenizer_path {tokenizer_path}
:存放对应tokenizer的目录。若不提供此参数,则其默认值与--base_model相同--template_name
:模板名称,如vicuna
、alpaca
等。若不提供此参数,则其默认值是vicuna--only_cpu
: 仅使用CPU进行推理--resize_emb
:是否调整embedding大小,若不调整,则使用预训练模型的embedding大小,默认不调整requirements.txt
会不时更新以适配最新功能,使用以下命令更新依赖:
git clone https://github.com/shibing624/MedicalGPT
cd MedicalGPT
pip install -r requirements.txt --upgrade
* 估算值
训练方法 | 精度 | 7B | 13B | 30B | 70B | 110B | 8x7B | 8x22B |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
全参数 | AMP(自动混合精度) | 120GB | 240GB | 600GB | 1200GB | 2000GB | 900GB | 2400GB |
全参数 | 16 | 60GB | 120GB | 300GB | 600GB | 900GB | 400GB | 1200GB |
LoRA | 16 | 16GB | 32GB | 64GB | 160GB | 240GB | 120GB | 320GB |
QLoRA | 8 | 10GB | 20GB | 40GB | 80GB | 140GB | 60GB | 160GB |
QLoRA | 4 | 6GB | 12GB | 24GB | 48GB | 72GB | 30GB | 96GB |
QLoRA | 2 | 4GB | 8GB | 16GB | 24GB | 48GB | 18GB | 48GB |
Training Stage:
Stage | Introduction | Python script | Shell script |
---|---|---|---|
Continue Pretraining | 增量预训练 | pretraining.py | run_pt.sh |
Supervised Fine-tuning | 有监督微调 | supervised_finetuning.py | run_sft.sh |
Direct Preference Optimization | 直接偏好优化 | dpo_training.py | run_dpo.sh |
Reward Modeling | 奖励模型建模 | reward_modeling.py | run_rm.sh |
Reinforcement Learning | 强化学习 | ppo_training.py | run_ppo.sh |
ORPO | 概率偏好优化 | orpo_training.py | run_orpo.sh |
Model Name | Model Size | Target Modules | Template |
---|---|---|---|
Baichuan | 7B/13B | W_pack | baichuan |
Baichuan2 | 7B/13B | W_pack | baichuan2 |
BLOOMZ | 560M/1.1B/1.7B/3B/7.1B/176B | query_key_value | vicuna |
ChatGLM | 6B | query_key_value | chatglm |
ChatGLM2 | 6B | query_key_value | chatglm2 |
ChatGLM3 | 6B | query_key_value | chatglm3 |
Cohere | 104B | q_proj,v_proj | cohere |
DeepSeek | 7B/16B/67B | q_proj,v_proj | deepseek |
InternLM2 | 7B/20B | wqkv | intern2 |
LLaMA | 7B/13B/33B/65B | q_proj,v_proj | alpaca |
LLaMA2 | 7B/13B/70B | q_proj,v_proj | llama2 |
LLaMA3 | 8B/70B | q_proj,v_proj | llama3 |
Mistral | 7B/8x7B | q_proj,v_proj | mistral |
