細胞2tcr

Cell2TCR 是一種用於推斷 T 細胞受體 (TCR) 基序的工具。 TCR 基序描述了一組具有足夠序列相似性以可能識別共同表位的 TCR。

入門

請參閱 cell2tcr.ipynb 中的使用範例。

安裝

1. 創建新的conda環境

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. 從 Github 安裝 Cell2TCR

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. 可選：添加核心以在 Jupyter 筆記本中使用

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

人類 SARS-CoV-2 挑戰揭示了局部和系統反應動態

發表於《自然》 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*、Kaylee B. Worlock*、Lisa M. Dratva、Masahiro Yoshida、David Scobie、Helen R. Wagstaffe、Laura Richardson、Anna Wilbrey-Clark、Josephine L. Barnes、Lorenz Kretschmer、Krzysztof Polanski、Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Swaders, Alex, Leo A , Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyerer, Kerstin B. Meyer 、Christopher Chiu、Marko Z. Nikolić† 與Sarah A. Teichmann†