ldsc corrplot rg

LDSC 遺傳相關結果的 corrplot

概述

此儲存庫提供了我們的腳本，用於根據雙變量 LD 得分回歸結果（Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018）重現遺傳相關性corrplot （圖 2）。

要求

• R 與 dplyr 和我們修改版本的 corrplot (mkanai/corrplot)。

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

遺傳相關圖（圖2）

我們修改了 corrplot 以視覺化透過雙變量 LD 得分回歸估計的配對遺傳相關性。較大的方塊對應於更重要的 FDR corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ）。顯著相關性 (FDR < 0.05) 以星號表示 ( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') )。

用法

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

輸入：遺傳相關性 ( input_rg.txt )

該文件提供了透過 ldsc 軟體估計的所有成對遺傳相關性的清單。該腳本期望所有行都是唯一的（即每對特徵一行）。必填欄位如下：

• p1_category ：特徵 1 的特徵類別
• p1 ：特徵1
• p2_category ：特徵 2 的特徵類別
• p2 ：特質2
• rg ：遺傳相關性
• p ：P 值
• q ：FDR q 值

輸入：特徵清單（ traitlist.txt ）

該文件提供了特徵及其類別的清單。它定義了圖中每個類別的顏色。必填欄位如下：

• CATEGORY : 特質類別
• TRAIT : 特質名稱
• COLOR ：類別顏色

輸出

下面顯示了範例輸出。為了獲得發布的圖表，我們使用 Adob​​e Illustrator 編輯了 pdf 輸出。

引文

原始corrplot套件：

• 魏泰雲和維利亞姆·西姆科。 R 套件「corrplot」：相關矩陣的視覺化（版本 0.85）。 (2018) 可從 https://github.com/taiyun/corrplot 取得。

範例資料和發布的圖：

• 卡奈，M.，等人。對日本人群數量性狀的遺傳分析將細胞類型與複雜的人類疾病聯繫起來。納特。熱內特. 50、390-400 （2018）。 doi:10.1038/s41588-018-0047-6

接觸

金井正宏 ([email protected])

http://mkanai.github.io/

連結

• JENGER（實驗室網站）
• 日本生物銀行項目
• 理化學研究所綜合醫學中心
• 國家生物科學資料庫中心人類資料庫
• 座標圖
• LDSC