Orion | 14B | q_proj,v_proj | orion |
Qwen | 1.8B/7B/14B/72B | c_attn | qwen |
Qwen1.5 | 0.5B/1.8B/4B/14B/32B/72B/110B | q_proj,v_proj | qwen |
Qwen2 | 0.5B/1.5B/7B/72B | q_proj,v_proj | qwen |
XVERSE | 13B | query_key_value | xverse |
Yi | 6B/34B | q_proj,v_proj | yi |
训练完成后,现在我们加载训练好的模型,验证模型生成文本的效果。
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python inference.py
--model_type base_model_type
--base_model path_to_model_hf_dir
--tokenizer_path path_to_model_hf_dir
--lora_model path_to_lora
--interactive
参数说明:
--model_type {base_model_type}
:预训练模型类型,如llama、bloom、chatglm等--base_model {base_model}
:存放HF格式的LLaMA模型权重和配置文件的目录--tokenizer_path {base_model}
:存放HF格式的LLaMA模型权重和配置文件的目录--lora_model {lora_model}
:LoRA解压后文件所在目录,也可使用HF Model Hub模型调用名称。如果已经合并了LoRA权重到预训练模型,则可以不提供此参数--tokenizer_path {tokenizer_path}
:存放对应tokenizer的目录。若不提供此参数,则其默认值与--base_model相同--template_name
:模板名称,如vicuna
、alpaca
等。若不提供此参数,则其默认值是vicuna--interactive
:以交互方式启动多轮问答,使用流式推理--data_file {file_name}
:非交互方式启动下,读取file_name中的的内容进行batch预测--output_file {file_name}
:非交互式方式下,将预测的结果以jsonl格式写入file_name--resize_emb
:是否调整embedding大小,若不调整,则使用预训练模型的embedding大小,默认不调整--only_cpu
:仅使用CPU进行推理--gpus {gpu_ids}
:指定使用的GPU设备编号,默认为0。如使用多张GPU,以逗号分隔,如0,1,2多卡数据并行,batch推理
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1 torchrun --nproc_per_node 2 inference_multigpu_demo.py --model_type baichuan --base_model shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat
bash run_Multi-GPUs-deployment.sh
shibing624/vicuna-baichuan-13b-chat inference examples:
Human | Assitant |
---|---|
小孩发烧怎么办 | 发烧是身体对感染或其他疾病的自然反应。以下是一些可以帮助缓解发烧症状的建议: 1. 保持身体水分充足:发烧时,身体会失去水分,因此需要保持水分充足。 2. 使用冰袋:将冰袋放在额头或颈部可以帮助降低体温。 3. 使用退烧药:退烧药可以帮助降低体温。 4. 保持身体温度:保持身体温度可以帮助降低体温。 5. 使用冷水或温水擦拭身体:使用冷水或温水擦拭身体可以帮助降低体温。 6. 使用退烧药:退烧药可以帮助降低体温。 7. 保持身体温度:保持身体温度可以帮助降低体温。 8. 使用冷水或温水擦拭身体:使用冷水或温水擦拭身体可以帮助降低体温。 9. 使用退烧药:退烧药可以帮助降低体温。 10. 保持身体温度:保持身体温度可以帮助降低体温。 |
