序列套件
v2.9.0
在瀏覽器中嘗試 SeqKit （教學和練習由 sandbox.bio 提供）
文件： http://bioinf.shenwei.me/seqkit（使用、常見問題、教學和基準）
原始碼： https://github.com/shenwei356/seqkit
最新版本：
請引用： ,
其他的：
易於安裝（下載）
為多個平台（Linux/Windows/macOS、amd64/arm64）提供靜態連結的可執行二進位文件
輕量級、開箱即用、無依賴、無需編譯、無需配置
conda install -c bioconda seqkit
方便使用
超快（請參閱技術細節和基準）
無縫解析 FASTA 和 FASTQ 格式
支援（ gzip / xz / zstd / bzip2壓縮）STDIN/STDOUT和輸入/輸出文件，輕鬆整合在管道中
可重複的結果（ sample和shuffle中的可配置 rand 種子）
支援透過正規表示式自訂序列ID
支援 Bash/Zsh 自動補全
多功能命令（用法和範例）
38個子命令支援的實用功能
前往下載頁面以取得更多下載選項和變更日誌，或透過 conda 安裝：
conda install -c bioconda seqkit
| 類別 | 命令 | 功能 | 輸入 | 鏈敏感性 | 多執行緒 |
|---|---|---|---|---|---|
| 基本操作 | 序列 | 轉換序列：提取 ID/seq、按長度/品質過濾、刪除間隙… | FASTA/Q | ||
| 統計數據 | 簡單統計：#seqs、min/max_len、N50、Q20%、Q30%… | FASTA/Q | ✓ | ||
| 子序列 | 按region/gtf/bed取得子序列，包括側翼序列 | FASTA/Q | +或/和- | ||
| 滑動 | 提取滑動視窗中的子序列 | FASTA/Q | + 僅 | ||
| 費德克斯 | 建立FASTA索引檔案並提取子序列（比samtools faidx具有更多功能） | FASTA | +或/和- | ||
| 翻譯 | 將 DNA/RNA 翻譯為蛋白質序列 | FASTA/Q | +或/和- | ||
| 手錶 | 序列特徵的監控和線上直方圖 | FASTA/Q | |||
| 分散 | fastx 檔案的即時串聯和串流傳輸 | FASTA/Q | ✓ | ||
| 格式轉換 | 福克2法 | 將 FASTQ 轉換為 FASTA 格式 | 快速問答 | ||
| FX2標籤 | 將 FASTA/Q 轉換為表格格式 | FASTA/Q | |||
| 發2fq | 透過 FASTA 文件檢索對應的 FASTQ 記錄 | FASTA/Q | + 僅 | ||
| tab2fx | 將表格格式轉換為 FASTA/Q 格式 | 矽通孔 | |||
| 轉變 | 在 Sanger、Solexa 和 Illumina 之間轉換 FASTQ 品質編碼 | FASTA/Q | |||
| 搜尋中 | grep | 按 ID/名稱/序列/序列基序搜尋序列，允許不匹配 | FASTA/Q | + 和 - | 部分地，-m |
| 定位 | 定位子序列/基序，允許不匹配 | FASTA/Q | + 和 - | 部分地，-m | |
| 擴增子 | 提取擴增子（或其周圍的特定區域），允許不匹配 | FASTA/Q | + 和 - | 部分地，-m | |
| 魚 | 在較大序列中尋找短序列 | FASTA/Q | + 和 - | ||
| 設定操作 | 樣本 | 按數量或比例採樣序列 | FASTA/Q | ||
| rmdup | 按 ID/名稱/序列刪除重複序列 | FASTA/Q | + 和 - | ||
| 常見的 | 透過id/name/sequence查找多個文件的共同序列 | FASTA/Q | + 和 - | ||
| 複製 | 重複序列N次 | FASTA/Q | |||
| 分裂 | 按 id/seq 區域/大小/部分將序列拆分為檔案（主要用於 FASTA） | FASTA優先 | |||
| 分割2 | 依大小/部分將序列拆分為檔案（FASTA、PE/SE FASTQ） | FASTA/Q | |||
| 頭 | 列印前 N 筆 FASTA/Q 記錄 | FASTA/Q | |||
| 頭部基因組 | 列印名稱中具有共同前綴的第一個基因組的序列 | FASTA/Q | |||
| 範圍 | 列印一定範圍內的 FASTA/Q 記錄（開始：結束） | FASTA/Q | |||
| 一對 | 修補兩個 fastq 檔案的雙端讀取 | FASTA/Q | |||
| 編輯 | 代替 | 用正規表示式取代名稱/序列 | FASTA/Q | + 僅 | |
| 重新命名 | 重新命名重複的 ID | FASTA/Q | |||
| 連接 | 連接多個檔案中具有相同 ID 的序列 | FASTA/Q | + 僅 | ||
| 重新啟動 | 重置環狀基因組的起始位置 | FASTA/Q | + 僅 | ||
| 變異 | 編輯序列（點突變、插入、刪除） | FASTA/Q | + 僅 | ||
| 薩那 | 清理損壞的單行 FASTQ 文件 | 快速問答 | |||
| 訂購 | 種類 | 按 id/name/sequence/length 對序列進行排序 | FASTA優先 | ||
| 隨機播放 | 隨機播放序列 | FASTA優先 | |||
| BAM處理 | 巴姆 | BAM記錄特徵的監控和線上直方圖 | 巴姆 | ||
| 各種各樣的 | 和 | 計算 FASTA/Q 檔案中所有序列的訊息摘要 | FASTA/Q | ✓ | |
| 合併投影片 | 合併seqkit滑動產生的滑動窗口 | 矽通孔 |
筆記：
鏈敏感性：
+ only ：僅在正鏈/正鏈上處理。
+ and - ：在兩條鏈上搜尋。
+ or/and - ：取決於使用者的標誌/選項/參數。
多線程：使用預設的 4 個執行緒對於大多數命令來說足夠快，某些命令可以從額外的線程中受益。
沉偉*、Botond Sipos 和趙劉洋。 2024. SeqKit2：用於序列和比對處理的瑞士軍刀。 iMeta e191。 doi：10.1002/imt2.191。
沈偉、樂帥、李艷*、胡福泉*。 SeqKit：用於 FASTA/Q 檔案操作的跨平台超快工具包。公共科學圖書館一號。 doi：10.1371/journal.pone.0163962。
沈偉
Botond Sipos： bam 、 scat 、 fish 、 sana 、 watch 。
其他的
我們感謝所有使用者提出的寶貴意見和建議。我們感謝所有改進程式碼和文件的貢獻者。
我們感謝 Klaus Post 提供的出色的軟體包（ compress 和 pgzip ），它們加速了 gzip 檔案的讀寫。
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麻省理工學院許可證
