Shenzhen_BGIC_0101_2013

热诺沃

欢迎来到杰诺沃世界。我们是Shenzhen_BGIC_0101_2013团队。请前往项目页面以获得更好的查看效果。 :)

我们所做的是

• 新氯

Neochr 模块将帮助用户手动抓取不同途径中的相关基因，逻辑地重新连接基因的关系*，并用得分更高的直向同源物替换基因*。

• 核素模块

NucleoMod 是一个修改 Neochr 模块生成的基因 CDS 序列的模块。该模块包含 5 个插件：CRISPR 设计、擦除酶位点、创建酶位点、密码子优化、重复粉碎。所有这些插件都允许用户更改或优化基因。 NucleoMod操作完成后，下一步就是SegmMan根据染色体长度设计合成方法。

• 分段曼

合成器或合成芯片可以高精度地达到3kb DNA序列，但染色体并没有那么短。 SegmMan可以解决这个问题，它将染色体分割成30k片段，解析出其退出的酶位点后，继续分割成10k和2k片段。在10k和2k水平上，其会添加载体同源区域并设计酶位点。

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安装向导

我们的软件完全基于JBrowse，它是下一代GBrowse。如果你已经安装了 JBrowse，只需拉 git 并使用。

安装JBrowse

要安装 JBrowse，请参阅 http://gmod.org/wiki/JBrowse 上的主要 JBrowse wiki。

简短描述：

• 将下载文件解压到 www 根文件夹中(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
• cd j浏览器
• ./install.sh # 使用cpan安装所有需要的perl包，如果一切顺利，你可以打开http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

软件需求

• perl5
• php5（用于 REST api 和后端服务器）
• 阿帕奇
• Linux（在 Debian 上测试）
• git（用于版本控制插件）
• Biopython 和 UNAFoldt（用于芯片插件）
• Blast+（用于 NucleoMod 插件）
• Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

许可要求

您需要通过编辑 /etc/apache2/envvars 更改 apache 权限

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami` 

和

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

安装 Genovo

将plugins/、server/复制到Jbrowse。

安装 NucleoMod 插件

NucleoMod 依赖于 Blast+，因此如果您使用基于 Debian 的系统： apt-get install ncbi-blast+

或者您可以从以下位置安装： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

安装芯片插件

从以下位置下载并安装 UNAFoldt 和 Biopython：

• UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

• Biopython：http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

安装版本控制插件

git is needed

任何其他插件都是可移植的

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Genovo 服务器端教程

文件夹结构：

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

休息API

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

此外，我们的服务器端实现是灵活的。用户可以配置服务器端的电源使用数据。

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奖牌要求

＃＃铜牌

• 1 注册团队，度过一个愉快的夏天，并享受参加大露营的乐趣
• 2 通过 iGEM wiki 创建并共享团队项目的描述
• 项目概况
• 3 在 iGEM Jamboree 上展示海报并发表演讲。
• 4 通过软件工具注册表开发并提供开源软件工具，支持基于 BioBrick 标准生物部件的合成生物学
  • 我们的软件在Github

注：我们的巨型软件旨在基于合成的 DNA 片段操作设备级别的 Biobrick。但对于biobrick级别，第二个模块还可以帮助用户设计基因，例如删除CDS中的EcorI、XbaI、SpeI、PstI、Not I、密码子优化和重复粉碎。

银牌

• 1.A 为您的软件工具的下一版本提供详细的草案规范。

由于我们的项目如此庞大且可扩展性很大，至少有5个想法由于时间限制而无法实现。

• 1.B 提供第二个不同的（但互补的）软件工具项目。

对于第三个模块SegmMan，我们有一个互补的设计合成方法OLS芯片合成（链接），使Genovo兼容合成器和芯片。

• 2 以文本或视频教程的形式在其 wiki 上提供其软件演示。

文字教程

金牌

• 1 让另一个团队使用您团队开发的软件。您必须清楚地展示您的软件是如何使用的以及获得的结果。

• 我们有软件团队Shenzhen_BGIC_ATCG使用第二个模块来设计他们的基因。

• SC2.0项目还尝试了SegmMan模块对chrVII的分割。

• 2 .概述并详细说明您的软件如何影响合成生物学中的人类实践。

分享：

• 基于网络的服务器供公众使用
• 软件评估以及与 Biostudio 的比较。
• 区域研讨会

创新：

• 我们采访了核心负责人Patrick Yizhi Cai博士，谈论了Genovo的设计和应用。

广告：

• 我们试图将我们的球队球衣卖给华大基因的人。

• 2 .B 在软件文档中使用 SBOL。

我们使用 SBOL 作为第一个模块的输出之一来描述新创建的途径中的基因。

• 3.A.开发并记录支持以下其中一项的新技术标准：

BioBrick 零件或设备的设计：

• 染色体设计标准
• 设计操作标准

BioBrick 零件或设备的构造：

• 装配策略标准