前ABC 2

ABC-2原

使用卷積神經網路 (CNN) 預測將與抗原接觸的抗體殘基以及相互作用的類型。

安裝

proABC-2 可以在本地作為 python 套件和 Docker 容器使用。請參閱以下針對每種情況的說明。

碼頭工人

docker 映像可在 Github 容器註冊表中獲取，並且可以使用以下命令提取：

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

當地的

proABC-2 有一些第三方依賴項，必須在運行軟體之前安裝。

proABC-2 可在 PyPI 上使用，並且可以使用 Python3.7 使用 pip 安裝：

 pip install proabc-2

它還依賴兩個第三方軟體，HMMER 和 IGBLAST，請查看第三方部分以獲取更多資訊。

範例（本地和 Docker）

設定資料以運行範例：

• 在根目錄中建立一個名為proabc2-prediction的資料夾。

mkdir proabc2-prediction

• 在proabc2-prediction中建立一個 Heavy 和 Light fasta 文件，內容如下：

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

執行（Docker）

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

執行（本地）

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

結果

輸出將與輸入檔位於同一資料夾中，命名為heavy-pred.csv和light-pred.csv 。

它們由幾列組成：

• Chothia ：根據 Chothia 編號方案的殘基位置
• 序列：每個位置的殘基類型
• pt : 與抗原發生一般交互作用的機率
• hb : 與抗原形成氫鍵的機率
• hy : 與抗原發生疏水相互作用的機率

科蒂亞	順序	點	血紅素	嘿
1	乙	0.23	0.17	0.24
2	V	0.23	0.15	0.23
3	問	0.14	0.14	0.16
……	……	……	……	……

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

proABC-2也接受抗體鏈的 DNA 序列，並使用Biopython Seq 模組翻譯成蛋白質序列。

引文

• F. Ambrosetti、TH Olsen、PP Olimpieri、B. Jiménez-García、E. Milanetti、P. Marcatilli、AMJJ Bonvin。 “proABC-2：AntiBody Contacts v2 的預測及其在資訊驅動對接中的應用”，生物資訊學，，btaa644，