bx python

BX-Python

BX-Python项目是一个Python库，是相关的脚本集，用于快速实施基因组量表分析。该库包含各种有用的模块，但特定的优势是：

• 用于阅读和使用基因组规模多个局部对齐的课程（MAF，AXT和LAV格式）
• 用于在磁盘文件上索引的通用数据结构，这些磁盘文件包含与各个序列间隔相关的数据块（例如，使用，用于随机访问大型文件中的单个对齐；优化用于网络文件系统的使用）
• 与序列间隔一起工作的数据结构
  • “ Binned Bitset”的作用就像染色体大小的位阵列，但懒惰地分配区域，并允许所有设置的大块或所有未设置的位都被紧凑地存储
  • 用于执行快速交叉测试的“ InterSecter”，可保留查询和目标间隔以及相关注释

要求

当前构建需要liblzo，例如debian/ubuntu上的sudo apt-apt-get安装liblzo2-dev。

安装

包装可以使用PIP安装：

pip install bx-python

它可以在Bioconda（推荐）中使用：

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

它可以在Debian和Ubuntu中使用：

sudo apt install python3-bx

也可以从存储库的结帐中构建：

python setup.py install