xyz2mol

xyz2mol 现已在 RDKit 中实现

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

将笛卡尔坐标转换为一个或多个分子图

给定.xyz文件形式的笛卡尔坐标，代码将构造一个或多个分子图的列表。如果存在多种可能的共振形式，则 xyz2mol 返回所有共振形式的列表，否则仅返回其中之一的列表。

此代码基于 DOI 的工作：10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

设置

取决于rdkit 、 numpy和networkx 。通过 anaconda/conda 最简单的设置：

conda install -c conda-forge xyz2mol

独立环境的设置可通过Makefile进行。要设置和测试，只需克隆项目并制作即可。

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

然后在xyz2mol文件夹中运行以下命令

 make
make test

请注意，也可以在没有networkx依赖项的情况下运行代码，但速度较慢。

用法示例

读入 xyz 文件并打印出 SMILES，但不要对手性进行编码。

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

读入xyz文件并打印出SDF格式，保存在文件中

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

读取带有费用的 xyz 文件并打印出 SMILES

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

依赖项：

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx