emmaa

EMMAA

EMMAA 是一個具有自動分析功能的機器維護模型生態系統。使用者與 EMMAA 互動的主要方式是使用可在此處存取的 EMMAA 儀表板。

文件

有關 EMMA 的詳細文檔，請造訪 http://emmaa.readthedocs.io。該文件包含三個主要部分：

• EMMAA 架構和方法的概念描述
• EMMAA 儀表板簡介
• 所有 EMMAA 程式碼庫的模組級文件直接連結到 Github 上的原始碼

概念

EMMAA 背後的主要思想是創建一組計算模型，這些模型使用自動機器讀取、知識組裝和模型生成來保持最新。每個模型都從透過一組已知機制連接的先前相關概念網絡開始。然後，透過每天閱讀文獻或其他資訊來源，確定新資訊與現有模型的關係，然後用新資訊更新模型，來擴展這組機制。

模型還可用於自動分析，其中屬於每個模型範圍的相關查詢可以自動對應到模型上的結構和動態分析過程。這允許識別和報告模型的變化，從而導致分析結果發生有意義的變化。

應用領域

EMMAA 的主要應用領域是癌症的分子生物學，但是，它也可以應用於 INDRA 系統和與 INDRA 整合的讀取系統可以處理的其他領域。

安裝

使用者主要透過儀表板與 EMMAA 交互，無需安裝任何依賴項。

若要在本機設定對 EMMAA 功能的程式設計訪問，請執行以下操作：

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

EMMAA 的 Docker 化版本可在 https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa 取得，可以透過以下方式取得：

 docker pull labsyspharm/emmaa

資金

EMMAA 的開發由 DARPA 自動化科學知識提取 (ASKE) 計劃的 HR00111990009 獎資助。