nextflow

“數據流變數在同時編程中具有驚人的表現力”

亨利·E·巴爾、珍妮佛·G·斯坦納、安德魯·S·塔南鮑姆

Nextflow 是一個工作流程系統，用於建立可擴展、可移植和可重複的工作流程。它基於資料流程式設計模型，大大簡化了平行和分散式管道的編寫，讓您專注於資料流和計算。 Nextflow 可在各種執行平台上部署工作流程，包括本機電腦、HPC 排程器、AWS Batch、Azure Batch、Google Cloud Batch 和 Kubernetes。此外，它還支援多種方式來管理軟體依賴項，包括 Conda、Spack、Docker、Podman、Singularity 等。

快速啟動

使用單一指令安裝 Nextflow：

捲曲-fsSL https://get.nextflow.io |巴什

它在目前目錄中建立nextflow可執行檔。然後，您可以將其移動到$PATH中的目錄，以便從任何地方運行它。

Nextflow 也可以從 Bioconda 安裝：

 conda 安裝-c bioconda nextflow

文件

Nextflow 文件適用於最新的穩定版本和邊緣版本。

社群

您可以在 Nextflow 社群論壇或 Nextflow Slack 中發佈問題並取得協助。 Bug 和功能請求應作為 GitHub 問題報告。

Nextflow 社群非常活躍，定期舉辦社群會議、活動、播客等。您可以在 Nextflow 和 nf-core YouTube 頻道上查看大部分此類資料。

nf-core 計畫是一個社區努力，聚合了可供所有人使用的高品質 Nextflow 工作流程。

貢獻

我們非常歡迎您做出貢獻。有關詳細信息，請參閱貢獻文件。

執照

Nextflow 在 Apache 2.0 授權下發布。 Nextflow 是註冊商標。

引文

如果您在工作中使用 Nextflow，請引用：

P.迪托馬索等人。 Nextflow 支援可重複的計算工作流程。自然生物技術 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820

製作人員

Nextflow 建立在兩個*偉大的*開源軟體專案 Groovy 和 GPars 之上。

YourKit 透過其功能齊全的 Java Profiler 熱忱支援 Nextflow。