fold_slice

折疊切片

這是 Yi Jiang 為 X 光/電子疊層掃描和斷層掃描/斷層掃描量身定制的代碼。

該軟體套件基於由 Science IT 和瑞士 Paul Scherrer 研究所的相干 X 射線散射 (CXS) 小組開發的 Matlab 程式碼建構：https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software。版權和許可問題應遵循協議（見下文）和/或參考其網站。

開始使用

1. 檢查 PtychoShelves 包的官方文件以了解其要求。您需要以下 Matlab 工具箱才能使用所有功能：平行計算、曲線擬合、影像處理、最佳化和訊號處理。

2. 對於 ptychography，請嘗試 /fold_slice/ptycho/examples 中的資料準備和重建腳本，以熟悉資料格式和重建參數。

資源

1. 定制的foldsliceGPT，充當X射線和電子疊層攝影術中的AI助手。它可以幫助使用者完成各種任務，例如設計實驗和準備重建腳本。
2. Fold_slice 可用於我們新的基於 LLM 的工作流程 (PEAR)。如果您想成為 alpha 測試員，請隨時與我聯繫。
3. /fold_slice/ptycho/notes/ 中的檔案可以幫助您了解整體程式碼結構。警告：某些註釋可能已過時。
4. Chia-Hao Lee 博士寫了一篇很棒的博客，詳細介紹了 PtychoShelves 的演算法和程式碼結構。
5. 我們每週都有一個研究小組來討論電子顯微鏡中新穎的計算成像技術。一些教程講座可以在這裡找到。

與 PtychoShelves 包的主要區別

1. 一些數據和重建 I/O 約定已更改，以適應電子疊印術。有關更多詳細信息，請參閱範例腳本。

2. 增加了改進的最小二乘最大似然多切片疊層成像演算法作為新引擎：GPU_MS

它基於 GPU 引擎（由 Michal Odstrcil 編寫），並進行了多項改進，例如多種探測模式和錯誤修復。程式碼的使用應包括額外的引用：

Z. Chen、Y. Jiang、Y. Shao、ME Holtz、M. Odstrčil、M. Guizar-Sicairos、I. Hanke、S. Ganschow、DG Schlom、DA Muller，電子疊層照相術實現了由晶格振動設定的原子分辨率極限。科學 372 (6544), 826-831。

3. 我們使用貝葉斯優化和高斯過程開發了用於疊印術的自動參數調整工作流程：https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5。有關更多詳細信息，請參閱範例腳本。

4. GPU 和 GPU_MS 引擎新功能的非詳盡清單：

特徵	圖形處理器	GPU_MS
混合狀態+多層疊印術	✖️	✔️
動態多層重建	✖️	✔️
先進的任意路徑飛行掃描疊印術	✔️	✖️
多次掃描重建	✔️	✔️
物體相位的 TV 正規化	✔️	✔️
網格偽影去除	✔️	✖️
自動參數選擇	✔️	✔️
使用高斯核考慮檢測器模糊	✔️	✔️

其他疊印軟體

如果您沒有 Matlab 或想探索其他 ptychography 軟體。以下是一些公共儲存庫：

阿多里姆：https://github.com/mdw771/adorym

Ptycho_gui：https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui

翼龍：https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus

PtychoNN：https://github.com/mcherukara/PtychoNN

Ptychopy：https://github.com/kyuepublic/ptychopy

Py4DSTEM：https://github.com/py4dstem/py4DSTEM

PyNX：http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/

泰克：https://github.com/tomography/tike

學術授權協議

原始碼

介紹

本授權協議規定了PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Switzerland（以下簡稱「授權人」）將向您（以下簡稱「被授權人」）授予免版稅、非排他性的授權協議的條款與條件。

