NetSolP 1.0

NetSolP-1.0

NetSolP-1.0 預測大腸桿菌中表現的蛋​​白質純化的溶解度和可用性。可用性目標包括蛋白質的溶解度和表現性。 NetSolP-1.0 是基於蛋白質語言模型（ESM12、ESM1b）。

網路伺服器可以在 https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetSolP 找到。可從「下載」標籤取得該軟體的獨立版本。它包含網路伺服器的程式碼。此外，它還有資料集、訓練和測試程式碼以及訓練後的模型

用法

對於培訓：

 cd TrainAndTest/
python train.py

如需更多詳細資訊和要求，請參閱資料夾 TrainAndTest 的自述文件。

用於預測：（首先訓練模型並將其轉換為 ONNX 或從網頁伺服器「下載」標籤下載預先訓練的模型）

 cd PredictionServer/ 
python predict.py --FASTA_PATH ./test_fasta.fasta --OUTPUT_PATH ./test_preds.csv --MODEL_TYPE ESM12 --PREDICTION_TYPE S

如需更多詳細資訊和要求，請參閱資料夾 PredictionServer 的自述文件。

執照

該代碼根據 BSD 3-Clause 許可證獲得許可。

引文

 @article{10.1093/bioinformatics/btab801,
    author = {Thumuluri, Vineet and Martiny, Hannah-Marie and Almagro Armenteros, Jose J and Salomon, Jesper and Nielsen, Henrik and Johansen, Alexander Rosenberg},
    title = "{NetSolP: predicting protein solubility in Escherichia coli using language models}",
    journal = {Bioinformatics},
    volume = {38},
    number = {4},
    pages = {941-946},
    year = {2021},
    month = {11},
    issn = {1367-4803},
    doi = {10.1093/bioinformatics/btab801},
    url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab801},
    eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/4/941/49008876/btab801.pdf},
}