一岁宝宝发烧能吃啥药? | 1岁宝宝发烧时,可以考虑以下几种药物: 1. 退烧药:如布洛芬(Ibuprofen)或对乙酰氨基酚(Paracetamol)。这些药物可以帮助降低体温,缓解发烧症状。 2. 抗生素:如果发烧是由细菌感染引起的,可以考虑使用抗生素。但请务必在医生的建议下使用。 3. 抗病毒药物:如果发烧是由病毒感染引起的,可以考虑使用抗病毒药物。但请务必在医生的建议下使用。 4. 解热镇痛药:如阿司匹林(Aspirin)或对乙酰氨基酚(Paracetamol)。这些药物可以帮助缓解发烧症状。 5. 抗组胺药:如苯海拉明(Diphenhydramine)或非索非那定(Naproxen)。这些药物可以帮助缓解发烧症状。 请务必在医生的建议下使用这些药物,并遵循药物说明书上的用量和用法。同时,保持宝宝充足的水分摄入,并确保宝宝有足够的休息。 |
肛门病变可能是什么疾病的症状 | 肛门病变可能由多种原因引起,包括感染、炎症、肿瘤或其他疾病。一些常见的肛门病变包括: 1. 肛裂:这是一种肛门皮肤撕裂,通常由便秘或其他压力因素引起。 2. 肛瘘:这是一种肛门感染,导致肛门皮肤和直肠之间形成瘘管。 3. 肛门疣:这是一种肛门皮肤上形成的疣状病变,通常由人类乳头状瘤病毒(HPV)引起。 4. 肛门脓肿:这是一种肛门感染,导致肛门皮肤下形成脓肿。 5. 肛门肿瘤:这是一种肛门皮肤或直肠内形成的肿瘤。 6. 肛门溃疡:这是一种肛门皮肤上形成的溃疡,通常由感染或炎症引起。 7. 肛门瘙痒:这是一种肛门皮肤瘙痒的症状,可能由感染、炎症或其他疾病引起。 如果您有肛门病变的症状,请咨询医疗保健专业人员以获得适当的诊断和治疗。 |
医生,您好白带增多泛黄怎么回事? | 您好,白带增多和发黄可能是由多种原因引起的,包括感染、荷尔蒙变化、阴道干燥或其他妇科问题。以下是一些可能的原因: 1. 感染:白带增多和发黄可能是由阴道或尿道感染引起的。感染可能由细菌、病毒或真菌引起。 2. 荷尔蒙变化:荷尔蒙变化,如月经周期或更年期,可能会导致白带增多和发黄。 3. 阴道干燥:阴道干燥可能会导致白带增多和发黄。 4. 其他妇科问题:其他妇科问题,如子宫颈炎、子宫内膜炎或子宫内膜异位症,也可能导致白带增多和发黄。 如果您担心自己的白带,建议您咨询妇科医生进行检查和诊断。医生可以根据您的症状和检查结果确定原因并提供适当的治疗。 |
药流后有巧克力白带是没流干净吗 | 药流后出现巧克力白带并不一定意味着没有流干净。巧克力白带是由于子宫内膜脱落和出血引起的,通常在药流后的一段时间内会出现。 药流后出现巧克力白带的原因可能包括: 1. 子宫内膜脱落:药流后,子宫内膜会脱落,导致出血。这种出血可能表现为巧克力白带。 2. 感染:药流后,子宫内膜和宫颈口可能存在创伤,容易受到细菌感染。感染可能导致巧克力白带。 3. 激素水平变化:药流后,激素水平可能发生变化,导致巧克力白带。 如果巧克力白带持续时间较长,或者伴有其他症状,如腹痛、发热、分泌物异味等,建议及时就诊,进行相关检查,如妇科检查、B超等,以确定是否存在感染或其他问题。在医生的指导下进行相应的治疗。 |
维胺酯维E乳膏能治理什么疾病 | 维胺酯维E乳膏是一种外用药物,主要用于治疗痤疮、脂溢性皮炎等皮肤病。它可以帮助减少皮肤油脂分泌,减轻炎症,促进皮肤修复。 需要注意的是,维胺酯维E乳膏并非万能药,对于某些皮肤病可能并不适用。在使用前,建议咨询医生或药师,了解药物的适应症、禁忌症、用法用量等信息。同时,使用药物时应遵循医嘱,避免自行滥用。 |
痤疮是什么原因导致的? | 痤疮,也称为粉刺,是由皮肤毛孔堵塞引起的。堵塞毛孔的原因有很多,包括: 1. 皮脂腺过度活跃:皮脂腺产生过多油脂,导致毛孔堵塞。 2. 毛孔堵塞:皮肤表面的死皮细胞、油脂和细菌堵塞毛孔。 3. 炎症:痤疮通常伴随着炎症,这可能是由于皮肤感染或免疫系统对痤疮的反应引起的。 4. 遗传因素:某些人可能更容易患痤疮,这可能是由于遗传因素引起的。 5. 荷尔蒙变化:痤疮在青春期和月经期间更为常见,这可能是由于荷尔蒙变化引起的。 6. 生活方式因素:某些生活方式因素,如压力、不良饮食和缺乏运动,也可能导致痤疮。 7. 化妆品和护肤品:某些化妆品和护肤品可能导致痤疮,特别是那些含有刺激性成分的产品。 8. 药物:某些药物,如口服避孕药,也可能导致痤疮。 要预防痤疮,可以采取一些措施,如保持皮肤清洁、使用温和的护肤品、避免过度使用化妆品和护肤品、保持健康的生活方式和饮食习惯、避免压力和荷尔蒙变化。如果痤疮严重,可能需要寻求皮肤科医生的帮助。 |
