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RAILIN

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RAILIN（整數線性規劃共振分配）

介紹

RAILIN 是一個 Python 工具包，用於根據核磁共振頻率自動分配胺基酸側鏈。該問題可以表述為線性分配問題並透過約束優化技術來解決。 RAILIN 使用 MAP（最大後驗）分類方法來估計每個自旋系統的共振頻率對應於 21 個胺基酸之一的機率。先驗知識由蛋白質一級結構提供。此氨基酸序列用於制定約束線性分配問題，然後使用整數線性規劃來解決問題。整數規劃問題是數學最佳化或可行性程序，其中部分或全部變數被限制為整數。在許多設定中，該術語指整數線性規劃 (ILP)，其中目標函數和約束條件（整數約束除外）是線性的。

用法

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

安裝

標準安裝

依賴關係

RAILIN 依賴以下軟體包：

numpy必需（numpy.scipy.org）
scipy必需（scipy.org）
matplotlib必備（matplotlib.org）
networkx必備（networkx.github.io/）
IBM ILOG CPLEX Optimizer — 必需 (cplex-optimizer)

若要檢查您的系統上是否已安裝上述任何軟體包，請嘗試：

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError 表示該套件未安裝。

在類別 Unix 系統上安裝相依性

使用套件管理器安裝所需的 python 套件；例如在 Debian/Ubuntu 上：

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx