拱形R

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ArchR 具有可用於 scATAC-seq 分析的新功能

配對 scATAC-seq 和 scRNA-seq 分析

ArchR 現在支援配對 scATAC-seq 和 scRNA-seq 分析！
查看 importFeatureMatrix、addGeneExpressionMatrix、addIterativeLSI、addCombinedDims 的更新
有關這些功能的簡要教學：https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html

軌跡分析

ArchR 現在直接支援基於 monocle3 和 Slingshot 的軌跡分析！
查看 getMonocleTrajectories、addMonocleTrajectory、addSlingShotTrajectories 的更新
有關這些功能的簡要教學：https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html

此外，ArchR 現在可以導出與 STREAM 相容的峰值矩陣！
查看 exportPeakMatrixForSTREAM 的更新

ArchR 目前處於 Beta 階段，並將透過同儕審查過程積極開發。

ArchR 是一個功能齊全的 R 軟體包，用於處理和分析單細胞 ATAC-seq 數據。 ArchR 提供了所有可用軟體中最廣泛的 scATAC-seq 分析工具套件。此外，ArchR 在速度和資源利用率方面均表現出色，可在 MacBook Pro 筆記型電腦上在 8 小時內分析 100 萬個細胞。

有關安裝說明和完整文檔，請造訪 www.ArchRProject.com。

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ArchR快速安裝

有關安裝和常見相關問題的完整演練，請造訪 www.ArchRProject.com。

首先，如果尚未安裝，請安裝 devtools（用於安裝 GitHub 套件）：

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

然後，如果尚未安裝 BiocManager（用於安裝 bioconductor 軟體包）：

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

然後，安裝 ArchR：

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

最後，安裝預設未安裝的所有 ArchR 依賴項：

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

如果這些步驟中的任何一個失敗，您應該在繼續之前確定有問題的套件並解決該單獨安裝的問題。此外，請造訪 ArchR 網站 (www.ArchRProject.com)，我們在其中提供安裝故障排除提示。

使用 ArchR 時遇到問題？

ArchR 目前處於測試階段。我們預計道路上會遇到坎坷。如果您認為發現了錯誤，請先透過以下方式安裝最新版本的 ArchR

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

如果這不能解決您的問題，請使用錯誤回報表在 Github 上回報問題。

如果您對 ArchR 使用有疑問，請參閱可搜尋的完整使用手冊、常見問題解答部分和出版物。如果您認為本網站或函數註解中的文件不清楚，請使用文件請求表在 Github 上提交問題。如果您認為 ArchR 缺少某個功能，並且您已經搜尋過使用手冊，請使用功能請求表在 Github 上提交問題。如果這些選項都沒有幫助，請給我們發送電子郵件。我們將盡力回答文件中未回答的問題。