脸上长青春痘怎么办,能吃啥药,需要注意啥 | 青春痘,又称痤疮,是一种常见的皮肤病。青春痘的治疗需要综合考虑饮食、生活习惯、药物等多个方面。以下是一些建议: 1. 饮食: * 避免高糖、高脂、高油的食物,如快餐、甜点、油炸食品等。 * 多吃新鲜蔬菜、水果、全谷类食物,以增加纤维摄入,促进肠道蠕动。 * 避免摄入过多的咖啡因、酒精、辛辣食物等刺激性食物。 2. 生活习惯: * 保持良好的作息时间,保证充足的睡眠。 * 避免长时间使用电脑、手机等电子产品,以免辐射对皮肤造成刺激。 * 保持皮肤清洁,每天早晚使用温和的洁面产品清洁皮肤。 * 避免挤压青春痘,以免感染和留下疤痕。 3. 药物: * 外用药物:可以使用含有水杨酸、苯甲酸、壬二酸等成分的护肤品,帮助去除皮肤表面的角质,减少痘痘的形成。 * 口服药物:如果青春痘严重,可以考虑口服抗生素、维生素B族、锌等药物,但需在医生指导下使用。 4. 注意: * 不要随意使用化妆品、护肤品,以免刺激皮肤。 * 不要过度清洁皮肤,以免破坏皮肤屏障。 * 保持心情舒畅,避免焦虑、抑郁等负面情绪。 总之,青春痘的治疗需要综合考虑饮食、生活习惯、药物等多个方面。在治疗过程中,要保持耐心和信心,遵循医生的建议,逐步改善皮肤状况。 |
由于输精管堵塞会不会导致男性不育?,医生您好,我同事这几天不开心,我问她怎么了,她说她老公输精管堵塞,所以一直没孩子,不是不想要,请问输精管堵塞会不会导致男性不育? | 输精管堵塞可能会导致男性不育。输精管是连接睾丸和尿道的一条管道,负责将精子从睾丸输送到尿道。如果输精管堵塞,精子就无法通过输精管到达尿道,从而导致不育。 输精管堵塞的原因有很多,包括先天性发育异常、炎症、肿瘤、外伤等。输精管堵塞的治疗方法包括手术疏通、药物治疗等。如果输精管堵塞严重,可能需要进行手术疏通。 需要注意的是,输精管堵塞并不一定导致不育,因为还有其他途径可以将精子输送到女性体内。例如,精子可以通过附睾、前列腺等组织到达女性体内。因此,如果输精管堵塞,建议及时就医,寻求专业医生的帮助。 |
心肌梗塞能治疗吗? | 心肌梗死是一种严重的疾病,如果及时治疗,可以挽救生命并防止长期残疾。治疗心肌梗死的关键是尽早识别和治疗。 心肌梗死的治疗通常包括以下步骤: 1. 立即就医:如果出现胸痛、呼吸急促或晕厥等症状,立即就医。 2. 药物治疗:医生可能会开处方药物,如硝酸甘油或阿司匹林,以帮助缓解症状并防止进一步的损伤。 3. 溶栓治疗:如果患者在到达医院前出现心肌梗死,医生可能会进行溶栓治疗,通过注射溶解血栓的药物来帮助恢复血流。 4. 手术治疗:如果药物治疗或溶栓治疗无效,医生可能会建议进行手术,如冠状动脉搭桥手术或心脏支架植入术。 5. 康复和预防:心肌梗死的治疗通常包括康复计划,以帮助患者恢复身体功能并预防未来的心脏事件。此外,患者还应遵循医生的建议,以降低患心脏病的风险。 需要注意的是,心肌梗死的治疗取决于患者的具体情况和症状。因此,如果您或您认识的人出现心肌梗死症状,请立即就医。 |
怎么让自己精力充沛,列5点建议 | 1. 保持充足的睡眠:睡眠对于保持精力充沛至关重要。确保每晚获得7-9小时的高质量睡眠。 2. 均衡饮食:均衡饮食对于保持能量水平至关重要。确保摄入足够的蛋白质、碳水化合物和健康脂肪。 3. 定期锻炼:定期锻炼可以帮助提高能量水平。尝试每天进行至少30分钟的有氧运动,如散步、跑步或骑自行车。 4. 管理压力:压力会消耗能量,因此管理压力对于保持精力充沛至关重要。尝试找到放松和减压的方法,如冥想、瑜伽或深呼吸练习。 5. 保持水分:脱水会降低能量水平。确保每天喝足够的水,并根据需要补充水分。 |
写个春天的诗 | 春天, 是大地苏醒的季节, 是万物复苏的季节, 是生命绽放的季节。 春天, 是阳光明媚的季节, 是鸟语花香的季节, 是绿意盎然的季节, 是希望无限的季节。 春天, 是人们欢笑的季节, 是孩子们嬉戏的季节, 是恋人们相拥的季节, 是人们追求梦想的季节。 |
南极洲为啥没有北极熊? | 南极洲没有北极熊,因为北极熊生活在北极地区,而南极洲位于南半球,气候和环境与北极地区有很大不同。南极洲的气候非常寒冷,常年被冰雪覆盖,而北极熊则生活在北极地区,那里有丰富的海洋生物和陆地哺乳动物。此外,南极洲的生态系统也与北极地区不同,没有北极熊所需的生存条件。 |
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如果你在研究中使用了MedicalGPT,请按如下格式引用:
@misc{MedicalGPT,
title={MedicalGPT: Training Medical GPT Model},
author={Ming Xu},
year={2023},
howpublished={url{https://github.com/shibing624/MedicalGPT}},
}
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tests
添加相应的单元测试python -m pytest
来运行所有单元测试,确保所有单测都是通过的之后即可提交PR。
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