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Partis 是一個基於 HMM 的框架，用於 B 細胞和 T 細胞受體序列註釋、模擬、克隆家族和種系推斷以及親和力預測。它建構在 ham HMM 編譯器和 ig-sw Smith-Waterman 註釋工具集之上。 Partis 是 GPL v3 下的自由軟體。

以下論文中描述了各種組件。由於它們的作用截然不同，因此最好能引用描述您正在使用的組件的特定論文。

• 配對聚類 Ralph, DK 和 Matsen IV, FA (2022)。使用重/輕鏈配對資訊推斷 B 細胞克隆家族。 PLoS 計算生物學，18(11)，e1010723。
• 選擇指標 Ralph, DK 和 Matsen IV, FA (2020)。使用 B 細胞受體譜系結構來預測親和力。 PLoS 計算生物學，16(11)，e1008391。
• 種系推論 Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019)。每個樣本的免疫球蛋白種系推論[...]。 PLoS 計算生物學，15(7)，e1007133。
• 克隆家族推斷 Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016)。 B 細胞克隆家族的基於可能性的推論。 PLoS 計算生物學，12(10)，e1005086。
• HMM 框架與 BCR 註釋 Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016)。 [...] 的一致性可實現準確的 B 細胞受體序列註釋。 PLoS 計算生物學，12(1)，e1004409。

開始閱讀本手​​冊的最佳位置是快速入門或目錄。透過執行每個子命令的幫助，可以找到許多未記錄的選項的詳細信息，例如partis cache-parameters --help或partis simulate --help 。

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