iModulon礦工

iModulon礦工

此儲存庫提供了一個計算工作流程，用於計算和表徵選定生物體的所有 iModulons。這分五個步驟發生：

1. 收集該生物體的所有公開可用的 RNA-seq 數據（步驟 1）
2. 處理 RNA-seq 數據（步驟 2）
3. 檢查資料以識別高品質資料集（步驟 3）
4. 計算 iModulons（步驟 4）
5. 使用 PyModulon 來表徵 iModulon（步驟 5）

背景

iModulons是獨立調節的基因組，透過基因表現資料集的獨立成分分析 (ICA) 計算。要了解有關 iModulons 的更多資訊或探索已發布的 iModulons，請訪問 iModulonDB 或查看我們有關大腸桿菌、金黃色葡萄球菌或枯草芽孢桿菌的出版物。

在這裡，我們引入了生物體Modulome的概念，它是可以根據公開的 RNA-seq 數據為生物體計算的所有 iModulons 的集合。計算管道提供了計算枯草芽孢桿菌模數的逐步工作流程。

設定

碼頭工人

我們提供了預先建置的 Docker 容器以及所有必要的軟體。

首先，安裝 Docker 和 Nextflow。

本地安裝

您也可以在本地運行每個程序，所有要求都列在environment.yml檔案中。對於步驟 5（特徵化 iModulons），另外安裝 pymodulon。

引用

請引用以下論文：iModulonMiner 和 PyModulon：用於無監督挖掘基因表現概要的軟體