如何在 NCBI 中手動下載生物體所有可用基因組的元數據

如何在 NCBI 中手動下載生物體所有可用基因組的元資料？

作者：Asad Prodhan 博士https://asadprodhan.github.io/

步驟 1：在 NCBI 資料庫中搜尋您的生物體

• 請造訪 NCBI 網站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• 搜尋您的生物體，如圖 1 所示的鐮刀菌屬

• 搜尋結果將顯示在不同的類別下（圖1）

• 點選圖1中紅色六邊形所示的Genomes資料庫

圖 1：在 NCBI 資料庫中搜尋您的生物體。

步驟 2： 選擇您感興趣的元數據

• 你會看到如圖2所示的內容

• 勾選圖2中紅圈所示的組裝框

• 按一下「選擇列」標籤，如圖 2 中的紅色矩形所示

圖 2：選擇您感興趣的元資料。

• 選擇您感興趣的元資料並套用（圖 3）

圖 3：可用元資料。

第 3 步：下載元數據

• 點選圖 4 中紅圈所示的「下載」標籤

• 從下拉式選單中選擇下載表

• 選擇製表符分隔值 (TSV) 格式

• 點擊下載

圖 4：下載元資料。

步驟3：將TSV檔轉換為Excel表格

• 將下載包含元資料的 TSV 檔案。

• 您可以在 Excel 中開啟 TSV 文件，如圖 5 所示。

圖 5：元資料表。

現在，您有一個 Excel 工作表，其中包含鐮刀菌所有可用基因組序列的元資料。

您可以整理這些資訊並列出您想要下載的程式集編號。

請參閱本教程，了解如何自動下載基因組序列：

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically