pbbam

巴巴姆

自 SMRTanalysis 3.0 版本起，PacBio 正在採用業界標準 BAM 格式（對齊和未對齊）鹼基檢測資料檔。我們還制定了 BAM 配套文件格式 (bam.pbi)，可以快速訪問更豐富的每次讀取信息，並兼容圍繞舊版 cmp.h5 格式構建的軟體。

pbbam軟體套件提供用於建立、查詢和編輯 PacBio BAM 檔案及相關索引的元件。這些元件包括核心 C++ 函式庫、其他語言的綁定以及命令列實用程式。

可用性

最新的pbbam可以透過 bioconda 套件pbbam安裝。

請參閱我們的官方 pbbioconda 頁面，以了解有關安裝、支援、授權、版權和免責聲明的資訊。

筆記：

該庫無意用作通用 BAM 實用程式 - 所有輸入和輸出 BAM 必須遵守 PacBio BAM 格式規格。非 PacBio BAM 將導致拋出異常。

文件

• 文件主頁

  • 入門
  • C++ API 參考

• 變更日誌

常問問題

幫助！我收到“不支持的測序化學組合”！

pbbam驗證所有 BAM 文件，並且作為此驗證的一部分，它檢查所提供的 BAM 文件的每個 ReadGroup 中的BindingKit和SequencingKit變數是否已知。作為正在進行的化學開發的一部分，我們可能需要引入新的零件號碼來識別新型試劑和/或 SMRT 細胞。使用 SMRT Link 時您不太可能遇到此類問題，因為它有一個整合的自動更新程序，會定期自動檢查和安裝新的化學物質。在沒有正確安裝 SMRT Link 的情況下使用的所有 PacBio 工具都需要手動幹預才能下載新的化學物質：

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

這將導致pbbam嘗試從SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR加載帶外chemistry.xml ，並且應該允許您將較舊的軟體與較新的 BAM 一起使用。注意：這僅允許pbbam的內部驗證通過，這不會自動使其他依賴化學的軟體與較新的化學物質一起工作。例如，Arrow 的後端（Unanimity）也對化學進行了參數化，如果引入全新的化學，它就會失敗。請參閱 Unanimity 的常見問題解答，以了解如何使用SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR載入新化學物質的模型。

執照

• PacBio 開源許可證

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