麗特基因

LitGene 程式碼庫

這項工作正在 webrun 上進行跟踪，並在 (https://litgene.tumorai.org/) 上部署。

部署github（https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP）可用於自行部署網頁。

使用 LitGene 工具頁面上的回饋頁面或聯絡作者提供回饋。

BioArxiv連結：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1

以下是如何使用 Docker 運行範例程式碼。

1. 建碼頭工人：

   一個。 git clone "cd LitGene/dependencies/docker/" 後轉到 docker 檔案的位置

   b.建置 docker“docker build .-t litgene”

2. 運行docker映像/建立容器：

   c. “docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash"

3. 輸入泊塢視窗：

   d. “docker exec -it Litgene /bin/bash”

4. docker裡面去範例程式碼溶解度：

   e. “cd /home/tailab/LitGene/”

   f.開啟jupyter“jupyter筆記本--埠8888--ip 0.0.0.0--允許根--無瀏覽器”

5. 在部署docker的系統中：

   g。開啟瀏覽器“https://localhost:8888”

   h.輸入令牌

   我。運行範例程式碼“solubilityEval.ipynb”

6. 或遠端系統中的 docker（可選）：

   g。在本機系統上開啟命令

   h.輸入“ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server”

   我。重複步驟5

（如果對 LitGene/依賴項中提供的 Conda 要求感興趣，在 Ubuntu 22 上使用 python 3.12 和 nvidia 驅動程式 535.183.01 以及 A100 GPU 上的執行時間 cuda 12.2 進行測試）

code/refactored_code 下的程式碼重構正在進行中 對於其他資料檔案、模型和輸出檔案。請聯絡 [[email protected]]