IGV.js

IGV.js

igv.js 是由 Integrative Genomics Viewer (IGV) 團隊開發的嵌入式互動式基因組視覺化元件。

引用 igv.js

James T Robinson、Helga Thorvaldsdottir、Douglass Turner、Jill P Mesirov、igv.js：綜合基因組檢視器(IGV) 的可嵌入JavaScript 實現，生物資訊學，第39 卷，第1 期，2023 年1 月，btac830， https://doi。

以下是範例和快速入門指南。 有關更多文檔，請參閱開發人員文檔。

範例

路線

互動

拷貝數

多個地區

突變註記格式 (MAF)

多種顏色選擇

更多的

快速入門

安裝

igv.js 由單一 javascript 檔案組成，沒有外部相依性。

腳本包含、AMD 或 CJS 模組系統 (igv.min.js) 和 ES6 模組 (igv.esm.min.js) 的預先建置檔案可以從 https://cdn.jsdelivr.net/npm/ 下載[email protected]. 0/dist/。

將 igv 作為 ES6 模組導入

從「https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js」匯入 igv

或作為腳本包含（定義“igv”全域）

或者你可以使用 npm 安裝

npm install igv

並在 node_modules/igv/dist 中為您的模組系統（igv.min.js 或 igv.esm.min.js）取得適當的檔案。

用法

若要建立 igv.js瀏覽器，請向函數igv.createBrowser(div, config)提供容器 div 和定義參考基因組、初始軌跡和其他狀態的初始配置。

此函數傳回一個 igv.Browser 物件的承諾，該物件可用於控制瀏覽器。 例如，要在特定位置開啟的單一對齊軌道上開啟瀏覽器：

      var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
      var options =
        {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    "name": "HG00103",
                    "url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    "indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    "format": "cram"
                }
            ]
        };

        igv.createBrowser(igvDiv, options)
                .then(function (browser) {
                    console.log("Created IGV browser");
                })

文件

igv.js API 的完整文件位於 https://igv.org/doc/igvjs/。

發展

要求

建立 igv.js 並運行範例需要 Linux 或 MacOS。 其他 Unix 環境可能也可以工作，但尚未經過測試。

Windows 使用者可以使用適用於 Linux 的 Windows 子系統。

大樓

建立 igv.js 並運行範例需要 node.js。

git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git
cd igv.js
npm install
npm run build

這將建立一個包含以下文件的 dist 資料夾

• igv.js - 腳本包含、AMD 或 CJS 模組的 UMDS 檔案。 腳本包含將定義一個“igv”全域。

• igv.min.js - igv.js 的縮小版本

• igv.esm.js -- ES6 模組

• igv.esm.min.js -- igv.esm.js 的縮小版本

測試

從命令列運行測試

npm run test

範例

若要執行範例，請安裝 http-server。

從專案根目錄啟動http-server

 npx http 伺服器

然後在 Web 瀏覽器中開啟 http://localhost:8080/examples。

支援的瀏覽器

igv.js 需要支援 Javascript ECMAScript 2015 (ES6) 的現代 Web 瀏覽器。

執照

igv.js 已獲得 MIT 許可。

發行說明