腺病毒

腺病毒

最後更新：2024 年 5 月 3 日

免責聲明

該存儲庫已過時，將不再維護

這是一個用於分析 PacBio 長讀 AAV 定序資料的個人儲存庫。開源程式碼現由 FormBio 的 LAAVA 儲存庫進行維護和開發。請造訪LAAVA以取得最新程式碼庫！謝謝！

先決條件

• Python 3.7
• 右

所需的 Python 函式庫：

• 皮薩姆

所需的 R 包：

• ggplot2
• dplyr
• 網格
• 網格額外

安裝

您可以直接下載/克隆儲存庫以直接使用腳本。

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

您可以自行安裝依賴項或使用下列基於 conda 的選項之一。

選項1：使用 Conda 並單獨安裝先決條件

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

選項2：將 Conda 與 yml 結合使用

假設您安裝了 anaconda 並且二進位位於$HOME/anaCogentPy37/bin 。您可以將二進位檔案新增至 $PATH 並建立一個名為AAV.env的新 conda 環境。

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

此時提示符號應更改為(AAV.env) $

用法

請閱讀 AAV 教程