許可證的條款和條件

1. 授權人授予被授權人免版稅、非排他性許可，允許其根據下文規定的條款和條件，將本程序用於學術、非商業目的，直至本許可按下述規定終止。
2. 被授權人承認該程序是一個仍處於開發階段的研究工具。本程序的提供沒有許可方的任何相關服務、改進或保證，並且簽訂許可是為了使其他人能夠在其學術活動中使用該程序。被授權人有責任確保其正確使用和結果的正確性。
3. 本程序以「現況」提供，不提供任何明示或暗示的保證，包括但不限於適銷性、特定用途的適用性以及不侵犯任何專利、版權、商標或其他權利的保證。 IN NO EVENT SHALL THE LICENSOR, THE AUTHORS OR THE COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DIRECT, INDIRECT OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR OTHER LIABILITY ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE PROGRAM OR THE USE OF THE PROGRAM OR OTHER DEALINGS IN THE程式.
4. 被授權人同意，其將僅出於學術、非商業目的使用本程式以及被授權人可能創建的程序的任何修改、改進或衍生品（統稱為「改進」），並且程式或其衍生品的任何副本僅應分發與 PROGRAM 具有相同的許可證。本協議中使用的術語「學術、非商業」是指 (a) 不以營利為目的，或 (b) 不旨在生產用於商業用途的作品、服務或數據的學術或其他學術研究，或( c) 既不是由從事與本計劃類似的作品的商業使用、應用或開發的個人或實體進行或資助的。
5. 被授權人同意，應在因使用本程式或將程式碼翻譯成另一種計算語言而產生的任何出版物中做出以下確認：「資料處理是使用 Science IT 開發的 cSAXS ptychography MATLAB 套件和相干的X射線散射(CXS) 小組，瑞士Paul Scherrer 研究所。

此外，任何使用該套件的出版物或將程式碼翻譯成另一種計算語言的任何翻譯都應引用

（針對 PtychoShelves）K. Wakonig, H.-C. Stadler、M. Odstrčil、EHR Tsai、A. Diaz、M. Holler、I. Usov、J. Raabe、A. Menzel、M. Guizar-Sicairos、PtychoShelves，用於疊印高性能分析的通用高級框架數據，J .應用程式.水晶。 53（2）（2020）。 (doi: 10.1107/S1600576720001776)

（差異圖）P. Thibault、M. Dierolf、A. Menzel、O. Bunk、C. David、F. Pfeiffer，高解析度掃描 X 射線衍射顯微鏡，Science 321, 379-382 (2008)。 （doi：10.1126/science.11​​58573）。

（最大似然）P. Thibault 和 M. Guizar-Sicairos，相干衍射成像的最大似然細化，New J. Phys。 14、063004（2012）。 （doi：10.1088/1367-2630/14/6/063004）。

（對於混合相干模式）P. Thibault 和 A. Menzel，透過繞射測量重建狀態混合物，Nature 494, 68-71 (2013)。 （doi：10.1038/nature11806）。

（和/或多層切片）EHR Tsai、I. Usov、A. Diaz、A. Menzel 和 M. Guizar-Sicairos，具有擴展景深的 X 射線疊層攝影術，選項。快報 24, 29089-29108 (2016)。 （doi：10.1364/OE.24.029089）。

6. 除上述確認外，未經事先書面同意，被授權人不得在任何廣告、促銷或銷售資料中使用程序標題或授權人的名稱或徽標，或其任何改編版本，或其任何員工或實驗室的姓名。
7. 所有權利（包括本程式及其相關資料的版權）的所有權始終屬於授權方，並且被授權人同意保留相同的權利。未經授權人事先書面同意，被授權人同意不以任何機器可讀形式在本程式之外使用本程式的任何部分或任何改進，也不製作除內部使用之外的任何副本。被授權人同意在任何此類副本上放置以下版權聲明： @ 保留所有權利。瑞士 PAUL SCHERRER 研究所，大分子和生物成像實驗室，2017 年。
8. 除非本文明確規定，否則許可不得被解釋為透過暗示或其他方式向被授權人授予任何權利。
9. 免責聲明：被授權人應了解，英國謝菲爾德的 Phase Focus Limited 擁有與疊印術相關的國際專利組合和待審申請，並且該程序可能能夠在屬於一個或多個權利要求範圍內的情況下使用Phase Focus專利，特別是國際申請號PCT/GB2005/001464的專利。授權人明確聲明，如果 Phase Focus 或任何其他第三方因使用該程式而對被授權人提起法律訴訟，則不會對軟體的使用者進行賠償。
10. 本協議應受瑞士現行法律管轄，因本協議或本程序的使用而產生的任何爭議均應提交瑞士蘇黎世法院。